崔述清理古史体系的意义，可以从受他直接影响的“古史辨派”的理论看出来。顾颉刚先生有著名的“层累地造成的古史说”。其要点是：一、“时代愈后，传说的古史期愈长”。如，“周代人心目中最古的人是禹，到孔子时有尧、舜，到战国时有黄帝、神农，到秦有三皇，到汉以后有盘古等”；二、“时代愈后，传说中的中心人物愈放愈大”，“如舜，在孔子时只是一个‘无为而治’的圣君到《尧典》就成了一个‘家齐而后国治’的圣人，到孟子时就成了一个孝子的模范了”；三，我们即使“不能知道某一件事的真确的状况，但可以知道每一件事在传说中的最早的状况”。
    对照一下即可清楚，顾颉刚先生的理论，正是从崔述的论点发展而来的。顾先生自己说过：“我们今日讲疑古、辨伪，大部分只是承受和改进他（崔述）的研究。”⑤顾颉刚倡古史辨固然有的地方疑过了头，但他在廓清旧古史体系的迷雾上是很有贡献的。郭沫若先生评论说：“顾颉刚的‘层累地造成的古史’，的确是个卓识。从前因为嗜好不同，并多少夹有感情作用，凡在《努力报》上发表的文章，差不多都不曾读过。他所提出的夏禹的问题，在前哄传一时，我当时耳食之余，还曾加以讥笑。到现在自己研究了一番过来，觉得他的识见是有先见之明。在现在新的史料尚未充足之前，他的论辨自然并未能成为定论，不过在旧史料中凡作伪之点大体是被他道破了。”⑥如今我们讲历史，已经不再糊糊涂涂地从盘古氏、伏羲氏作为“信史”讲起，而是明确区分了古史传说时代与有文字可考的历史之间的界限。对于这种科学的古史体系的建立，“古史辨派”学者无疑是有功绩的，但追根溯源，崔述则有开创之功。
    根据上述中心论点和对古代典籍的详细考辨，崔述对于古代史料有许多卓越见解：
    （1）认为“三代以上，经史不分，经即其史，史即今所谓经也”。 他把神圣的“经”作为史料看待，作为研究对象，这跟同一时代的章学诚提出“六经皆史”是相呼应的。崔述还说：“后世学者不知圣人之道体用同原，穷达一致，由是经史始分。其叙唐、虞、三代事者，务广为记载，博采旁搜，而不折衷于圣人之经。其穷经者，则竭才于章句之末，务殚精于心性之空谈，而不复考帝、王之行事。”⑦这些话若去掉其尊圣的意味，则他讲出了先秦经书即是先秦的历史记载、经史不分的道理，脱去了“经书”神秘的色彩，并且尖锐地批评了儒生们尊古妄信、空谈义理的弊病。同时也反映了近代史学领域的扩大，尽量地把各种记载都置于历史考察的范围，显示出一种新价值观的倾向。
    （2）确定《周礼》、《仪礼》是战国时期的作品， 这点已为近代多数学者所公认。
    崔述认为《仪礼》一书保存着三代礼制的资料，具有帮助“识其名物之制，以考经传之文”的价值，“大有益于学者”。但他举出有力的证据，证明它决不是“周公所作之书”，推翻了历来相沿的成说。第一，从时代特点考察。“周初之制犹存忠质之遗，不尚繁缛之节”。可是，“今礼经所记者，其文繁，其物奢”，与上述时代特点“背道而驰”。“古者公侯仅方百里，伯七十里，子男五十里；而今聘食之礼，牲牢笾豆之属多而无用，费而无当，度其礼每岁不下十余举，竭一国之民力犹恐不胜”。这种礼制反映的恰恰是春秋以后“诸侯吞并之余，地广国富”的时代特点。第二，从史实考察。《仪礼》上所说“臣初拜于堂下，君辞之，遂升而成拜”的记载，跟春秋以前的史实大相径庭。据《左传》所载周襄王赐齐桓公胙和秦穆公享晋公子重耳⑧所用礼节证明，春秋以前通行臣拜君于堂下的礼制，即使君有“无下拜”之命，为臣者仍按古礼行事，下拜后再登而受之；即或国君辞礼，臣也不因其辞而改变礼节，辞者自辞，拜者自拜。崔述强调说：“齐侯为诸侯盟主，权过于天子，然犹如是，则寻常之卿大夫可知矣”；“晋文公邻国之公子，旦夕为晋君，与秦穆同列，然犹如是，则本国之卿大夫可知矣”⑨。可见《仪礼》“升而成拜”的记载在春秋以前是不可能存在的。第三，再与春秋时代人物的评论对照。孔子说过：“拜下，礼也；今拜乎上，泰也。”⑩孔子讲的，正是春秋时期由“古礼”到“今礼”的过渡。《仪礼》所记就是孔子讲的“今拜乎下”的情况，更证明它只能出于春秋之后。第四，从称谓辨别。《仪礼》上载：“诸侯之臣有所谓‘诸公’者。”这与春秋以前“王之下不得复有王，公之下不得复有公”的制度完全相矛盾，只能是反映韩、赵、魏三家灭智伯、鲁三桓弱公室这些“公族”势力膨胀后的情况，也是《仪礼》一书出于“春秋、战国间学者所记”的明证。
