然而，清政府与美国政府围绕退款用途问题的交涉并没有就此结束。事实上，在7月14日照会发布后不久，清政府就宣布将任命唐绍仪为赴美特使，前往华盛顿，名义上感谢美国退还部分赔款，实则希望劝说美国政府支持他们提出的东三省借款计划。柔克义得知这一内情之后，立即向美国国务院汇报唐绍仪访美的真实意图，建议美国政府不要接受清政府的方案，指出中国的财源愈来愈拮据，财政改革没有任何前景，如果将退还的庚款用于借款的担保，很有可能过了几年派遣留学即由于缺乏财政支持而被停止。（注："Extract from Letter from Mr.Rockhill to Mr.W.Phillips",September 30,1908,Records of the Department of State Relating to Internal Affairs of China,1906-1910,microfilm,Roll No.242.）为使美国政府拒绝唐绍仪的游说，柔克义甚至对唐个人的能力也加以诋毁，他在7月30日写给国务卿的信中说，唐与大多数中国人一样，对财政和政治经济问题完全无知；虽然他的英文不错，也了解一些西方知识，但无论是从中国人的标准来看，还是从我们的标准来看，他都不能称为是一个有很好教育的人。（注："W.W.Rockhill to Secretary of States",July30,1908,Records of the Department of State Relating to Internal Affairs of China,1906-1910,microfilm,Roll No.242.）在接到柔克义的通报之后，美国国务院在唐来访之前即采取了相应措施，在全国广泛公开发表7月14日清政府的照会，“让世人都知道中国将用退还的庚款派学生来美留学”（注："W.Phillips to Mr.Adee",September9,1908,Records of the Department of State Relating to Internal Affairs of China,1906-1910,microfilm,Roll No.242.），以杜绝届时唐绍仪提出将退款用于东三省借款的方案。同时，美国政府当时也无意在东三省问题上与日本发生冲突和对抗，11月30日就在唐绍仪抵达华盛顿前夕，美日两国缔结“罗脱-高平协定”，美国以听任日本可在东三省以“和平手段”自由行动换取日本不侵略菲律宾的保证。因此，尽管唐绍仪在访问华盛顿期间一再恳请美国政府同意将退还的庚款先用于东三省实业借款计划，再以借款所得利息用于留学计划，认为美国不应对退款附加条件，但终被美国政府拒绝。在12月9日的会谈中，美国国务卿故意对唐的建议保持沉默，不置可否，将话题转向他不会提出反对意见的问题上。（注："Interview between T'ang Shao Yi with Secretary of State",December9,1908,Records of the Department of State Relating to Internal Affairs of China,1906-1910,microfilm,Roll No.242。）
    在拒绝清政府建议的同时，美国政府还采取具体措施，确保退款完全和直接用于派遣中国学生赴美留学。12月9日，柔克义就退款的使用问题再次照会外务部，要求清政府“应声叙减收之款，系与派生留学一事紧接牵连”，并“应声明每年所减之还款拨出若干以办学务”，指出只有这样，“美政府方可抵拒或强中国将此减还之款改做他用”。（注：《美国公使柔致外务部照会》（光绪三十四年十一月十六日），Records of the United States Legation in China,1843-1945,microfilm,Roll No.10.）12月28日，国务卿罗脱根据美国国会的授权，制定了一套退款计划，于31日正式通知中国驻美公使伍廷芳。其具体步骤如下：“计划A”为根据原赔款义务中国应向美国每年和每月赔付的数目，“计划B”为美国应收数目，“计划C”为每年应交还中国的数目。（注："The Secretary of Stateto the Chinese Minister",December31,1908,Papers Relating to the Foreign Relations of the United States,1908（Washington:Government Printing Office,1912），pp.72-74.）