第二时期是明后期。该时期大致从万历中期开始，到明末结束，经历约50余年的时间。该时期徽州文化在传承与深化中，呈现出了丰富多彩的特色。
    万历中期以后，明朝进入了一个由极盛而逐渐转衰的历史时期。一方面，经过200年左右的积累和发展，明朝的制度建设日臻成熟，经济运行相对平稳，特别是张居正的“一条鞭法”改革，稳定了朝廷的赋税收入。在部分商品经济相对发达的区域，甚至还出现了资本主义生产方式的萌芽。尽管北方草原上的少数民族不时南下侵扰明境，东南沿海一带“倭患”未靖，但零星战事尚不足动摇明朝的统治根基。皇位传承虽在前期有过“靖难之役”和“夺门之变”两次较大变故，但对政局的稳定尚未造成长期的影响。到万历中期，明王朝呈现的是一幅“盛世”图景。而另一方面，“物极必反”的规律在万历中期之后则更趋明显。其制度体系中的各种弊端渐渐显露，如选官用人重人际关系、重科举出身而忽视真才实学，推行的赋税制度改革在“加派”政策下名存实亡，内阁制度下的“首辅”一职，成为官员争权夺利的最高追求，等等。朝廷中，各派势力“党争”不断，宦官擅权现象愈演愈烈，百姓负担日益繁重，各种矛盾愈积愈深。东北满族兴起，更给明朝的数百年江山根基带来巨大的冲击。因此，明朝在其后期已经步入盛极而衰的历史时期。于是，在这种历史背景下的中国文化发展，呈现了两面性：一是四海升平的环境，成就了中国文化的繁荣；二是危机潜伏的征兆，引发了各种思潮的涌动。在此背景下，徽州文化在传承与深化中，呈现出了丰富多彩的特色。
    首先是曾经一统徽州学界的朱子之学，受到湛(若水)、王(阳明)“心学”的强烈冲击，徽州学者开始出现分化，其学术思想更显丰富。明前期的徽州学术思想，传承了南宋以来朱子之学独尊的传统，一如明初赵汸所说，朱子之学虽行天下，而“讲之熟、说之详、守之固，则惟推新安之士为然”。(20)但明中后期，湛、王“心学”先后传入徽州，在讲学等方面占据了上风。徽州文献中多有“文成之教盛行，讲会者大多不诣紫阳”、(21)“新安多王氏之学，有非复朱子之旧者”(22)等记载。于是，徽州学者分化为两个阵营：一是由朱子之学传承者所组成的阵营。这一阵营的主要代表人物有休宁人程敏政、范涞、吴汝遴、汪璲、汪学圣、金声，婺源人游震得、汪应蛟、余懋衡、江旭奇，歙县人洪德常、江恒等。他们是明代中后期代表徽州学术文化的主要群体。二是由湛若水、王阳明心学的崇拜者所组成的阵营。这一阵营的骨干成员有湛若水门徒婺源人洪垣、方瓘，祁门人谢显、谢芊和王学弟子汪道昆、休宁人程默、歙县人程大宾、婺源人潘士藻等。(23)两个阵营的学者分别阐扬朱熹理学和湛、王“心学”，致徽州学术思想诸说纷呈。同时，以黄生(1622-？歙县人)为代表的徽州经学此期也得到复兴。支伟成在《清代朴学大师列传》中评价黄氏：“僻处于岩阿村曲之中，非清初诸大师之广涉博览，切磋交通。乃不假师承，无烦友质，上下古今，钩深致远，声音回转，训诂周流，反胜诸人之犹有所滞焉。综厥学业之绩，品谊之醇，确乎坚贞。”(24)徽州的学术思想在传承与深化中，进一步显现了丰富多彩的特色。
