徽州文化现象中，新安医学也在明代中后期形成了具有地域特色的流派。徽州医籍最早见诸记载的有南朝宋羊欣的《羊中散方》20卷、初唐杨玄操的《黄帝八十一难经注》。宋元时期新安医学有了长足发展，出现了张扩、吴源、黄孝通、张杲等一批名医。而明代则进入了鼎盛时期，尤其是在中后期，新安医学名医辈出，著述宏富，在中医学理论、药物学、方剂学、临床医学、传染病学等方面都取得了令人注目的成就，形成了风格独特、声名显赫的新安医学派。(32)徽派篆刻之崛起及其地位的确立，亦在此期。有学者将徽派篆刻的兴起与发展分为三个阶段，其中第一阶段为明万历至崇祯时期，乃徽派篆刻的确立阶段。(33)当时以何震、苏宣、朱简、汪关为首的徽州一府六县50余位印人，不仅在印学理论和篆刻实践上取得巨大成就，且遥相呼应，一统明末印坛天下。还有徽州商帮在成化、弘治年间形成后，在明前期发展的基础上，资本更为雄厚，活动范围更广，联系纽带更紧，经营文化凸显，形成了与晋商并称的两大商帮之一。徽州多种文化现象形成了别具一格的流派，表明徽州文化在此期的进一步丰富和深化。
    总体来看，明代中后期的徽州文化传承中有发展，发展中显深化，呈现出了丰富多彩的特色。
    第三时期是清前期。该时期大致从明季开始，至清康熙、乾隆之交告一段落。这一时期的徽州文化经历了一段顿挫与复苏的历程。
    明朝末年，积累已久的社会矛盾和民族矛盾激烈爆发。在天灾人祸交逼下，明末农民战争首先在陕北爆发，战火很快蔓延至中原腹地和大江南北。李自成、张献忠等农民军与明廷经过十余年的拉锯战，先后分别建立“大顺”和“大西”政权，并攻占北京，迫崇祯皇帝自缢。其后，满清入关，先是击溃农民军，后又与南明政权进行了近20年的交战。明末农民战争以及随之而来的明清之际战乱，致当时社会经济文化遭到重创。各地留下了大量的“满目榛荒，人丁稀少”(34)、“人民多遭惨杀，土田尽成丘墟”(35)、“燹于兵火，锦坊尽焚”(36)的记载。徽州当时是皖南抗清斗争的始发地，有文献记载：“盖徽、宁、池之祸，始于徽州……”(37)当时包括徽州在内的皖南地区，经历了惨烈的战乱冲击。徽州文化的发展在明末清初持续近40年的战乱中，遭遇顿挫。以徽商为例，李自成大顺农民军进入北京后，将徽商视为“追赃比饷”的重要对象，“谓徽人多挟重赀，掠之尤酷，死者千人”。(38)《明季北略》记载，时有徽商汪箕，“居京师，家赀数十万”，典铺数十处，被追赃十万，因不堪重刑拷打而身亡。(39)更有一批徽商，在乱世中无心营商，散尽家财以求避祸。嘉庆《黟县志》记载的徽商叶万生就非常具有代表性：“叶万生，字道一，南屏人。少守礼义，有智略。家故有质库，值明季山贼土寇连年不靖，因言于父世卿曰：‘寇将至矣，无多藏以贾祸也。’乃与乡人约，合券者不取钱还其质，数日而尽。”(40)类似情况，在家谱等地方文献中也多有记载。清初赵吉士说：“明末徽最富厚，遭兵火之余，渐遂萧条，今乃不及前之十一矣！”(41)徽州商帮在此期遭受了重大打击。此外，在明代中后期盛极一时的徽州教育，于明清战乱之际，亦无所作为。府、县学以及为数众多的书院，其教学活动几近停滞，教育场所荒废。顺治时，休宁县学“文昌阁、魁星楼俱废”。(42)婺源紫阳书院多处建筑“鼎革已来……毁于兵燹”。(43)