根据这一计划，1909年4月美方进一步将它具体化，规定清政府每月仍须按原数向上海花旗银行缴付赔款，然后由美国驻上海总领事通知银行汇往美国之数，由上海海关道代表中国政府照数购一汇票交银行汇往美国，最后才由美总领事签字核明将剩余之款退还上海海关道转交外务部。（注："Mr.Rockhill to the Prince of Ch'ing",April8,1909,Records of the Department of State Relating to Internal Affairs of China,1906-1910,microfilm,Roll No.242.）美国制定的这一退款办法与唐绍仪提出的将美国所占庚子赔款份额简单地分为偿付美国部分和退还中国部分的建议显然有别。（注：按此一建议系唐于1908年12月9日的会谈中向美方提出，见"Interview between T'ang Shao Yi with Secretary of State",December9,1908,Records of the Department of State Relating to Internal Affairs of China,1906-1910,microfilm,Roll No.242。）对于美国政府为什么必须采取这套繁琐的“先赔后退”的办法，柔克义当时就明确指出：只有这样，才能确保中国学生留学美国的基金，避免清政府将退款改做他用。（注："Mr.Rockhill to the Secretary of State",April9,1909,Records of the Department of State Relating to Internal Affairs of China,1906-1910,microfilm,Roll No.242.）
    唐绍仪访美使命失败后，清政府对将退款完全用于兴学仍然不甚热心。对此，美国政府继续施压，要求清政府尽快履约，做出具体安排。1909年1月9日，美国国务卿指示柔克义转达美国政府对落实中国派遣留美学生的关注，指出：希望最近发生的袁世凯的去职不会影响业已达成的协定，美国方面已做好准备，在选派学生上没有理由再延搁。（注："Rootto Rockhill",January9,1909,Records of the Department of State Relating to Internal Affairs of China,1906-1910,microfilm,Roll No.242.）3月20日，柔克义照会外务部，催促清政府尽快选拔留美学生，指出第一班赴美留学之期将至，美国方面已为接收中国留学生做好准备，“外部愿中国速选学生筹备一切，迅来美国就学为盼”（注：《美国公使柔致外务部照会》（宣统元年二月二十九日），Records of the United States Legation in China,1843-1945,microfilm,RollNo.10。）。5月14日，柔克义再次照会外务部，对清政府迟迟不履行上年10月间达成的《派遣美国留学生章程草案》以及对他的照会未做反应提出强烈抗议，指出根据上年达成的草案，“贵部大臣与本大臣均以此事草章所有应行酌改之处，自必无难办理定卜，于会晤时即可核定，心虽如此设想，而事则惜与愿违。在此三个月中，本大臣迭与那中堂、梁大臣提及此事，催请按照草章及面谈所定之章，即行办理，岂料迄今未曾施行一事。在上年虽曾将留学一事电达政府，美政府也曾允减收之款，即由本年正月起算，然细阅上年七月十四号来照所言之意旨，似系至今全行更变。迨至本年前两月间复行照会此事，迄未准复，更足见系于原所商定之法，均不愿照行”。柔克义最后威胁外务部：“如中政府不按上年七月十四号所云办法及草案速行酌定，本大臣无法，只可达知美政府将现行减收之法停办，俟贵国将派生赴美留学生之章定妥，再行议订减收之法。”（注：《美国公使柔致外务部照会》（宣统元年三月二十五日），Records of the United States Legation in China,1843-1945,microfilm,Roll No10。）正是在柔克义和美国政府一再催促之下，1909年7月10日清政府颁布《遣派游美学生办法大纲》，正式启动留美计划。
    综上所述，庚款兴学主要是出于美国政府的意图，其中驻华公使柔克义起了关键作用，中国驻美公使梁诚在庚款用途问题上除了于1905年商议退款初期根据美方意图建议清政府同意将退款用于兴学之外，便没有再发挥任何影响和作用；清政府对于庚款兴学原则上虽然表示赞同，但对将退款直接和全部用于派遣中国学生留学美国始终持反对态度，只是在美国政府的一再压力之下才勉强接受。因此，庚款兴学计划不能简单地说是中美两国的共同意愿，更不能说成是清政府自动提议，或梁诚的个人功劳。