复指出阮元在扬州学派中承先启后的地位，曰：
    国初东南经学，昆山顾氏开之，吴门惠氏、武进臧氏继之。迨乾隆之初，老师略尽，儒术少衰。婺源江氏崛起穷乡，修述大业，其学传于休宁戴氏。戴氏弟子，以扬州为盛。高邮王氏，传其形声训故之学；兴化任氏，传其典章制度之学。仪征阮文达公，友于王氏、任氏，得其师说。风声所树，专门并兴。扬州以经学鸣者，凡七八家。是为江氏之再传。先大父早受经于江都凌氏，又从文达问故，与宝应刘先生宝楠切靡至深，淮东有“二刘”之目。并世治经者，又五六家，是为江氏之三传，先征君承先大父之学，师于刘先生。博综四部，宏通淹雅，宗旨视文选为尤近。其游先大父之门，而与先征君为执友者，又多缀学方闻之彦，是为江氏之四传。盖乾、嘉、道、咸之朝，扬州经学之盛，自苏常外，东南郡邑，无能与比焉。（注：刘寿曾：《传雅堂文集》卷1《沤宦夜集记》。）
    刘寿曾认为扬学是徽学在扬州的支流，他所描述的扬学谱系中，阮元的地位最为重要。故后人论扬州学派，辄以阮元作为大家。如张舜徽曰：“伯元聪明早豁，学问夙成。自言少时居江淮间，乡里先进多治经之儒，若顾文子九苞、李成裕惇、刘端临台拱、任子田大椿、王石臞念孙、汪容甫中，皆耳目所及，或奉手有所受。故于经史、小学、天算、舆地、金石、校勘，无不穷极隐微，有所阐发。沾溉所及，固不止于扬州一隅。而扬州之学，要必以伯元为巨擘。（注：张舜徽：《扬州学记》，《积石丛稿》，1946年石印本。）甚至有学者将阮元视为扬学始祖，如支伟成《清代朴学大师列传》即谓阮元别创扬州一派。（注：支伟成：《清代朴学大师列传》第6《皖派经学家列传叙目》，第76页，岳麓书社1998年版。）
    阮元作为学术积极扶持倡导者，是扬州学派的重镇，扬州学派另一巨擘焦循则是扬州学派通学思想的集大成者。
    焦循之学汲取吴、徽二学之长，而能融会贯通。焦循早年从事经学，由古训、古注入手，如其早年手批《周易兼义》多取荀爽、虞翻象数之说，对惠栋《周易述》一书亦颇加征引，其学近于吴派。（注：焦循手批毛氏汲古阁本《十三经注疏》，稿藏台湾中研院史语所傅斯年图书馆。有赖贵三整理本，里仁书局2000年版。）其后从事数学研究，一归于求是。撰《群经宫室图》，以《考工记》为基，遍稽群经，从传注而不株守，将古代宫室一一考索绘图，是焦循礼制研究的一部大书。（注：参彭林：《试论焦循群经宫室图》，“海峡两岸清代扬州学派学术研讨会”论文，2000年4月。）此书明显受到戴震名物典制之学的影响，与戴震《考工记图》相表里。焦循《毛诗草木鱼虫疏》一书专释名物，亦是专精之学。至其晚年撰《易通释》、《易图略》、《易章句》三书，则悟得数学洞渊九容之术，以数之比例移以治《易》，创旁通、相错、时行三义，“证之以实，运之以虚”（注：焦循：《雕菰集》卷13《与刘端临教谕书》。），形成了独具特色的易学阐释方法。移以治《论语》、《孟子》，亦成就斐然。乾隆季年嘉庆初年间，汉学为学术主流，而其弊端亦渐彰显。焦循当汉学极盛之际，已虑其变，因而提倡“经学之道因乎时”的通变的学术史观，并提出了其“证之以实，运之以虚”的学经方法论，以矫其偏。其论曰：
    循谓经学之道，亦因平时。汉初，值秦废书，儒者各持其师之学。守之既久，必会而通，故郑氏注经多违旧说。有明三百年来，率以八股为业。汉儒旧说，束诸高阁。国初经学萌芽，以渐而大备。近时数十年来，江南千馀里中，虽幼学鄙儒，无不知有许、郑者。所患习为虚声，不能深造而有得。盖古学未兴，道在存其学；古学大兴，道在求其通。前之弊，患乎不学；后之弊，患乎不思。证之以实，而运之于虚，庶几学经之道也。（注：焦循：《雕菰集》卷13《与刘端临教谕书》。）
    焦循认为，西汉之学功在存古，东汉之学长在会通。就乾嘉汉学论，其初起时以求古为特征，学者孜孜从事于复兴汉学的工作。皮锡瑞认为乾嘉汉学“传家法”、“守专门”，故推为“经学复盛时代”（注：皮锡瑞：《经学历史》，第320-321页，中华书局1959年版。）。至乾隆中叶清廷开四库馆，汉学遂臻其极。《四库全书总目》谓：“汉代传经，专门授受。自师承以外，罕肯旁征。故治此经者，不通诸别经。即一经之中，此师之训故，亦不通诸别师之训故。专而不杂，故得精通。”（注：永榕等：《四库全书总目》卷33《经稗提要》，第278页，中华书局1965年版。）焦循则认为学者不宜拘守汉说，一味嗜古，必须“不执己”、“不因人”，以通学为归，方为经学正道。焦循因而明确对“考据”之说进行批评：
    朱子之徒，道学为门户，尽屏古学，非也。近世考据之家唯汉儒是师，宋元说经，弃之如粪土，亦非也。自我而上溯之汉，古也。宋，亦古也。自经而下衡之宋，后也，汉亦后也。唯自经论经，自汉论汉，自宋论宋，且自魏晋六朝论魏晋六朝，自李唐五代论李唐五代，自无论元，自明论明，抑且自郑论郑，自朱论朱，各得其意，而以我之精神血气临之，斯可也。何考据云乎哉？（注：焦循：《里堂家训》卷下，《传砚斋丛书》本，光绪十一年仪征吴氏孱守山庄刊。）
    焦循具有通变的学术史观，故能打破汉、宋学乃至古今一切学术的壁垒，其所谓经学，是以经籍为本，以恢复经典及各代各家注疏的真貌、意旨的内容为重要内容，复须“以我之精神、血气临之”，从而使经籍中蕴含的义理与个人的体验融密无间，将经学研究落实到人生的层面，此论洵为经学的至语要道。
    焦循的通学思想不仅限于其经学研究中，亦体现于义理学、史学、文学思想中。义理学中他尊朱而不废王，曾作《良知论》，深赞王学之直捷简明。史学上焦循曾撰《国史儒林文苑传议》一文，可见其史书《儒林传》、《文苑》之设立、分合与一代学术与文学盛衰相关。因此遍论历代学术兴衰与史书得失，议拟清国史《儒林》、《文苑》七则，曰征实、长编、兼收、鉴别、详著、公论、附件。其论极为公正通达。（注：焦循：《雕菰集》卷12《国史儒林文苑传议》。）焦循于文学上则提出“一代有一代之所胜”（注：焦循：《易馀龠录》卷15，清嘉庆刻本。）的文学史观，在近现代文学史研究中影响甚大。此处不具论。
    扬州学派的通学思想在清代学术史上具有重要的价值，适如张舜徽所言：
    余尝考论清代学术，以为吴学最专，徽学最精，扬州之学最通。无吴、皖之专精，则清学不能盛，无扬州之通学，则清学不能大。
    确然，扬州学派以其通学思想救正了考据学的弊端，恢大了清学，并在一定程度上具有了现代学术的因子。