二、“五帝”与“三代”本纪的时代局限
    司马迁在他那个时代充分利用客观条件和主观努力，使他所编次的“五帝”“三代”本纪达到尽可能的完整、系统与客观公正。如果站在今天历史学角度看，《史记》也还存在着不少局限。这种局限有客观与主观两个方面原因。而这些主客观局限也是司马迁所处的时代所造成的，司马迁本人很难超越。试分析如下。
    1.秦始皇“焚书坑儒”，在客观上造成了司马迁编纂《史记》时所参用的资料不全面。
    先秦时期，各氏族、各诸侯国都有史书。其最初的史书为口耳相传的民族史诗，至夏商周三代之后，著于竹帛，镂于金石，是为“颂”。其后衍为散文，是为“春秋”。即《孟子·离娄下》所谓“王者之迹熄而《诗》亡，《诗》亡然后《春秋》作”。“春秋”成了各诸侯国史书的通名。《墨子·明鬼下》有“周之《春秋》”、“燕之《春秋》”、“宋之《春秋》”、“齐之《春秋》”等记录。《隋书·李德林传》引墨子之言称：“吾见百国《春秋》。”有时，各国“春秋”又有别名。如《孟子·离娄下》：“晋之《乘》，楚之《梼杌》，鲁之《春秋》，一也。其事则齐桓、晋文，其文则史。孔子曰：其义则丘窃取之矣。”这段话说明，《乘》《梼杌》《春秋》，名称虽异，而性质实同，都是编年体史书，而孔子正是从中取义。
    先秦各民族都十分重视历史承传，而其中共同的特点是，学术典籍藏于官府，而管理学术的史官则为世代相传。《荀子·荣辱篇》：“循法则、度量、刑辟、图籍，不知其义，谨守其数，慎不敢损益也。父子相传，以持王公。是故三代虽亡，治法犹存，是官人百吏之所以取禄秩也。”章学诚《校雠通义》也说：“三代盛时，无不以吏为师，周官三百六十，天人之学备矣。”“官守学业，皆出于一，而天下以同义为治，故私门无著述文字。”
    到了春秋以后，史官学术典籍更为繁荣。《国语·楚语上》载，春秋中叶，楚庄王就如何培养太子一事征询史官申叔时的意见。申叔时就一下子列出了九种史官学术典籍：“教之《春秋》，……；教之《世》，……；教之《诗》，……；教之《礼》，……；教之《乐》，……；教之《令》，……；教之《语》……；教之《故志》，……；教之《训典》，……。”楚国的史官学术著作不仅于此。据《左传》昭公十二年载，楚左史倚相“能读《三坟》《五典》《八索》《九丘》”，杜预注，这些“皆古书名”。
    楚国偏居江汉，学术典籍尚且如此丰富，则当时作为学术文化中心的中原，其典籍之繁盛，更是可以推想而知。《国语·周语上》载：“天子听政，使公卿至于列士献《诗》，瞽献《曲》，史献《书》，师《箴》，瞍《赋》，蒙《诵》。”这里所列的一些学术典籍，又非楚国所全有。我们试在前辈学者研究的基础上，对先秦文献里所列三代学术典籍的书名略作搜罗，竟达七、八十种之多。今列于下，以备观览：
    如此丰富的先秦学术典籍，本可以为司马迁编著《史记》时全面采纳。然而，一个令人痛心的历史事实是，秦始皇焚书坑儒，几乎销毁了各国史籍。秦并六国，为了统一政令，首先要做的便是焚毁各诸侯国的史书典籍。《史记·秦始皇本纪》载李斯奏请秦始皇，力陈各国执掌史籍对于秦国之害：
    丞相臣斯昧死言：古者天下散乱，莫之能一，是以诸侯并作，语皆道古以害今，饰虚言以乱实，人善其所私学，以非上之所建立。
    于是要求下焚书令，其中第一条便是要求焚烧各国史籍：
    臣请史官非《秦记》，皆烧之。
    这是说，除了《秦记》之外，其他各诸侯国史官所藏的历史书，“皆烧之”。此事又见于《史记·六国年表序》：
    秦既得意，烧天下《诗》《书》，诸侯《史记》尤甚。
    在秦始皇所焚烧的各国书籍中，“诸侯《史记》尤甚”，这是因为，春秋以前，学在官府，各国史籍均由朝廷史官所藏，民间没有流传，所以焚烧起来特别彻底。《史记·六国年表序》对此有比较客观的分析：
    《诗》《书》所以复见者，多藏人家。而《史记》独藏周室，以故灭。惜哉，惜哉！
    正是由于这次焚烧，原来极其丰富的先秦各国史籍几乎消失殆尽。由于史书不在民间流传，因此一旦焚毁，就难以弥补。汉代刘向、刘歆父子校理皇家图书时，史书无法成部，只有附于“春秋家”之下。其事见于班固据刘歆《七略》所作的《汉书·艺文志》当中。而司马迁作《史记》，也只有依据不记日月的《秦记》。这不能不说是中国文化史上的一大损失。
    尽管司马迁在编纂《史记》前已博览皇室典籍，并遍游全国实地考察，收集资料。但实际上，先秦时期的许多历史资料已经丢失了。这不能不影响到《史记》的著述。我们考察《史记》之十二本纪，则是五帝至三代本纪比较简略，秦汉诸本纪比较详细。这不是司马迁的本意，而是由于三代以上资料不足所致。对此，司马迁本人也有交代，其《自序》说：“略推三代，录秦汉，上记轩辕，下至于兹，著十二本纪”。三代只能“略推”，秦汉则可详“录”了。班固和班彪都曾指责司马迁作三代本纪太简略。班固说：“其言秦汉，详矣”，而在作五帝本纪和三代本纪时，“采经摭传，分散数家之事，甚多疏略，或多抵梧”（《汉书·司马迁传》）。班彪则说：“迁之所记，从汉元至武以绝，则其功也。”而在作三代本纪时，“采经摭传，分散百家之事，甚多疏略”（《后汉书·班彪传》）。两人指出《史记》记载三代以上历史“甚多疏略”，符合事实，但因此批评司马迁，实在有点难为他了。