然而，毛奇龄对明末清初学术潮流转换的影响，并不在于他对王学的修正和改造，而在于他对理学，特别是对其代表人物朱熹的激烈批评和彻底清算。毛奇龄首先为"圣学"亦即儒学正名，指出"圣学"与理学家自诩的"道学"判然两途，所谓"道学"者，"本于老氏"，源于道教，实"道家之学"而已。他说："圣学不明久矣。圣以道为学，而学进于道，然不名道学。凡道、学两字，六经皆分见之，即或并见，亦只称学道，而不称道学。如所云：君子学道，小人学道。盖以学该道，而不以道该学。其在《论语》，则曰：君子学以致其道。而在《学记》则曰：人不学不知道。如是而已。惟道家者说，自鬻子、老子而下，凡书七十八部，合三百二十五卷。虽传布在世，而官不立学，不能群萃州处，朝夕肄业，以成其学事，只私相授受以阴行其教，谓之道学。道学者，虽曰以道为学，实道家之学也。……逮至北宋，而陈抟以华山道士自号希夷，与种放、李溉辈张大其学，竟搜道书《无极尊经》及张角《九宫》，倡太极、河洛诸教，作《道学纲宗》，而周敦颐、邵雍与程颢兄弟师之，遂篡道教于儒书之间。至南宋，朱熹直丐史官洪迈，为陈抟特立一名臣大传。而周、程、朱子，则又倡道学总传于《宋史》中，使道学变作儒学。凡南宋儒人皆以得附希夷道学为幸。……是道学本道家学，两汉始之，历代因之，至华山而张大之，而宋人则又死心塌地以依归之，其为非圣学，断断如也。"毛奇龄还进一步指出："圣学之中原该道学，初学圣人只谓之学，学圣既成，即谓之道。学者道之始，道者学之终。既非两途，又非两事，且并无两功夫。第从事于此，而学在是，道即在是焉。是以圣学、圣道只在忠恕，虽子告子贡，多学一贯，只是学字；惟告曾子，吾道一贯，则全现道字。然而道在忠恕，学亦在忠恕。忠者，中也，执道心以去人心。恕者，推也，去人心以推道心。此本尧、舜、禹、汤相传之道"，"是道全藉乎学，而忠又全藉乎恕，道学忠恕总是一贯。"而"道学则不然。并一道家，而各立名目。其在北宋，曰主静，清净教也；曰立极，无极之宗也；曰涵养用敬，则养以毓其气，敬以定其神，葆秘之事也。世无审动静，探主宰，且葆秘神气，而可云行圣学入圣道者。至南宋，云格物穷理，则又窃儒书名目以阴抒其万物之奥、圣人至赜之道教，其并非儒学早已显著。"（14）
    在否定道学的同时，毛奇龄把批评的矛头直接指向朱熹。他驳斥朱熹的理说，谓"朱子谓天即是理，可以破千古之谬，补圣言之所不及。则理生德于予，理将以夫子为木铎，知我者其理乎，理丧予，理厌之，可通乎？理未欲平治天下，吾之不遇鲁侯理也，其子贤不肖皆理也，可通乎？此必不可通者。"（15）对朱熹等理学家倡导的理欲观，毛奇龄也深致不满，认为儒学只分"善恶"，不讲"理欲"。他说："春秋以前，自尧、舜、禹、汤至夫子口中，并无有言理欲者，"（16）"圣学所分只是善恶，并无理欲对待语，理欲对待起于《乐记》，为西汉儒人之言，前古无是也。"（17）对元明以来一直悬为令甲的朱熹《四书章句·集注》，毛奇龄更是予以猛烈抨击。他先后撰《论语稽求篇》、《大学证文》、《中庸说》、《四书剩言》、《圣门释非录》等著述，攻击朱熹臆改经文，擅解经义等种种谬妄，至晚年更集其平生讲《四书》诸书，撰为《四书改错》，斥责"《四书》无一不错。……然且日读《四书》，日读《四书注》，而其就注义以作八比，又无一不错。