熙宁七年，天旱严重，反对变法的朝廷重臣文彦博及左右近习乘机向神宗进言，攻击“市易务扰民不便者甚众”。于是，神宗命令专管市易的三司长官曾布负责究查该事。到该年三月，曾布于崇政殿向神宗具奏所闻于魏继宗者，其言指出：吕嘉问等“务多收息以干赏，凡商旅所有，必卖于市易，或市肆所无，必买于市易。而本务率皆贱买贵卖，重入轻出，广收赢余，诚如继宗所言，则是挟官府而为兼并之事也”。宋神宗闻奏后“喜见于色”。但此后王安石则以曾布与吕嘉问有矛盾，所言未必真实对答神宗，神宗于是下令曾布与吕惠卿共同根究市易务违法一案(23)。
    对于曾、吕二人根究市易违法案的过程，南宋史家李焘在《续资治通鉴长编》中有极为详细的记载。其大致过程如下：曾布既受诏与吕惠卿共同根究市易事，有人向曾布建议：“中书每以不便事诘嘉问，嘉问未尝不巧为蔽欺，至于案牍往往藏匿改易，如不惩革此弊，虽根究无以见其实。”曾布又听说吕嘉问已“呼胥吏持案牍还私家”，准备隐藏更改，于是上奏请求出榜以厚赏募告者。次日，神宗批复：“依奏付三司施行。”曾布即命人张榜于吕嘉问所居。第三日，吕惠卿至三司，召魏继宗及行人问状，未有一人有异辞。吕惠卿退，以魏继宗还官舍，诘问曾布所以辟继宗为指使缘由，并且再三“诱胁”魏继宗，令“诬布”以增加所言。继宗不从，反而全告诉了曾布。吕惠卿又遣弟吕温卿“密造”王安石言张榜事，并且说：“行人辞如一，不可不急治继宗，若继宗对语小差，则事必可变。”而吕嘉问向王安石诉说尤切，王安石欲夜收张榜，左右告知有御宝批，乃止。是日，吕惠卿以急速公事请求独对，曾布亦以魏继宗所告曲折上奏，并且指出：“惠卿所见不同，不可共事，乞别选官根究。”未得到答复(24)。
    在此期间，翰林学士吕惠卿上奏：“奉诏与曾布同根究市易事，勾集行人照证，而有臣未到以前布所取状，臣恐当再行审覆，乞下开封府暂追赴臣处供析，即更不禁系。”中书欲依据吕惠卿所请施行，神宗批示：“可令布、惠卿一处取问，所贵不致互有辞说。”三司既收牓放罪，神宗又以手札赐曾布，令求对。曾布即具陈行人所诉，并奏吕惠卿奸欺以闻。同时，曾布请求辞职，神宗不许。随后曾布还揭露了薛向编管无罪牙人之事(25)。
    从以上记载可以看出：曾布根究的重点，是吕嘉问以及薛向等当时市易法实施者的违法问题，而吕惠卿则重点追究魏继宗所言市易违法是否属实，以及魏继宗被曾布辟为指使的缘由。这是事件发生演变的第一阶段。在该阶段，正如上面我们所言，已在职位及权力之争中处于下风的曾布，将市易违法事上奏神宗，神宗竟“喜见于色”，这无疑为曾布提供了扭转此前被动局面的难得机会。然而由于王安石的极力争取，神宗不得不委任曾、吕二人共同根究该案，这又使得曾布与吕惠卿只能共同处置该事。不过，曾布几次向神宗直言已无法与吕惠卿同朝共事，并且请求罢免自己的职务，可见二人已发展到难以共同治事的地步。
    随后，曾布和吕惠卿一同根究市易违法事，凡三五日向神宗奏对一次，“上初以布言为是，已而中变，从惠卿请，送魏继宗于开封府知在”。于是曾布上奏：“臣自立朝以来，每闻德音，未尝不欲以王道治天下。今市易之为虐，固已凛凛乎间架、阡陌之事矣。近日嘉问奏称，熙宁六年收息八十余万，乞推赏官吏。其间有贴黄云，近差官往湖南贩茶，陕西贩盐，两浙贩纱，皆未敢计息。臣以谓如此政事，书之简牍，不独唐、虞、三代所无，历观秦、汉以来，衰乱之世，恐未之有也。”神宗笑而颔之，并且告诉曾布说：“惠卿不免共事，不可与之争，于朝廷观听为失体。”此后曾布再与“惠卿会，惠卿颇有得色，诟骂行人及胥吏，以语侵布，布不敢校也”(26)。
    以上是该事件发展演变的第二阶段。该段表明神宗不再偏向支持曾布，为极力表明自己的态度以及观点，曾布进而指责朝廷实施市易收息实属前代未有之事。同时，由于受天灾以及朝野上下多种势力反对，加之神宗受反变法派言论影响而产生动摇，更是由于此时在根究该案时变法派内部出现矛盾与斗争，从而导致宰相王安石罢知江宁府，朝廷随即任命吕惠卿为参知政事(27)。
    最后到熙宁七年五月，中书户房比对市易务及曾布根究市易违法事，朝廷下诏章惇和曾孝宽就军器监置司根究以闻。其间，曾布向神宗就“所部是否违法”事言道：“陛下以为无罪，不知中书之意如何。况臣尝自言与章惇有隙，今乃以惇治狱，其意可见。”神宗说：“有曾孝宽在，事既付狱，未必不直。”曾布对答道：“臣与惠卿争论职事，今惠卿已秉政，势倾中外，虽使臣为狱官，亦未必敢以臣为直，以惠卿为曲。然臣为翰林学士、三司使，地亲职重莫如；臣所陈之事，皎如日月，然而不得伸于朝廷，孤远之士，何所望于陛下。都邑之下，人情，怨嗟沸腾，达于圣听，然而不得伸于朝廷，海隅苍生何所望于陛下。”自后曾布再未能得以奏对(28)。
    到该年八月，曾布罢知饶州，都提举市易司吕嘉问罢知常州。因此时军器监狱具，曾布坐不觉察吏人教令行户添饰词等被贬责；吕嘉问坐不觉察杂买务多纳月息钱被贬责(29)。
    以上是该案的第三阶段。曾布虽继续向神宗诉说委屈，不过最终曾布与吕嘉问均因坐“不觉察”等罪被贬责。