藏传佛教活佛转世制度的形成和发展，经历了漫长的历史时期。最早认选转世活佛，是由噶玛噶举派的黑帽系开始的。之后，被藏传佛教诸教派广泛采用。噶举派分为红、黑两大派。其中黑帽派以都松钦巴为代表。噶玛拔希是都松钦巴的再传弟子。元世祖至元二十年（公元1283年）噶玛拔希圆寂。据《土观宗派源流》记载，“拔希圆寂时，传位弟子朱妥·邬坚巴并为他授记说：‘远方拉堆方面，必出一名继承黑帽法统的人，在他未来之前，汝当作为佛的代理’，遂把金缘黑帽加在邬坚巴头上，旋即示寂。不久他转生在拉堆地方，这里是米拉日巴降生的故乡。此人就是活佛攘迥多吉（自然金刚）”⑥。这是藏传佛教史上第一次确认一个幼童为前辈的转世。
        黑帽派之所以要采用活佛转世这一独特的教权传承方式，是由诸多原因促成的。从10世纪以后，西藏社会逐步向政教合一的封建农奴制社会过渡。在新兴的封建领主的大力扶植下，佛教在藏区再次复兴，各教派及新的寺院纷纷建立，教派与地方世俗封建贵族紧密结合，教派依政而行，政依教派而定。随着西藏各寺院的建立和宗教势力的扩张，开始形成独立的寺院经济，它拥有土地、牲畜、牧场和属民。这一情况的出现，最终导致了各教派之间在政治和经济上的激烈竞争和相互吞并。为了在这种竞争中站稳脚跟，并使教派兴旺发达，必须要有一个有号召力的、相对稳定的教派首领。但是，这样的教派首领一旦圆寂，就会面临一个继承人选择的问题。如果选择不当，教派在政治和经济的激烈斗争中就会处于不利的位置。有鉴于此，各教派便利用教民对佛的崇高信仰，赋予教派首领或高僧以佛的化身地位。噶举派黑帽系正是在这样的社会历史背景下，为解决宗教权力的传承和延续问题，开创了教派首领转世的先例。
        但是，真正使活佛转世形成为制度并影响整个藏蒙地区的却是格鲁派（黄教）。达赖喇嘛和班禅额尔德尼的转世制度则成为格鲁派两个最大的活佛转世系统。
        格鲁派的创始人宗喀巴于明永乐十七年（公元1419年）藏历十月二十五日圆寂后，他的最大门徒贾曹杰、克珠杰相继承袭了宗喀巴的宗教传统。宗喀巴的最小弟子根敦朱巴于正统十二年（公元1447年）在日喀则兴建了扎什伦布寺，并成为该寺的寺主。
        西藏历史上，在格鲁派和噶举派之前居于统治地位的宗教势力是萨迦派。由于该教派的喇嘛可以结婚，所以他们是靠父子或叔侄相传来延续萨迦派的统治的。但格鲁派绝对不允许喇嘛结婚，那么怎样才能保持教派的统治和宗教、经济权力呢？格鲁派采用了噶玛噶举黑帽派的做法，用活佛转世制度来继续本教派的传承。
        提出并完成格鲁派教权传承和延续的关键人物，一位是扎什伦布寺铁桑林扎仓的高僧公钦群觉，另一位则是一世达赖根敦朱巴的亲戚比丘卓玛。他们商定用活佛转世的方式来保持根敦朱巴已经获得的权力。在根敦朱巴示寂后的第4年，他们宣称后藏达纳地方出生的一名男孩是根敦朱巴的转世，他就是二世达赖根敦嘉措。根敦嘉措11岁时被送到扎什伦布寺学经，但是扎什伦布寺堪布和部分僧人不承认其宗教地位，根敦嘉措就转到哲蚌寺学经，并在前藏各地讲经传法。由于他的声望不断提高，扎什伦布寺才又请他回寺主持寺务。但根敦嘉措仍以哲蚌寺为其本寺，因此被称为哲蚌寺活佛；由此传出达赖喇嘛活佛转世系统。明嘉靖二十一年（公元1542年），根敦嘉措圆寂，哲蚌寺正式开始寻访他的转世灵童。嘉靖二十五年（公元1546年），堆龙地方的一位贵族子弟被认定为根敦嘉措的转世灵童。这个灵童就是三世达赖喇嘛索南嘉措，也就是《明神宗实录》首次记载的“师僧活佛”。从二世达赖到三世达赖，格鲁派所采用的活佛转世制度进一步完善，并以此巩固了格鲁派已经得到的宗教特权、政治势力和经济利益。清顺治十年（公元1653年），顺治帝册封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，这就使达赖喇嘛的宗教地位和权力得以提高和稳定。在宗教上则根据“化身理论”把达赖喇嘛说成是观世音菩萨的化身。
        与此同时，格鲁派的另一转世系统，即班禅转世系统也逐渐形成。一世班禅是宗喀巴的大弟子克珠杰。一至四世班禅是向转世系统过渡的阶段，从五世班禅开始转世系统才正式形成。清康熙元年（公元1662年），四世班禅罗桑曲结圆寂后，后藏托布加谿卡的一位幼童被认定为他的转世灵童。康熙七年（公元1668年）正月初三日，五世班禅坐床。康熙五十二年（公元1713年），康熙帝册封五世班禅为“班禅额尔德尼”，并赐金册金印。这才是历代班禅正式称为“班禅额尔德尼”的开始。它标志着班禅额尔德尼活佛转世系统在宗教上和政治、法律上取得了与达赖喇嘛转世世系平等的地位。在宗教上则根据“化身理论”把班禅额尔德尼说成是无量光佛的化身。
        自噶玛噶举黑帽派和格鲁派相继建立起活佛转世制度以后，这种神秘的活佛转世制度开始在藏区和蒙古地区的藏传佛教寺院中兴盛起来，并且世代相续，法统不绝。
        综上所述，活佛转世制度的形成、确立与宗教首领的地位、政治特权和寺庙经济势力的发展巩固是互为因果的。为了避免因宗教首领的示寂而丧失本教派的政治特权和经济势力，并能保证其权力得到延续，藏传佛教才出现了活佛转世制度。从本质上看，活佛转世制度是神秘的灵魂不灭观念和佛教化身理论与世俗的世袭传承制度相结合的产物。这种制度在藏蒙地区得到宗教界的普遍承认，而且信徒们笃信不疑，这就进一步为封建统治者和教派利用宗教来维护自己的统治提供了方便，有利于强化教派首领的地位和封建领主阶级的统治。
        据汉文和藏文史料记载，在清代，除了达赖喇嘛和班禅额尔德尼两大活佛转世系统外，还相继出现了统管喀尔喀政教事务的蒙古哲布尊丹巴活佛转世系统和统管内蒙和甘青藏区宗教事务的章嘉活佛转世系统。此外，还有第穆、帕巴拉、嘉木样、热振等全藏著名的活佛转世系统。清乾隆年间，在理藩院正式注册得到承认的呼图克图大活佛就有148位，到清末又增至160位。而主要的活佛除达赖喇嘛、班禅额尔德尼外，还有策墨林活佛、功德林活佛、丹杰林活佛、热振活佛、第穆活佛等。