其次，变法维新必须完全彻底，是全变而非小变或部分变。康有为指出：迫于国力日衰、外强环逼的困境，倡言变法且付诸实施者不乏其人。然而，“我国自道咸以来，已稍言变法，然成效莫睹，徒增丧师割地之辱者，不知全变之道。或逐末而舍本，或扶东而倒西，故愈治愈棼，万变而不当也。”（《日本变政考·卷九按语》）如洋务派只知“变器”、“变事”，而不知甚或反对“变道”、“变制”，故徒具变法之名，而无变法之实，更无论变法之效。鉴此，康有为主张：变法必须完全彻底，否则不如莫为。只是“变器”、“变事”的“变法”，不仅不能更新革故、拯救危败，反而成为新的徇私舞弊、贪赃枉法的渊薮。因此，“变法”必须彻底。只有根本上的“变道”、“变制”，才能真正达到“变法”的目的。
    复次，完全彻底的变法，就是改变国家的根本大法。康有为认为：变法维新必须是全变全新，“改制维新，重起天地，再造日月。”“维新之政，同于再造，事事草创，无旧章可由。”（《日本变政考·卷一按语》）维新变法不同于中国历史上的诸多变法：它既不遵循因革损益、补阙拾遗的旧例，更不能重蹈新旧并举、旧党终胜的覆辙，而是如同“日本变政之始，不复为一二补苴之谋，将全国制度全行变革。”（同上）就变法维新的具体内容而言，“购船置械，可谓之变器矣，不可谓之变事；设邮便、开矿务，可谓之变事矣，未可谓之变政；改官制、变选举，可谓之变政矣，未可谓之变法，日本改定变法、国宪之全体。”（同上书，卷七按语）故，“政变全在典章宪法。”（同上书，卷九按语）他山之石，可以攻玉，中国若行变法维新，“既以诸国并立之势治天下，则当全去旧日一统之规模；既以开创维新之势治天下，则当全去旧时守成之面目，百度庶政，一切更始，于大东中开一新国，于二千年成一新世。”“故不变则己，一变则当全变之，急变之。”“方今不变固害，小变仍害，非大变、全变，骤变，不能立国。”（《清御门誓众开制度局，以统筹大局折》）所谓“大变”、“全变”、“骤变”，就是指改变国家的法律、制度。康有为指出：“今数十年诸臣所言变法者，率皆略变一端，而未尝筹及全体；又所谓变法者，须自制度法律先为改定，乃谓之变法。”（《康南海自编年谱》）这里所谓“须自制度法律先为改定”的变法要义，主要是指“统筹全局以图变法，御门誓众以定国是，开局亲临以定制度，三者而已。”（《敬谢天恩并统筹全局折》）质言之，康有为所强调的，乃是立法、司法和行政三位一体，且皇权与法律同威，君主与制度并行，以保证改革措施的实施和改革事业的推进。
    最后，治术本于教旨。康有为所倡导的维新变法，主张以改变国家的制度法律为先。如借鉴西方的议政、行政、司法三权并立的政治制度，设立制度局以主持政治体制改革之事，并辅之以各有关的具体实行部门和机构，诸如法律、度支、学校等十二个局（参见：康有为《上清帝第六书》），但这还只是变法维新的具体主张和措施，“凡此只言治术，未及教旨。”（《清尊孔圣为国教立教部教会以孔子纪年而废淫祀折》）可见，“教旨”，即孔教之本旨，是较之“治术”，即维新变法的理论和具体的变法主张与措施，更为深刻和根本。
    康有为认为：信教自由，乃现代宪法大义。但是，由于中国民间之信教已泛滥无忌，遂成淫祀，反而玷污了信教自由之本义。因此，与其实与而文不与，莫若因势利导，正定其制，即奉孔子为中国教主，而定孔教于一尊。他认为：奉孔子为教主，定孔教于一尊，不仅是信仰划一的需要，而且也是变法改制实践的根本，因为此举不过是为孔子创教改制正名而已。然而，鼓吹政教合一，甚或将孔教凌驾于现行政治之上，显然是不合时宜的。因此，康有为又提出奉孔子为教主、定孔教为一尊时，也强调了政教分离的原则。他指出：由于时代、历史的变迁，包罗治教的孔子之教，“亦少有不必尽行者。其条颇多，举其大者：盖孔子定天下义、立宗族义，而今则纯为国民义，此则礼律不能无小异，所谓时也。”（同上）因此，“若尽以据乱旧道绳之，则时义事势不能行；若不以孔子大教为尊，则人心世道不可问。故今莫若令治教分途，则实政无碍而人心有补焉。”（同上）
    由上所述可知，康有为经历了经学立场和经学观念的转变，他的经学思想日趋成熟和凝炼，且渐成体系。而且，环绕着他的经学思想体系，一系列的本体论、方法论和政治历史哲学观念的生发拓展，构成了他的经学思想体系的浓厚凝重的历史和文化哲学背景。因此，康有为的经学思想和他的哲学理论并非相互矛盾相互对立，而是相辅相成彼此呼应的；从本来的意义上说，后者无非是前者的产物和必不可少的思想理论支架而已。杜撰康有为自身经学思想的保守性和唯物论哲学、辩证法的革命性的矛盾和冲突，无非是规范认识的误导，与研究对象本身的性质无关。同理可明，经学思想也不是康有为所倡导的变法维新实践活动的思想桎梏，而是他所从事的变法维新实践活动的真正的思想发源地和精神支柱。由孔子改制到变法维新，由变器变事到变道变制，由治术到教旨等等，其间的精血脉络清晰可见，无不说明正是被视作保守落后的经学观念，才是变法维新革命进步行动的真正的精神源泉。