    到清前期，徽州文化开始从顿挫中复苏。在学术思想方面，晚明渐趋式微的朱子学得到复兴，《寄园寄所寄》卷11《泛叶寄·故老杂记》：“文公为徽学正传，至今讲学，遂成风尚。书院所在都有，而郡之紫阳书院、古城岩之还古书院，每年正八九月，衣冠毕集，自当事以暨齐民，群然听讲，犹有紫阳风焉。其他天泉书院，为湛甘泉讲学处，迥不逮也。”同时，江永、戴震、程瑶田等人继承了顾炎武、黄宗羲所开创的求实精神，倡导经世致用，力矫宋明学术之弊，治学以“求是”为宗旨，侧重于文字音韵、天文地理、名物典章制度的考证，由此开“皖派经学”风气之先。
    徽州教育由沉寂而再兴，一是官学教育重新得到了发展，原先塌废的教育设施屡有修缮。据《徽州府志》记载，徽州府学在康熙三年、九年、十二年、五十四年和雍正三年、十年先后修复了圣殿、明伦堂、仪门、尊经阁、崇圣祠、乡贤祠等建筑。(44)徽州府试院亦于此期得到重建，郑江《重建徽州府试院记》叙其经过：“歙故有巡方，治所在郡治东。国朝康熙二十八年，易为督学使者公所。轺轩既临，合六邑之士校艺其中。历稔淹纪，浸以圯垝，扉枢朽落，栋瘤悬危，外观弗耀，子衿永慨。……郡人汪君激昂高义，喟然而兴，不贷众赀，奂然启宇，缭以周垣，蔽以崇闳。中为厅事，后为燕居之堂，堂后有楼，庖湢廊舍，左右咸秩。经始于雍正十一年十二月，讫工于乾隆元年六月。”(45)得到汪君(涛)资助重建后的徽州府试院，规模空前。此期官学教育设施的重修，还包括六县的县学。如休宁县学在清初“岁有增饰”(46)，康熙元年(1662年)修复了启圣祠、尊经阁、石栏、明伦堂、礼乐器房、泮池、程朱祠等建筑。歙县学“顺治十年癸巳两庑坏、明伦堂圮，知县宋希肃新之；十三年丙申庙圮，教谕王昕修，康熙四年乙巳同知聂炜建；十一年壬子大淫雨，殿圮，知府曹鼎望建，三十六年丁丑知县郑元绶重建”。(47)官学教育不仅设施得到修缮，且功能与保障也有恢复。如徽州府学在原有160亩学田的基础上，又得到20户捐助的学产，保障了教授、训导的“薪水之费”以及府学“岁修之用”；康熙十四年，监生程子谦为休宁县学“捐银一千两置学田，取租为诸生科举费”(48)，等等。二是书院讲会之风盛行，且以传播朱子之学为宗旨。清前期的徽州书院讲会，制定有《紫阳讲堂会约》等条规，从形式到内容都有规范化的要求。据《紫阳书院志》、《还古书院志》等书不完全统计，除了各书院每月的定期讲会外，每年紫阳书院和还古书院的大会在顺治、康熙、雍正三朝总数达到了150次。(49)其规模有时甚至是“在会之士及观者千余人”(50)，盛极一时。三是义学、塾学发展迅速。此期由官方或民间集资创办的“聚集孤寒，延师教读”(51)的义学，遍及徽州城乡。据康熙《徽州府志》记载，当时徽州的义学总数达到了460所，其中最多的休宁和婺源二县分别设立了140所。(52)与义学相辅的是此期徽州还有大量的塾学存在，特别是徽州的宗族，大多设有族塾、家塾，专为族内贫寒子弟提供受启蒙教育的机会。康熙十二年(1673年)，歙县人施璜等还制定了《塾讲规约》，建立了一整套的塾师培训制度。这些都表明了徽州教育在经历了明清之交的相对沉寂后，开始出现兴盛的迹象。