    对《周礼》一书，崔述同样以有力的论据证明它虽然保存了有价值的古代礼制的资料，但它所载有的制度与《春秋》等书不合，所以“显为战国以后所作”（11）。
    （3）论“井田”的附会。所谓“井田”制度， 可能是反映了古代农村公社定期轮换份地，用沟洫道路作为区划的一种土地制度，后代儒者却把它“理想化”，推演得十分整齐统一。崔述对于井田制，一方面因它记载于《孟子》等书，而予以重视，另一方面又指出后人加了许多附会：“三代经界之制……自周之衰，王制缺微，旧典散失，学士之所称述或不免有传闻附会之言。及至后世，去古愈远，益不悉其时势之详，……往往反取经传之文曲为之解，以斡旋而两全之。”（12）
    （4）论证“五德终始说”始自邹衍，最后的系统化出自刘歆。流传的纂辑古史的说法，讲自伏羲以下都“以五行周而复始”，伏羲以木德王，神农以火德王，黄帝以土德王，帝喾、尧、舜以下，都以五行类推。崔述对此作了严密的考辨。其要点是：一，战国以前，并无“五行”、“五德”的说法。二，《尚书·洪范》篇中，讲“水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从蕈，土爰稼穑”，讲的是水、火、木、金、土等具有“曲直”、“从革”之类的属性，显然不涉及帝王“受命之符”。三，《左传》所说：“昔者黄帝氏以云纪，故为云师而云名；炎帝氏以火纪，故为火师而火名；共工氏以水纪，故为水师而水名；大皞氏以龙纪，故为龙师而龙名。我高祖少皞挚之立也，凤鸟适至，故纪于鸟，为鸟师而鸟名。”（13）讲的是“因物取义”，“因义立名”，与五行终始说法也不相同。四，“五德终始之说起于邹衍，而其施诸朝廷政令则在秦并天下之初”。这在《史记》《封禅书》、《秦始皇本纪》、《孟子荀卿列传》都有详载。五，以“木、火、土、金、水”作为五帝相承的次第，则是刘歆杜撰。王莽利用了他的说法，宣称“火德销尽，土德当代”，自居土德，代汉也成为“天命所归”。崔述的结论是：这样一套杜撰的说法，“后世之大儒硕学皆遵之而不敢异”（14）岂不是莫大的讽刺！
    以上数项，自近代以来已逐渐成为学者们比较一致的看法，崔述则是最早严密考证的人。它们都涉及到对古代重要制度和史实的理解，所以构成了崔述古史学说的相关部分。
    崔述从治经入手，实际上做的是“考史”。他对诸子百家和经书传注采取分析、考辨的态度，因而在清理古史体系上取得开拓性的成就。梁启超说：“彼用此种极严正态度以治古史，于是自汉以来古史之云雾拨开什之八九，……可谓豪杰之士也。”（15）但他的局限性在于，对于儒家经典包括《论语》、《孟子》却采取崇奉的态度，绝对的相信。他做学问的目的，是要使伪学不能“乱经”，邪说不能“诬圣”。他的学说有一个比较科学的、具有辩证因素的合理的内核，外面却包着一层陈腐的外壳。我们应该打破这层外壳，采用其合理的内核。由于他心目中存在着“尊经”、“卫圣”的成见，所以处处要维护孔子这一“理想的圣人”。这种成见不但妨碍他学说的发挥，而且有时使他不承认正确的事实，得出错误的结论。他辩《史记·孔子世家》中孔子“尝为季氏宰”的记载，就说“孔子岂为季氏家臣也哉”（16）！意思当然是圣人所不屑为。《史记》又记载“行摄相事，有喜色”，崔述则说：“摄相事有喜色，亦非圣人之度。”（17）都不是以考证这件事真不真来做判断，而是以“圣人之度”应该怎样作去取的标准。这种迷信圣人、尊奉儒家经典的做法，与他“考而后信”的态度正自相矛盾。