“安庆高等学堂”原名“求是学堂”，1897年，由时任安徽巡抚邓华熙奏请兴办，这是一所讲求西学，造就人才的新式学堂，1902年曾改名“安徽大学堂”，1905年，清政府决定废科举，兴学校，又将其易名为“安庆高等学堂”。因严复在学界久享盛名，故特聘其为该学堂总监督。1906年3月，严复出任安庆高等学堂总监督一职，他对办好这所学校信心十足，表示“定规章、聚师资，使数年之中，费不虚掷，士可期成”（注：《严复集》，第569页。）他将全学堂二百四十余人分作两科：一为预备科，主攻英文、算学；一为师范科，对西学略作介绍。这一教学形式的改革和教学内容的调整，使严复在安庆名声大振，其讲学也大受欢迎，每当他讲演时，附近的百姓都慕名前往聆听，他自己曾自豪地记述当时的情形，演讲内容的“印稿散至五百余张，尚有求者。今日海内视吾演说真同仙语，群视吾如天上人”。（注：《严复集》，第833页。）只到1907年5月，革命党徐锡麟在学校刺杀恩铭后，全城大乱，学校处于瘫痪状态，严复这才不得不离开了“安庆高等学堂”。
    严复一生中最后一次从事的教育工作是担任北京大学第一任校长之职。北京大学的前身是京师大学堂，1902年，他曾在该学堂译书局任总办。1912年2月25日，严复被任命为京师大学堂总监，5月1日，教育部下文京师大学堂改名为北京大学校，5月4日，严复就任北京大学校第一任校长。严复上任伊始便表示，“痛自策坜，期无负所学，不怍国民”。严复依据自己所学及多年办学心得，给北大制定了“兼收并蓄，广纳众流”的办学方针，将北大办成中国思想界、文化界、教育界之集大成者。严复注重培养高素质的人才，培养融汇古今中外的一流专家学者，在教学内容上主张中西结合，改进财经、商学、交通各科，加强地质、化学、土木、矿冶等科，将北大办出水平，办出特色。在严复的努力下，北京大学很快于1912年7月得到英国教育会议和伦敦大学的承认，提高了北大在国际上的地位和影响。然而好景不长，由于办学经费和派系斗争等原因，严复于1912年10月7日，不得不宣布辞去校长职务，“同学议欲挽留，而教部不允所请，”在任仅五个月，时年严复59岁。
    （二）著书办报，宣传西学
    1894年甲午战争，中国惨败于“蕞尔”日本之手，尤其使严复痛心疾首，民族存亡系于一旦，他再也无法安坐于课堂之中，迅速投身于救国救民的维新热潮之中。他奋笔疾书，运用资产阶级进化论和天赋人权学说，宣传变法图强主张，仅1895年就连续发表了《论世变之亟》、《原强》、《救亡决论》、《辟韩》等论著，在近代社会发生振聋发聩之效，严复所阐明的观点，成了当时资产阶级改良派鼓吹变法维新的重要理论依据。
    1895年2月，严复在天津《直报》上发表《论世变之亟》一文，开头大声疾呼：“呜呼！观今日之世变，盖自秦以来未有若斯之亟也。”他分析比较了西方列强和中国在政教、学术、文化等方面的根本不同，“中国最重三纲，而西人首倡平等；中国亲亲，而西人尚贤；中国以孝治天下，而西人以公治天下；中国尊主，而西人隆民”（注：《严复集》，第29页。），他认为西方的先进与富强和中国的落后与危机是一种不可逆转的“运会”，即为一种不可抗拒的规律，我们在承认这种规律之余，谋求救亡之道，奋起直追。严复抨击顽固派狂妄自大，盲目排外，认为图强之道在于向西方学习，“夫士生今日，不目睹西洋富强之效者，无睹也。”（注：《严复集》，第3页。）他指出，“今之称西人者，曰彼善于会计而已，又曰撞机巧而已。不知吾今兹之所见所闻，如汽机兵械之伦，皆其形下之粗迹，既所谓天算格致之最精。皆其能事之见端，而非命脉之所在。其命脉云何？苟扼要而谈，不外于学术则黜伪而崇真，于刑政则屈私以为公而已”。（注：《严复集》，第1-5页。）从文中可以看出，严复正是基于对西洋文明的赞赏，开始了他宣传西学的道路。
