澧阳平原邦国，到屈家岭文化中、晚期势力向东进一步发展，邦都也迁到鸡叫城古城。鸡叫城已是近方形的城址，面积比城头山古城大，结构更为合理。邦国进一步整合、演进，兼并周边地区，疆域更广，邦都更大。到屈家岭文化晚期阶段，长江中游地区已形成以石家河古城为邦都的汉水以东、澴水以西地区，以城河古城为邦都的汉水以西、长江以东地区，以鸡叫城为中心的长江以西的澧阳平原和邻近地区，以澴水以东叶家庙古城为中心的地区这样四个隔河而治的主要邦国。石家河邦国实力最强，处于领先地位，屈家岭文化晚期已开始向方国迈进，到石家河文化早期，长江中游地区其他三个主要邦国被石家河邦国进一步整合，诞生了三苗方国。
    石家河古城存在年代约为前2600-前2000年。由谭家岭、邓家湾、三房湾等数十处遗址构成。城内有着巨大的宫殿或宗庙等特殊用途的大型建筑遗址。其城内居民据估算为22500-50000人。（85）城内外都存在早于城址的聚落遗址，反映了它从中心聚落发展为聚落群权力的演化历程，说明古城是在聚落群的基础上兴建起来的。除原来邦国的四级聚落外，进而形成以石家河古城为顶端的金字塔形五级聚落等级。石家河古城进一步确定中心地位，是典型的方国之都。大型宫殿区、宗教活动区和大量宗教礼仪区和宗教礼仪陶器的生产等，也说明已是一个方国之都而不是一个蕞尔小国的邦国之都。
    1927年，蒙文通考察中国上古民族及文化，得出“古民族显有三系之分”的结论。他还以地域分布称此三系为“江汉民族”、“河洛民族”、“海岱民族”，又以传说的“炎帝”、“黄帝”、“泰帝”（太昊伏羲氏）之名分称三系为“炎族”、“黄族”、“泰族”，认为三族渊源不同，泰族祖居东方滨海地区（主要是渤海湾沿岸），黄族出于西北，炎族则在南方。（86）徐旭生则从古代文献和考古发掘两方面入手，并结合相关民间传说，力图考证有文字记载历史之前的中国社会状况，包括当时的部落分布、彼此之间的关系、社会经济发展水平等，系统论证古代部族的三大集团--华夏集团、苗蛮集团、东夷集团，认为苗蛮集团的中心在今日的湖北、湖南两省。（87）
    已有学者论证屈家岭、石家河文化为苗蛮文化。（88）根据考古发掘可知，石家河方国范围包括湖北、豫西南、湘北、湘中等地区，相当于三苗地区。《尚书·吕刑》中有对三苗滥施刑法的记载，尽管它可能是中原方国为征伐三苗的一个师出有名的借口，也间接说明三苗已有刑法。徐旭生引《说文》“灵，巫也”的说法，将“苗民弗用灵”释为三苗不肯遵守华夏族的宗教（巫教）习俗。（89）说明中原方国力图使三苗方国遵守中原的宗教习俗，在意识形态方面也令其和中原方国保持一致，使其处于从属地位。此时应已到方国的晚期阶段--准王国阶段。
    长江下游的江浙地区古代气候温暖适宜农业生产，水网纵横便于交通运输，分布着发达的新石器时代文化。以太湖为中心的杭嘉湖平原是这一地区的文化中心。莫角山古城面积达290万平方米；其周边方圆约50平方公里范围内已发现100余处同时期的聚落遗址和墓地，其中包括多座大型祭坛和贵族墓地，该古城是这一地区的统治中心，周围的聚落、祭坛、墓地等遗址组合成众星拱月的局面。（90）
    地处四川盆地的新津宝墩文化古城和海岱地区滨海的日照尧王城，则可能是龙山文化时期所在地区的方国之都。（91）而分布于内蒙古东部和辽西地区的红山文化晚期遗址中，发现了代表红山文化最高层次中心聚落的大型祭祀建筑群、积石冢及以玉雕龙为主的随葬玉器。（92）此时的红山文化也可能进入方国阶段。
    龙山文化晚期，石家河方国、良渚方国衰落，原因除战争说，方家提出神权与王权说、气候或洪水说、粮食作物单一说等。（93）笔者认为战争是其直接原因。为了满足土地资源、劳动力和财富等需求，中原地区一些实力较强的邦国先是“逐鹿中原”成为中原方国首领，再“征服天下”，成为“天下共主”。
    先秦文献中，有不少关于尧、舜、禹征伐三苗的记载。（94）在中原华夏集团强大的军事“南征”之下，三苗文化迅速衰落，考古发掘材料基本可以印证文献所载。新石器时代北方、南方地区在历史上有过文化的交流互动，更有腥风血雨的战争。如蒙文通论及炎帝族为南方江汉间部族，炎族曾北上与黄帝族大战，战败后“熊湘江汉之南犹为炎族割据”。（95）禹征三苗为尧、舜以来“华夏”与“苗蛮”两大集团之间战争的继续。（96）三苗也曾北上中原争雄，但因深层次的社会、自然原因，而最终被灭国。三苗方国、良渚方国最终未能跨入王国文明的门槛，但其文明的成就汇入了多元一体的中华文明历史长河之中。
    《史记·五帝本纪》应有其符合历史客观事实的成分，尽管关于五帝时代的时间时贤有不同说法，新石器时代末期即为五帝时代晚期这点可能没有异议。此阶段即为方国阶段，在此阶段后期开始向王国过渡，进入准王国阶段。
    地处黄河流域中游的陶寺古城早期城址距今约4300年，南北长约1000米、东西宽约560米，面积约56万平方米，已是一座功能比较完备的方国之都。城南为公共墓地，已发掘1000多座墓葬中，只有十分之一的墓有随葬品。其中9座大型墓，不仅墓穴大，还随葬有象征权力的钺和斧之类的玉石兵器、1.5米高的陶鼓、1米左右的鼍鼓和大石磬，而且都随葬有直径达50-60厘米左右的彩绘龙纹陶盘。（97）这些随葬品显然是墓主人作为方国之君权势和地位的象征。《尚书·尧典》记载帝尧以德治协和天下万邦，可佐证至迟在帝尧时期产生邦国联盟性质的方国。