光绪七年（公元1882年）八世班禅圆寂。光绪十三年（公元1887年）总管扎什伦布寺事务的扎萨克喇嘛苏哷诺们罕罗布藏顿柱向驻藏大臣文硕禀报，经寻访和考察，找到在后藏托布加、前藏达布、墨竹工卡出生的灵异儿童三名。其中的托布加出生的幼童，经驻藏大臣指令确切复查、据实申报后，仍以委实吉祥有兆上报，请求以此三名幼童入瓶掣签。经文硕向光绪帝奏准后，即将三名幼童及其亲属接到拉萨，次年正月十五日在布达拉宫萨松南杰殿皇帝圣容唐卡前举行金瓶掣签（30）。先由摄政第穆呼图克图、甘丹赤巴、扎什伦布寺扎萨克喇嘛等人诵经，然后由文硕将三名幼童之名抄写于签上，放入金瓶中摇动，再用象牙筷子从中拣出一只，是塔布地区出生的仓珠嘉措。文硕即向光绪帝奏报此次掣签情形称：“自正月初九日起，由（十三世）达赖喇嘛董率众僧诵经七日。初十日，奴才率同第穆呼图克图阿旺洛桑称勒拉普结，验看访获幼子三名，虽年幼皆童稚，而端庄凝重，迥异常人。十五日午刻，奴才率同随印司员理藩员外郎裕钢，恭诣布达拉山高宗纯皇帝圣容前行礼，缮签入瓶，诵经祈祷，一切如仪。既而奴才跪向金瓶掣得原报琼科尔结所属达布地方幼子仓珠甲措，母名阿杼，是为仲巴腔子期美汪波之甥孙。奴才当将掣出名签遍示达赖喇嘛、第穆呼图克图以及苏哷诺们罕并各执事番官等，仍将其余顿宇缴荩、丹增坚参二签拆封传看。其时，自达赖喇嘛以下僧俗诸人莫不欢欣鼓舞，感戴鸿慈，将该幼子仓珠甲措定为班禅额尔德尼呼毕勒罕。”（31）摄政第穆呼图克图还请文硕代达赖喇嘛、班禅大师的呼毕勒罕等转奏为掣定班禅呼毕勒罕向皇帝献礼谢恩的奏折。在光绪帝批准后，光绪十八年（公元1892年）正月初三日，班禅呼毕勒罕在扎什伦布寺坐床，是即九世班禅曲吉尼玛。
        综上所述，自乾隆帝制定金瓶掣签制度直至辛亥革命推翻清王朝的一百多年中，除九世和十三世达赖喇嘛是作为特例免予掣签外，十世、十一世、十二世达赖喇嘛和八世、九世班禅额尔德尼都是经过金瓶掣签认定的。据清理藩院秘档，到光绪三十年（公元1904年），据不完全统计，仅西藏地区就有39位主要活佛转世系统（含达赖、班禅系统）的灵童举行过金瓶掣签。这些灵童涉及格鲁派、噶举派、宁玛派等。
        确定达赖、班禅转世呼毕勒罕的金瓶掣签的程序和仪注有以下几点共同之处：
        1.在清朝皇帝任命的摄政活佛或总管扎什伦布寺事务的扎萨克喇嘛主持寻访灵童后，由摄政召集僧俗官员会议，确定三名（或两名、四名）呼毕勒罕候选人，将详细情形向驻藏大臣禀报，请求转奏皇帝批准举行金瓶掣签。
        2.在皇帝御批同意后，将确定的呼毕勒罕候选人及其亲属和师傅等接到拉萨，并经驻藏大臣和摄政、各大呼图克图看验，认为确有灵异后，方能举行掣签。
        3.在掣签前将金本巴瓶从大昭寺迎到布达拉宫供有乾隆皇帝的僧装画像（圣容）和皇帝万岁牌位的萨松南杰殿，由大呼图克图率三大寺及布达拉宫南杰扎仓僧众（确定班禅转世呼毕勒罕时还有扎什伦布寺僧人）诵经祈祷七天或九天。
        4.掣签之日，驻藏大臣和各大呼图克图、僧俗官员集会，用满文和藏文书写名签，核对无误后，由一名驻藏大臣封签（用黄纸包裹），放入金瓶中。
        5.由在场的呼图克图及高僧等诵咒祈祷，由另一名驻藏大臣摇动金瓶，然后掣出一签，当众宣读掣中者名字，并交给在场藏汉官员传阅，然后还要取出未掣中的名签传阅，以示书写及掣出的名签真实无欺。掣签后即派人去呼毕勒罕住处报信祝贺。
        6.掣签的情形和结果由驻藏大臣上奏皇帝，得到皇帝批准后，向呼毕勒罕宣读圣旨，才算完成金瓶掣签的全部程序。
        7.在皇帝批准和派大员主持下举行坐床典礼（达赖喇嘛在布达拉宫、班禅额尔德尼在扎什伦布寺），活佛转世灵童的寻访、认定、继位事务才最后结束。
        四、金瓶掣签的历史意义
        清朝中央政府制定和实施金瓶掣签制度，对当时的西藏、蒙古地区和佛教界产生了巨大的影响，意义深远。首先，在政治上，金瓶掣签是对活佛转世制度的进一步完善，通过制定颁布法律文书和采取一系列措施，将活佛转世的呼毕勒罕由吹忠降神来指定，改变为由金瓶掣签来决定。究其实质是清朝中央政府以此维护和保持对认定大喇嘛转世呼毕勒罕的权力，这就进一步体现并强调了在达赖喇嘛、班禅额尔德尼等大活佛转世问题上中央的权威。此外，达赖喇嘛、班禅额尔德尼等大活佛示寂后，从转世灵童寻认、掣签乃至坐床都是遵照国家法定制度按部就班进行的，由驻藏大臣亲自照料，按照程序逐一报经皇帝批准，这就履行了法律和行政手续。第二，从宗教上看，由于金瓶掣签制度的实施完全按照藏传佛教仪轨来进行，在宗教上符合藏传佛教的基本教义，这就确定了金瓶掣签在宗教上的合法性，顺利地解决了宗教首领的地位和政治、经济权力的传承和延续问题。因此被佛教界、上层贵族世家和信教群众所接受。第三，实施金瓶掣签，把认定达赖喇嘛、班禅额尔德尼和大呼图克图、大活佛等转世呼毕勒罕的权力，从西藏地方集中到清朝中央，以防止藏蒙上层贵族夺取宗教权力，造成地方势力的膨胀，避免了历史上教派内部，教派与世俗贵族势力因争夺转世呼毕勒罕的矛盾斗争乃至战乱的发生，有利于藏蒙社会的长期相对稳定。金瓶掣签制度是清朝中央政府整饬、改革西藏行政管理体制，确立系统治藏法规中的一项重要内容，是管理大活佛的一项关键措施。它既符合政治手续、法律手续，也符合宗教手续；既体现了中央政府的权威，又体现了西藏地方隶属于中央政府管辖的历史事实；有利于维护和稳定藏蒙地区的社会局势，安定边疆，争取宗教上层人物和广大僧俗群众。金瓶掣签制度的设置和实施，它的立法思想是正确的，具体操作是可行的。经过百余年的实践证明，它是一个创造，积累了丰富经验，不但给今人以启迪，而且有重要的现实意义。