    1895年3月初，严复又在《直报》上发表《原强》一文，全面提出自己的维新理论和变法主张，“原强”即探求国家富强之道的意思。严复在该文中首先介绍了达尔文的进化论和斯宾塞的社会有机体论，称赞进化论使“泰西之学术政教一时斐变”（注：《严复集》，第16页。）；推崇斯宾塞“唯群学明而后知治乱盛衰之故，而能有修治平之功”。（注：《严复集》，第16页。）严复认为国家的强盛有三个标准：“一曰血气体力之强，二曰聪明智虑之强，三曰德行仁义之强。是以西洋观化言治之家，莫不以民力、民智、民德三者断民种之高下，未有三者备而民生不优，亦未有三者备而国威不奋者也”（注：《严复集》，第27页。）据此，严复提出中国富强的根本办法是“一曰鼓民力，二曰开民智，三曰新民德。”（注：《严复集》，第27页。）所谓“鼓民力”，即禁鸦片，废缠足；“开民智”，即废八股，倡西学；“新民德”，即提高人们的道德水平。“此三者，自强之本也”，（注：《严复集》第15-32页。）“唯是使三者诚进，则其治标而标立；三者不进，则其虽治，终亦无功。”（注：《严复集》第27页。）严复从中国的实际入手，揭露清政府在甲午战争中暴露出的腐败无能，大声疾呼，立即救亡图强，“呜呼！吾辈一身无足惜，如吾子孙与四百兆之种何！”危机意识，天日可鉴！
    1895年3月中旬，严复在《直报》上又发表《辟韩》一文，依据西方资产阶级的“民权”学说，批判唐代儒家学者韩愈《原道》篇中的尊君思想和君主专制理论，将历史上的封建帝王都叫作窃国大盗，“秦以来之为君，正所谓大盗窃国者耳”（注：《严复集》第35页。）猛烈抨击封建专制制度。严复认为，民者“天下之真主也”，国君“道在去其害富害强，而日求其能与民共治而已”（注：《严复集》第40页。），他引用以卢梭为代表的“天赋人权论”和“民约论”，阐明“国者，斯民之公产也，王侯将相者，通国之仆隶也”。但他不反对君主存在，因此，在政治上极力主张以君主立宪代替君主专制。
    1895年5月，严复又在《直报》上发表《救亡决论》，提出，“要救亡必须变法”，“天下理之最明而势所必至者，如今日中国不变法则必亡是已”（注：《严复集》第40页。）他认为变法应以废八股倡西学为先，因为八股害国，使天下无人才，严复历数科举制有三大危害：“锢智慧”、“坏心术”、“滋游手”，使天下人“消磨岁月于无用之地，堕坏志节于冥昧之中，长人虚骄，昏人神智，上不足以辅国家，下不足以资事畜，破坏人才，国随贫弱”，（注：《严复集》第43页。）因此他力主“痛除八股而大讲西学”。（注：《严复集》第43页。）用“西学”作为反对封建传统的武器，“救亡之道在此，自强之谋亦在此。早一日变计，早一日转机，若尚因循，行将无及”。严复还抨击儒家文化，宋明理学和训诂辞章等旧学，斥之为“无用”、“无实”、“无救危亡”，他指出，“论救亡而以西学格致为不可易”，即学习西方的数、理、化、生等自然科学。
    严复在宣传西学的方式上有两种：一是著书，二是办报。严复看到自己写的文章已被“士大夫读书人”率先熟知，但“商贾百执事之人”却知之甚少，为此，他于1897年11月在天津创办了《国闻报》，与梁启超在上海办的《时务报》南北呼应，成为北方地区宣传维新变法的重要报纸。严复在《国闻报缘起》一文中提出办报的两个宗旨：“通上下之情”、“通中外之情”。他还特别强调，该报立足“译述外事”，“广译各国之报”，以“通外情为要务”。另外，他在《国闻报》之外还编辑出版《国闻汇编》杂志，十天印一册，每册三万字，刊登重要消息及译文评论的文字，介绍外国情况和国外学术著作等，成为严复宣传西学和维新派的重要舆论工具，严复翻译的《天演论》、《群学肄言》便是在《国闻报》上发表后，从而引起巨大的社会反映的，《国闻报》便也成了士大夫读书人认真“参阅研究”的对象。