    其次是明前期发展并未成熟的徽州文化现象，在此期得到迅速发展，大大丰富了徽州文化的内容。比如徽州史学，在明前期因缺乏重要的史家和有影响的史著，在徽州文化中的地位并不突出。中期以后，徽州学者开始对传统史学表现出浓厚的兴趣，编撰了一批重要史著。著录于《四库全书总目》史部类的明代徽州学者著作共有22部，其中大部分为中后期的作品。(25)从传统史学著述的体裁来看，徽州学者在史评和史钞两类用力最勤，同时杂史类的著作也不在少数。这些学者一方面重视史料的考辨，另一方面也注重史学功能的阐释和对传统史学的创新，取得了较高的史学成就。此期徽州家谱的修撰也进入了一个高潮，不仅参与人员广泛，出现了戴廷明和程尚宽的《新安名族志》、汪道昆的《汪氏十六族谱》、程一枝的《程典》、吴元孝的《临溪吴氏族谱》等一批徽州家谱精品，而且在家谱体例创新等方面也取得了重要突破。此外，徽州方志的编撰在嘉、万年间以及其后出现兴盛景象，府邑共修志书16种(26)，该时期成为明代徽州志书修撰最活跃的时期。徽州学者在传统史学研究和家谱修撰、方志编修等方面取得的斐然成绩，表明徽州史学发展出现了历史上的第一个高峰。它丰富了徽州文化的内容，也彰显了徽州文化在明代中后期多彩的特色。
    与徽州史学现象类似的还有徽州绘画。学界认为，明代前期，绘画在徽州虽被视为一种高雅艺术，但未能成普遍风气，可称画家者，惟明初朱同(休宁人)一人而已。但嘉、万以降，徽州画坛名家辈出，朱邦(休宁人)、汪肇(休宁人)、詹景凤(休宁人)、杨明时(歙县人)、丁云鹏(休宁人)、吴羽(歙县人)、郑重(歙县人)、李流芳(歙县人)、程嘉燧(歙县人)、黄柱(歙县人)、黄生(歙县人)、李永昌(休宁人)等皆一时画坛名流，影响广泛。(27)尤其是丁云鹏和程嘉燧，前者被黄宾虹誉为“山水花鸟，靡不精妙”，其人物画和道释画，“唐吴道子、贯休，不多让也”；(28)后者画风宗倪云林与黄公望，开创了名重一时的“天都画派”，并居“天都十子”之首。此期徽州绘画的成就，为徽州文化注入了斑斓的元素。
    除徽州史学、徽州绘画等文化现象外，明前期并不见昌盛的徽州工艺，在明代嘉、万以后也是大放异彩。尤其是最具代表性的文房四宝和徽州三雕，工艺水平日臻成熟，蜚声海内外。
    再次是多种文化现象形成具有地域特色的流派。以徽派建筑为例，学界认为，徽派建筑的工艺特征和造型风格主要体现在祠堂、民居、牌坊和园林等建筑上。而这些标志徽州建筑工艺特征和造型风格成熟与基本定型的建筑，大规模出现在明代中后期。有学者对现存40座徽州祠堂调查统计，结论是明嘉靖十五年(1536年)以前所建的有8座，其后所建的有30座，另有2座修建年代不详。(29)另有学者根据弘治《徽州府志》和嘉靖《徽州府志》的相关记载，分别统计了弘治和嘉靖年间徽州祠堂的数量及其分布，发现弘治《徽州府志》记载的祠堂共有15座，而嘉靖《徽州府志》记载的祠堂多达213座。(30)这些统计情况表明，在明代中叶，徽州祠堂之建出现了一个突飞猛进的高潮。作为徽州建筑核心构造元素的马头墙、门楼、槅扇、飞来椅和天井等，也在明代中后期悉数出现在徽州民居上，形成了典型的民居风格。而被视为“徽州文化物化象征”的牌坊，在明代中后期因形制的成熟和多样化，以及牌坊雕刻的鼎盛，步入到一个全盛时期。这些类别的建筑，工艺特征鲜明，造型风格成熟，地域特色明显，因而被视为徽派建筑。该建筑流派不仅在徽州本土造就了徽文化的建筑人文特征，且对长江中下游流域及其以南地区产生了重大影响。陈从周先生认为，“明代中叶以后，扬州的商人以徽商居多……随着徽商的到来，又来了徽州的匠师，使徽州的建筑手法融于扬州的建筑艺术中”，故“扬州园林受徽州派影响大”。(31)