人错、天类错、地类错、物类错、官师错、朝庙错、邑里错、宫室错、器用错、衣服错、饮食错、井田错、学校错、郊社错、帝尝错、丧祭错、礼乐错、刑政错、典制错、故事错、记述错、章节错、句读错、引书错、据书错、改经错、改注错、添补经文错、自造典礼错、小诂大诂错、抄变词例错、贬抑圣门错。真所谓聚九州四海之铁，铸不成此错矣。"（18）如此激烈、大胆的言论，在明末清初学术界普遍批评理学的潮流中，可以说起到了振聋发聩、推波助澜的作用。全祖望称毛奇龄"所最切齿者为宋人，宋人之中所最切齿者为朱子。其实朱子亦未尝无可议，而西河则狂号怒骂，惟恐不竭其力，如市井无赖之叫嚣者，一时骇之。"（19）虽然全祖望对毛奇龄不无微词，但亦可窥见毛奇龄反程朱、反理学的言论在清初学界的影响。凌廷堪称其书"如医家之大黄，实有立起沉疴之效，为斯世不可无者"，（20）实非虚语。
    （三）
    在修正心学，批评理学的同时，毛奇龄逐渐形成了自己的经学观以及经学研究的方法，并对明末清初学术潮流的转换产生了较大影响。在毛奇龄看来，儒家经籍经过二千多年的流传，至明末清初已皆"晦蚀"，而以"《易》、《春秋》为尤甚"。（21）毛奇龄认为，造成"六籍皆晦蚀"的原因，首先在于宋儒疑经、删经、改经，甚至毁经的习气。他批评说，宋儒"有疑《文言》非《十翼》文者，有疑《顾命》非周公所制《礼》者，有疑《春秋传》非左丘氏书，有疑《孝经》为六代后增改，非七十子所旧传者。而至于《士礼》则废之，《周官》经则明斥之，《王制》、《月令》、《明堂位》诸篇则直祛之、绌之。然且有误读《隋书经籍志》，而谓《尚书》为伪书，误读刘歆《让博士书》，而谓今所传《国风》为伪诗者。是无经也，无经安得有义？"（22）对宋儒删经、改经以至毁经的作法，毛奇龄更是深恶痛绝，认为"宋儒学问，专以非圣毁经为能事，即夫子手著《春秋》、《易大传》，亦尚有訾聱之不已者，何况《孝经》！故凡斥《尚书》，摈《国风》，改《大学》，删《孝经》，全无顾忌。此固不足据也。"（23）特别是朱熹，"于《大学》，于《孝经》，于《仪礼》、《周礼》、《礼记》则直取而分之"，而且"不止分之，直取而删之、改之、移易之，注经者当如是乎？"（24）毛奇龄以《大学》为例，抨击了朱熹及其宋学家擅改经文的危害。他说："河南二程氏并读《大学》，疑其引经处参错不一，因各为移易，实未尝分经别传，指为谁作，且变置其文而加以增补。而朱氏元晦乃复为之割之、析之，迁徙颠倒，确然指定为谁经谁传，孰言孰意，孰衍当去，孰阙当补，而且推本师承，以为皆程子之所为。……而元明两代，则直主朱子改本而用以取士，且复勒之令甲，敕使共遵，一如汉代今学之所为设科射策劝以利禄者。而于是朱子有《大学》，五经无《大学》矣。……夫只一改经，而相沿祸烈至于如此，此不可不为之辨也。"（25）针对宋儒随意疑经改经，以至造成但有"宋儒之书"，而无"夫子之书"的状况，毛奇龄毅然以"卫圣匡经"自任，以"经世大业"自勉，多次"大声疾呼以救经，并救经义。"（26）为此，他极力主张恢复、保持经籍原貌，杜绝删改恶习。因为经藉作为历史文献，无论"删是亦是，删非亦非"，"盖所改虽尽善，犹启末流轻肆自大之弊，况未必尽善乎？"（27）若"儒者以解经之故，而至于改经，以改经之故，而至于改字"，则极易造成经书乃至小学"与之俱亡"的恶果，"著书者不可不慎也。"（28）