与绝大多数汉学家相比，崔述的学术思想中存在着更为深刻的内在矛盾：既想破除对传统古代观的迷信，又笃信经书和圣人；既想实事求是地考辨古史，又相当主观地得出结论；既精到（善于发现矛盾），又固陋（读书不多）。所以《考信录》一书中的盲信与固疑并存，许多论说游移于两端之间。正像钱穆所说：“崔氏之于古史，有信之太深者，亦有疑之太勇者。”譬如，崔述驳斥了古书中对三皇五帝的不实之辞，明确地指出：“初无五帝之名，亦无五德之说也。”（注：崔述：〈补上古考信录〉，《遗书》，页27。）又如，崔述在详尽地驳辨了以五德终始说明古代帝王相代的传统说法之后，接着指出这些说法都是战国、秦汉人的主观构想。他说：“至于唐、宋，谶纬之学虽衰，而学者生而即闻五德之说，虽终身不复疑，亦不复知其说之出于（邹）衍与（刘）歆矣！”（注：崔述：〈补上古考信录〉，《遗书》，页50。）这些都展示了他对传统的古史的怀疑。然而，他疑三皇五帝却是由于儒家经典最为重视“先王”的缘故，他之所以主张五德终始说不可信的出发点乃是：“夫五行之说昉于《洪范》，上古帝王之事详于《春秋传》，《洪范》不言，《春秋传》之说不合，然则是五德终始说者乃异端之论而非圣贤之旨明矣。”（注：崔述：〈补上古考信录〉，《遗书》，页49。）
    如同其他儒家学者一样，崔述之治经史始终贯穿着一个思想，即恪守儒家之道。由于崔述坚信《六经》之中保存了三代以上的圣道，故其考信古史创获固多，偏宕之处亦不少。崔述总是按他心目中“理想圣贤”的模式来描述周公、孔子等圣人，为了维护儒家圣贤的地位，他甚至宁可接受谬误而摈弃真实。（注：见胡适：〈科学的古史家崔述〉，《遗书》，页994。）他的历史方法和道德判断经常互相凿枘。比如据《吕氏春秋》所载，卞随、务光因反对商汤伐夏桀之举而投河自溺。崔述在〈商考信录〉中否定此段记载的可靠性，他的目的是为商汤辩解。他说：“汤之伐夏，谋于国之卿大夫则有之，必不谋之隐士。天下者，天之天下，非汤所得私也，岂容私让之一二人！”（注：崔述：〈商考信录〉，《遗书》，页136。）崔述还曾置历史事实于不顾，否认孔子曾应佛肸之召的事实。他的根据是，“佛肸以中牟畔，是乱臣贼子也；孔子方将作《春秋》以治之，肯往而助之乎！”（注：崔述：〈洙泗考信录〉，《遗书》，页291-292。）这显然是在为圣人辩护。前面曾讨论过，崔述正确地指出了古代之天子诸侯与后世之君臣关系不尽相同，可是他这样的认识却是从维护周文王的名誉出发的，他说：“周固未尝叛商，亦未尝仕于商，商自商，周自周。”（注：崔述：〈丰镐考信录〉，《遗书》，页169。）崔述之所以极力否认殷周之间存在君臣关系的理由是，“君臣之义，千古之大防也”，（注：崔述：〈丰镐考信录〉，《遗书》，页169。）文王既然是圣人，就不会对商不守臣节而自行称王。这正是钱穆所说的：“崔氏先横一后世君臣之论理于胸中，遂谓文王必不立纣之朝而为纣臣。”（注：崔述：〈钱穆序〉，《遗书》，页1049。）这种以捍卫古圣先贤形象为基调的古史考证自有其内在的思想根源，说明了他在观念上并未突破传统儒家的格局，从而无法形成足以统摄其考证成果的史学架构。也正是由于崔述的古史研究依附于《六经》，因此他不仅难以摆脱考证上的两难境地（dilemma），其著作的学术价值也不免大为减损。
    总而言之，任何人若试图对崔述的考证学作比较完整的评估，都必须将其经史研究之著与清代汉学加以比较。通过本文的讨论可以看出，崔述绝非清代考据学之典型代表，他在清代学术界的定位也不可轻易归于汉学。这表现为不仅在主观上，崔述本人从未向汉学家表示过认同，而且在客观上，崔述与汉学家在考证上有许多不同之处。我们还可以从儒学内部的学术流变的线索中，了解到更深一层的涵义--即崔述的经史考证在方法论上仍停留在宋代学术“道问学”的系统之中（此中的原因很复杂，详情容俟他文再论）而无重大突破，故最终未能发展成为清代汉学以文字训诂为核心的知识价值系统。