四库馆臣引用《史通》的记载内容对部分史书加以多方面的考证，主要有：
    考史书的撰写者和时代。如，《邺都故事》，唐志虽称肃代时人马温撰。“而《史通·书志》篇曰，……北则有《洛阳伽蓝记》、《邺都故事》。则《邺都故事》在刘知几之前，唐志所言，亦不足为证。”（33）又如，《梁书》独署姚思廉名，“盖（魏）征本监修，不过参定其论赞。（案此据《史通·古今正史》篇，魏征总知其务，凡有论赞，征多预焉之文。）独标思廉，不没秉笔之实也。”（34）再如，考《隋书》只署魏征、长孙无忌二名的原因。四库馆臣列出《史通》所记有关《隋书》多位作者的姓名，再结合自己对残存于《隋书》中纪传表志的作者的姓名考证，提出“此书每卷所题撰人姓名，在宋代已不能画一。至天圣中重刊，始定以领修者为主，分题征及无忌也”。（35）
    考书籍的残缺以及补缺情况。如，《史记》存在缺文十篇的问题，张晏说是“迁殁后亡”。“刘知几《史通》则以为十篇未成，有录而已，驳张晏之说为非。今考《日者》《龟策》二传，并有太史公曰，又有褚先生曰，是为补缀残稿之明证，当以知几为是也。”（36）又如，魏收《魏书》发生阙佚，后人补之，但未指明出处，使人不明依据何书所补。《太平御览》“所载孝静纪，与此书体例绝殊。又有西魏孝武纪文帝纪废帝纪恭帝纪，则疑其取诸魏澹书”。此外，四库馆臣还进一步以“刘知几《史通》云，澹以西魏为真，故文帝称纪”的记载来印证与《太平御览》所记是相同的，以支持自己关于《魏书》“疑其取诸魏澹书”的说法。（37）再如，李百药《北齐书》至南宋晁公武《郡斋读书志》，已有“残缺不全”记载。有后人取《北史》以补亡，但因收罗材料不广不全，出现“俱无论赞”、“有赞无论”或“有论无赞”的情况。“《史通》引李百药《齐书》论魏收云……今《魏收传》无此语， 皆掇拾者有所未及也。”四库馆臣提出：《北齐书》“大致仿《后汉书》之体，卷后各系论赞”的结论。（38）考史书篇卷的多寡。如，梁萧子显撰的《南齐书》，有60卷和59卷之不同记载，刘知几《史通》所记为五十九卷，“不言其有阙佚”。四库馆臣“疑原书六十卷为子显叙传，末附以表，与李延寿《北史》例同，至唐已佚其叙传，而其表至宋有存，今又并其表佚之。故较本传阙一卷也”。（39）又如，姚思廉《梁书》，“《旧唐书·经籍志》及思廉本传俱云五十卷，《新唐书》作五十六卷。考刘知几《史通》谓……五十六卷。则《新唐书》所据为思廉编目之旧，《旧唐书》误脱六字审矣。”（40）
    考“十志”编入《隋书》的缘由。《隋书》“十志最为后人所推，而或疑其失于限断”。四库馆臣以《史通·古今正史》篇所记的相关内容为根据，云：“当时梁陈齐周隋五代史本连为一书，十志即为五史而作，故亦通括五代。其编入《隋书》，特以隋于五史居末，非专属隋也。后来五史各行，十志遂专称隋志，实非其旧。乃议其兼载前代，是全不核其始末矣。”（41）
    考《后汉书》的“论赞”置于卷末的时间。因“隋唐志”均别有范晔《后汉书论赞》五卷，而“宋志”始不著录。四库馆臣“疑唐以前论赞与本书别行，亦宋人散入书内。然《史通·论赞》篇曰：马迁自序传后历写诸篇，各叙其意。既而班固变为诗体，号之曰述。蔚宗改彼述名，呼之以赞。固之总述，合在一篇，使其条贯有序；蔚宗后书，乃各附本事，书于卷末”。“则唐代范书论赞已缀卷末矣。史志别出一目，所未详也。”（42）
    考《洛阳伽蓝记》本有“自注”。四库馆臣据《史通·补注》篇所曰，认为《洛阳伽蓝记》“实有自注，世所行本皆无之，不知何时佚脱。然自宋以来，未闻有引用其注者，则其刊落已久，今不可复考矣”。（43）考一书二名。“刘知几《史通》称晏子虞卿吕氏陆贾，其书篇第本无年月，而亦谓之春秋。然汉志惟作晏子，隋志乃名春秋，盖二名兼行也。”（44）引用刘知几《史通》的记载，以证明朝“万历以后”所“忽出”的《十六国春秋》百卷本，并非北魏崔鸿所撰，实为“伪本”。（45）清张愉曾撰《十六国年表》，其从父张潮写“跋”称：“不识崔鸿何以不列年表，今得此书，可以补其阙略。”四库馆臣曰：“考刘知几《史通》，崔鸿原书实有表。屠乔孙等作伪本时，偶漏撰此篇。潮未及考耳。”（46）以示因检书不全而出现结论不妥的毛病。等等。
    四库馆臣充分利用《史通》的文献价值考订了唐朝以前的部分史书，是利于当时、惠及后世之举。不少考证结果，已成定论，而为近现代人阅读和研究唐朝以前史书扫清了不少障碍，有的已经成为今天的常识。这些都是他们对历史文献所作出的共同贡献。由于四库馆臣并非专门进行考证，大致是根据“史部”编写“提要”所碰上的问题，随书、随人、随事等而考证，缺乏考证方法的总结。对于怎样去做考证，“乾嘉学派的考据家只偶而谈到三言两语。”（47）不过，在借用《史通》或其他典籍的记载来进行史书考证的实践中，四库馆臣治学严谨，引据详明，考订精审，辨析准确，大约也不算虚语。
    三、利用《疑古》《惑经》以行思想批评
    史学本来就是一门“经世致用”的学问。“经世思想是意识形态中最活跃的部分，因为一切文化都是社会需要和经世的产物，所谓纯学术也只是经世思想的异化。”（48）“史部”作为对中国传统史学遗产的一次大总结，同时也担负起整肃思想的任务。四库馆臣的“经世”思想比较复杂和矛盾。一方面，“今所采录，惟离经叛道，颠倒是非者，掊击必严；怀诈狭私，荧惑视听者，屏斥必力。”（49）另一方面，他们提出：“文章德行，在孔门既已分科，两擅厥长，代不一二。”为此只得用“论人而不论其书”和“论书而不论其人”的“变通”（50）方法以便保存更多的书籍和采择一些有用的学术主张。不过“人”与“书”相分离，本不是一种正确的评论方法，评论是很难到位的，但在当时考 证风靡一时的学术环境中，也不失为一种明智之举。
    《史通》中的《疑古》、《惑经》等文，从历史记载真实性的要求出发，对于《尚书》、《春秋》、《论语》的记事多所批评。此后历代学人都对刘知几的“疑惑”颇多指斥。四库馆臣也不例外。