从《明史稿》12册编纂、修改的状况来看，它们并不是处在史馆成稿的同等程度或阶段上。明显的表征是，并非所有列于卷首的目录都标出该卷正、附传文所属的《明史·列传》的卷数；标示了的，也有程度上的差别。如第6册，卷首仅有“明史第”、“列传第”字样，第8册则标示了“明史第”、“列传第一百九十二”这样更接近于成稿形态的信息。第9册目录中的小字注文，至少说明史稿的这部分“列传”，已经放置到了第“一百九十七”。另有第10册所示此册为“忠义传三”，比第7册仅示此册为“忠义传”进了一步，也是阁藏本《明史稿》各册并不处于修纂与删改同等阶段的证明。
    同样能够提示我们阁藏本《明史稿》含有处于不同编纂阶段信息的，还有上述第9册第63页的那句墨笔书写、明显不属传文的话：“此乃从稿本中誊清者。……抄时当以稿本编次为据，此不过汇订成袠耳，无次序也。”(14) 该册包括3页目录，分别是列出周朝瑞等5篇正传、1篇附传的第63页，列出“赵彦”等8篇正传的第65页和朱笔列出刘中敷等4篇正传的第105页。这里所说从稿本中誊清而不依既定之序，再抄时以稿本为准的，是指周朝瑞等6人传文。或出于誊抄之便，或是书手随手摆放，以致有这句徒作说明的传外文字。事实上，周朝瑞等传在见存《明史稿》中的位置，并未被确定。第10册“忠义传三”后所附，便有包括“周朝瑞”等5人在内、并另有《曹应麟传》的6篇零散传记。
    各册目录与其后正、附传的吻合程度及其所用墨、朱笔所示的撰写先后情况，也能说明这一问题。同在第9册，第105页有列名4人的另份目录，由朱笔书写，且只录正传，不录附传。事实上，其中刘中敷、张凤和孙原贞传后均附有1～3人不等的附传。这便能与上文引述的“抄时当以稿本编次为据，此不过汇订成袠耳，无次序也”适相印证。同类情况，另有第3册第15页书写“方瑛”等7人的目录页，可见这并非孤例。
    目录中小字标注的内容和页眉题注的文字，也可证阁藏本《明史稿》并非完稿。第9册与周朝瑞同列名于目录的5人名下，即有这类注文。在“周起元”名旁及其下有两条小字注：“一百九十七”和“稿见邹元标起首一本内”；“王永光”名旁及其下小字注为：“一百九十三”和“稿见曹于汴起首一本内”。见存《明史稿》中，却并无邹元标和曹于汴的传记。类似的情况，还有第1册《张诗传》下墨笔标示“此处入吴晓传”，第4册《王崇之传》首名下的墨笔提示“附强珍后”，第6册目录中“徐学谟”名下的朱笔小字注“改入王国光卷”等，涉及的《吴晓传》《强珍传》和《王国光传》，却均不存于《明史稿》。
    在阁藏本《明史稿》中出现了几处列传数：计有第8册的“列传第一百九十二”，第9册的“一百九十三”、“一百九十六”、“一百九十七”和第12册的“列传第一百十七”。根据列传序数的排列，我们可以推见，列传第190前后的传文，因有对所处列传序列的调整和特殊标注，代表了此稿所处的撰写和修改阶段。在《明史》成稿中列名于其后的传记，可能此刻已有草撰的传文，在序数上却较此为迟，它们或当尚未达到编入列传序列的步骤。
    以上情形足以说明，阁藏本《明史稿》具有由此可见官修《明史》撰稿、编纂、修订、成书过程的重要文献价值。
    （三）注改与修史思想略析
    阁藏本《明史稿》是否为万斯同手稿，柳诒徵、谢国桢、沙孟海等名家的认定，均有具体所指，非泛论全稿，实则存在保留意见。其共识是墨、朱笔添注为万斯同手迹无疑，存疑的是墨笔原稿。下文的析说，便从这些题注入手。
    在第1册《吴一鹏传》后，有与传文同体，低一行行文的墨笔注文如下：
    一鹏诸疏，尽见嘉靖《实录》，拿见《献征录》方鹏所作传。
    同册《黄宗明传》后，也有同类的墨笔附注：
    宗明议礼疏，见《实录》嘉靖三年四月；上光禄须知疏，见十年九月；请出器皿疏，见十年十一月；救杨名疏，见十一年十月；论兵变疏，见十四年四月；末后一段，见十五年闰十二月；余见《献征录·神道碑》。元恭劾高忠事，见《实录》廿九年七月；举将才，见本年八月。(15)
    第7册“王鈇、钱泮”的合传末，也可见这类墨笔添注，提到传中史料见于《明世宗实录》《献征录》《生气录》。(16)
    以明代历朝《实录》为参照来研习史事并修史，是万斯同坚持的根本史学思想。这正如方苞在给万斯同写的墓表中引述他的话所说：
    吾少馆于某氏，其家有列朝《实录》，吾默识暗诵，未敢有一言一事之遗也。长游四方，就故家长老求遗书考问往事，旁及郡志、邑乘、杂家志传之文，靡不网络参伍，而要以《实录》为旨归。盖实录者，直载其事与言而无可增饰者也。……凡《实录》之难详者，吾以他书证之；他书之诬且滥者，吾以所得于《实录》者裁之，虽不敢具谓可信而是非之枉于人者盖鲜矣。[2]33
    在整部阁藏本《明史稿》中，焦竑的《献征录》被添注文字提及3次，也是除《实录》外被提出参覈最多的史料。(17) 从万斯同对明代所成史书的讨论看，该书也是他在谈及这一议题时，被特殊提出表彰的史籍。他在给好友范光阳的信中说：
    弟向尝流（浏）览前史，粗能记其姓氏，因欲遍观有明一代之书，以为既生有明之后，安可不知有明之事！故尝集诸家记事之书读之，见其抵牾疏漏无一足满人意者。如郑端简之《吾学编》、邓潜谷之《皇明书》，皆仿记传之体而事迹颇失之略。陈东莞之《通纪》、雷古和之《大政记》，皆仿编年之体而褒贬间失之诬。袁永之之《献实》，犹之《皇明书》也。李宏甫之《续藏书》，犹之《吾学编》也。沈国元之《从信录》犹之《通纪》。薛方山之《献章录》犹之《大政记》也。其他若《典汇》《史料》《史该》《国榷》《世法录》《昭代典则》《名山藏》《颂天胪笔》《同时尚论录》之类，要皆可以参观，而不可以为典要。惟焦氏《献征录》一书，搜才最广，自大臣以至郡邑吏，莫不有传。虽妍媸备载，而识者自能别之。可备国史之采择者，唯此而已。(18)