问题的根源还在于权利。尽管30年来，国家与农民的关系总体上在逐步好转，农民获得了一组过去所没有的权利，但对农民赋权还远远不够。农民的世界发生了诸多的变化，但是没有变化的他们在经济社会二元结构中的地位，他们仍然是弱势群体，还不能平等地分享改革的成果；他们的权利还不完整，权益被侵犯的事情还屡见不鲜。这是“三农”问题的根本症结所在，逻辑性地也是解决“三农”问题的战略堡垒。
    第一，土地应该是农民最主要的财产，但是农村改革迈出承包制的第一步后，就再没有实质性的第二步，以致农民的土地产权至今没有达到相对的完整，土地权益被经常分割，甚至侵犯。近些年来，快速推进的工业化和城市化导致了大量的失地农民，由征地而引发的冲突甚至群体性事件不绝如缕，其关键原因就在于农民缺乏完整的土地权利，在集体所有下没有充分的排他权利。西谚云“穷人的寒舍，风能近，雨能进，国王不能进”，意指穷人自己所有的寒舍，不经同意，连国王也无权随便进入，充分体现了所有权的重要性。
    抛开充满争议的所有权不说，中国农民连法律上的土地的抵押权也没有。《物权法》第四、五次审议稿中原本有“土地承包经营权人有稳定收入来源的，经发包方同意，可以将土地承包经营权抵押”的相关条款。2007年3月通过的《物权法》最终还是把这个条款删除了，并在其中的第一百八十四条规定，耕地、宅基地、自留地、自留山等集体所有的土地使用权不得抵押。这显然是对作为产权的核心--处分权完整性的分割，是对农民土地权益的限制，实际上也意味着，农民的承包地和宅基地除了农作和自居，再没有其他用途。因而，必然会影响到土地的资产属性和流动性，农民就不可能通过土地抵押的方式获得就业转移和产业扩张的信贷资金；同时，也会影响到农民的社会保障，如果某位农民不幸得了大病，需要做手术，他丝毫指望不上他的承包地和宅基地。
    第二，农民得到了市场带来的好处，也深受市场波峰浪谷的冲击折磨。在市场经济条件下，劳动果实并不直接等于通用财富，有时多收了三五斗，倒成了农民的负担，农耕社会了“丰收的喜悦”不再是必然的逻辑。对于高度分散的小农而言，社会化的大市场是一种难以驾驭的力量，以致谷贱伤农的现象屡见不鲜。比如，有的地方西瓜只卖3分钱一斤，有的地方白菜卖不出去而喂了猪羊，这成了农民的切肤之痛。农民的这个遭遇，显然与政府调控和保护力度不够有直接关系。从机制上讲，政府是否要保护农民的市场利益，似乎主要取决于市民的态度和反应，而不是农民的诉求。比如，2007年猪肉价格大涨时，市民反应强烈，政府为之担忧，以致国务院常务会议专门讨论生猪问题，农业部的有关领导甚至一年开了近100个有关猪的会议，并采取了很多措施平抑猪肉价格。但2006年，还有2009年以来，猪肉价格持续低迷，农民养猪收益大减，但政府关心的程度和支持力度显然与2007年相比不可同日而语。再如，三鹿事件后，奶业受到沉重打击，奶农损失惨重。在某奶业大县，奶农把牛奶倒入一个大坑，竟然淹死了一头猪。但是，快一年时间过去了，政府在保护奶农利益方面所采取的措施还远远不够。
    第三，农民可以流动，进城打工，权益也有了一定的改善，但20多年过去了，他们仍不能在城市落地。十六大报告中就曾提出，要走大中小城市和小城镇并举的城镇化道路，这也是解决农民工的市民化问题的基本路径。但是，这些年来，政府显然缺乏实质性的政策安排，甚至没有把问题摆在决策的议程之上。政府只是在统计中，把（在城市居住6个月以上的）农民工算作了市民，而并没有让他们真正变成市民。按照这样的统计，就有了一个自欺欺人的数据，我国的城市化率已经达到了46%，农民只剩了7亿多一点。但是，显而易见的是，数量庞大的农民工在城市的处境仍然是“经济上接纳，社会上排斥”，他们在城市辛勤地劳动，但并不是城市的主人。他们可能劳动2年，才能挣到自己亲手盖得一平米房子。
    第四，农民有了自治，但治理结构还不完善，公民社会的发育迟缓。农村是熟人社会，熟人群中通常会有一些成本更低的功能，可以解决公共物品的提供和集体行为中的权责对应等问题。按照秦晖的研究，在这样的熟人社会，有民主当然不错，没有民主，也不见得就是大问题。其实许多农村，面临的主要问题并非民主不民主，在这些地方“自治优于民主”，“自治比民主更重要”。真正最需要民主的，是那些缺少直接人际情感联系的陌生人社会、大尺度社会。农村主要是要推进有效的自治。所以，就不能把村民自治简单地等同于村民选举，重要的是要立足于乡村土壤发育公民社会，诸如各种行业协会、公益组织、社区组织、同人团体、互助组织、兴趣组织，特别是要发育类似日本农协和我国台湾农会的农民组织，等等。这些组织通常是非政府性、非营利性、自主性、志愿性，有利于国家权力向社会的回归，激发出民间的能量和力量，实现社会责任真正社会化，减缓社会震荡，也有利于城乡二元结构之间的沟通与衔接，减轻政府统筹城乡的压力。但是，目前看来，农村公民社会的发育空间还有限，还有不少障碍和牵扯，特别是农会的组建似乎还期之无期。
    第五，近年来，财政支农的力度不断加大，体现了某种程度上的善政养民，得到了农民的拥护，但距农民真实世界和公平原则的要求还相差很远。这在农村社会事业发展和农民福利保障方面，尤为突出。比如，在农村养老上，农民不像公务员和事业单位职工有退休工资，也不像城镇企业职工有养老保险；农民老年后的收入来源非常有限且不稳定，而且其中的一些老人已经丧失劳动能力；加之，30年来，立足于农业-宗法之上的农村传统文化受到了很大的冲击，农村中“孝”的文化已经大不如前，家庭养老并不可靠；这一切使得农村老人，特别是中西部（包括东部较穷的河北）4750万65岁以上的农村老人，处于令人堪忧的境况之中。再如，农村新型合作医疗虽然得到大面积推广，但相当多的农民仍然难以负担高额的住院费用（按规定住院费用只有在门槛费之上的部分才能报销，不同级别医院的门槛费分别为500元或1000元不等，可报部分的报销比例也较低，其中像CT之类的检查费需要自费），以致一个不重的病可能最终要命。事实说明，公共财政的阳光还没有平等地照耀城乡大地，城乡间冷暖不匀，苦乐不均。