2.司马迁“考信于六经”，主观上造成了“五帝”“三代”本纪在选取先秦史料时的一定片面性。
    秦始皇“焚书坑儒”，各诸侯国史籍几乎殆尽。而孔子整理的“六经”因孔子弟子传授而散在各国民间流传。因此，秦始皇焚书时，“六经”虽在被焚之列，却终没有灭绝。这就是《史记·六国年表序》所说的：“秦既得意，烧天下《诗》《书》”，而“《诗》《书》所以复见”者，是由于“多藏人家”。
    “六经”在秦火之后的流传情况，大致都可考见。《易经》未遭秦火，《诗》与《春秋》则以讽诵而传，《尚书》《礼》则各有藏本。因此，到了汉代，六经古本大致得以保存，加之统治者的倡导，经之今古文师徒相传与讨论颇盛。《汉书·艺文志》将国家图书分为六艺略、诸子略、诗赋略、兵书略、数术略、方技略共六大类，而六经居首。说明经秦火之后，保存先秦历史文化的典籍，主要是六经。
    而司马迁著《史记》的五帝本纪与三代本纪，主要的材料来源就是六经。这就是司马迁自己宣布的“夫学者载籍极博，犹考信于六艺”（《伯夷列传》）。《诗》《书》《礼》《易》《乐》《春秋》并非孔子的创作，而是在孔子之前即已存在了。孔子整理六经时，本着“述而不作，信而好古”（《论语·述而》）的原则，基本保留了六经的原始资料，正如章学诚在《文史通义·易教上》所指出：“夫子之述六经，皆取先王典章，未尝离事而言理。”而司马迁的《史记》正是以孔子整理的六经为主要资料来源，这是其可取的一面，已如上述。
    但是，另一方面，孔子所处的时代在思想文化上出现了一个巨大变化，这就是宗教精神的淡化和人文精神的崛起。孔子是这场文化运动的积极参与者、有力推动者和系统总结者。孔子他“不语怪力乱神”，“敬鬼神而远之”，倡导以人为中心的“仁”学。这在思想文化发展史上是具有积极意义的。但是，上古历史文化本是通过宗教的形式承传下来的，而孔子往往以理性的眼光将这些总结上古宗教的神话进行人文化的处理，这就是学者们所总结的“神话的历史化倾向”。例如在古代有“黄帝四面”的传说，这是古人认识四方四季时空观念的形象反映，但据《尸子》记载，孔子竟然将“黄帝四面”改造成了“黄帝手下的四位属臣”。又如，古代有关于太阳图腾神“夔一足”的神话。据《韩非子·外储说左下》记载，孔子又将“夔一足”改造成了“夔一，足矣”。说不是夔一条腿，而是夔作为尧的音乐官水平很高，就他一个人就够了。对于这种现象的出现，茅盾先生在其《神话研究》中有所总结：“孔子出，以修身齐家治国平天下等实用为教，不欲言鬼神，太古荒唐之说，俱为儒者所不道，故其后不特无所光大，而又有散亡。”
    这种以人文精神改造原始宗教文化的倾向，构成了中原儒家典籍的总特点。以今天的眼光看，对于这种特点是需要批判地继承的。而司马迁著《史记》时，却过分强调了儒家典籍。其《五帝本纪》说：
    学者多称五帝，尚矣。然《尚书》独载尧以来，而百家言黄帝，其文不雅驯，荐绅先生难言之。孔子所传宰予问《五帝德》及《帝系姓》，儒者或不传。余尝西至空桐，北过涿鹿，东渐于海，南浮江淮矣，至，长老皆各往往称黄帝、尧、舜之处，风教固殊焉，总之不离古文者近是。予观《春秋》、《国语》，其发明《五帝德》、《帝系姓》章矣，顾弟弗深考，其所表见皆不虚。书缺有间矣，其轶乃时时见于他说。非好学深思，心知其意，固难为浅见寡闻道也。余并论次，择其言尤雅者，故著为本纪书首。
    《三代世表》则曰：
    余读《谍记》，黄帝以来皆有年数，稽其《历谱谍》、《终始五德之传》。古文咸不同，乖异。
    虽然司马迁态度十分谨慎，将《五帝德》、《帝系姓》等所载黄帝、尧、舜等传说资料与《春秋》、《国语》相对照，并以实地考察为印证。在材料的选择上，尽量做到“余并论次”，但实际上还是有明显的倾向的，这就是“择其言尤雅者”。所以，对于那些“文不雅驯，荐绅先生难言之”的“百家言黄帝”，对于那些与“古文咸不同”的《谍记》所记黄帝年数，均没有予以采纳。
    司马迁作《史记》之“五帝”、“三代”本纪时所采取的“择其言尤雅者”之儒家标准，必然会造成《史记》叙述上古史时的局限性。因为五帝时代与夏、商两代的宗教文化仍十分浓厚，并影响当时的社会结构。若以西周礼制文化基础上发展的儒家理性文化为标准来削裁处理五帝与夏商时代，难免会造成一定程度上的历史失实。
    殷商民族是个尚鬼重祀的民族，在先商时期直到商代前期，仍保留着浓厚的氏族社会特征。例如氏族社会“禅让制”遗留下的“二头并政”现象，氏族游牧流动背景下出现的“兄终弟及”制现象，都是最显著的例证[4]。然而，以西周以来的宗法礼制儒家文化看来，这是属于“文不雅驯，荐绅先生难言之”的事，因此，《殷本纪》对此便有所缘饰改造。据六经之外的先秦文献《楚辞·天问》和《山海经》等书记载，殷族先公世系中，有王季的儿子王亥与王恒兄弟为王的世系。《天问》说：“该秉季德，厥父是臧；胡终弊于有扈，牧夫牛羊？”又说：“恒秉季德，焉得夫朴牛？”前云“该秉季德”，后云“恒秉季德”，可见“该”与“恒”为同辈关系，而季则为上辈。这就是所谓“兄终弟及”制。而王该、王恒兄终弟及的世系已得到了甲骨卜辞的有力证明。此事已由王国维《殷卜辞中所见先公先王考》首次全面作了论证。可见《楚辞》、《山海经》所载不诬。然而，司马迁著《殷本纪》“以《颂》次契之事，自成汤以来，采于《书》、《诗》”（《史记·殷本纪赞》），遵守其“考信于六艺”的取材标准，而对于《天问》、《山海经》这些在“荐绅先生”看来属于“文不雅驯”的材料反而不予重视。其结果便是在《殷本纪》中出现了由王季到王亥再到上甲微祖父子三代直传的宗法世系，而将“王恒”一世删去了。这是司马迁作《殷本纪》在主观思想上受儒家思想影响而造成《殷本纪》部分失实的一个显例[5]。