陈独秀在1920年虽然大体赞同整理国故，但也注意到“现在新文化运动声中，有两种不祥的声音：一是科学无用了，我们应该注重哲学；一是西洋人现在也倾向东方文化了”。对于东方文化，“西洋人也许有几位别致的古董先生怀着好奇心要倾向他；也许有些圆通的人拿这话来应酬东方的土政客，以为他们只听得懂这些话；也许有些人故意这样说来迎合一般朽人底心理；但是主张新文化运动底青年，万万不可为此呓语所误。”很可能即因这方面的忧虑，他到1923年对于整理国故的态度已转变，认为胡适提倡整理国故是“要在粪秽里寻找香水”，徒然“自寻烦恼”。（注：陈独秀：《国学》，任建树等编：《陈独秀著作选》第2卷，第517页。）
    国故与“东方文化”的关联是显而易见的，陈氏有此转变也可以说是渊源有自。同时这与那时的“科学与人生观之争”以及1923年《小说月报》刊发的一组“整理国故与新文学运动”的专题讨论也有关联。《小说月报》的编者郑振铎在按语中说，“这个讨论的发端，是由几个朋友引起的。他们对于现在提倡国故的举动，很抱杞忧，他们以为这是加于新文学的一种反动。在这种谈话里，我们便常常发生辩论。究竟整理国故对于新文学运动有什么影响呢？到底是反动不是呢？抱这种同样怀疑，想必不少。所以我们便在此地把我们的辩论写在纸上公开了。”但实际上持反对论调的人“都未曾把他们的意见写下来。所以此地所发表的大概都是偏于主张国故的整理对于新文学运动很有利益一方面的论调”。（注：《小说月报》第14卷第1号，1923年1月，第1页。）
    郑氏未说这些认为整理国故是走向新文学运动的反面者究竟是哪些人，但公开发表意见的也大有人在。吴稚晖便主张将国故“丢在毛厕里三十年，现今鼓吹成一个干燥无味的物质文明；人家用机关枪打来，我也用机关枪对打。把中国站住了，再整理什么国故，毫不嫌迟。”吴氏把国故看成“世界一种古董”，古董是应该保全的，不过“各国最高学院应该抽几个古董高等学者出来作不断的整理，这如何还可以化青年脑力”呢？（注：吴稚晖：《箴洋八股化之理学》，《科学与人生观》，山东人民出版社1997年版，第310页。）换言之， 少数人不妨做的事不应引导多数青年去做，或至少不应在还不能“用机关枪对打”的眼前阶段提倡青年去做。
    当时在美国读书的前北大学生罗家伦认为：“国内许多人认为科学方法就是那种‘整理国故’方法可以代表”，其实后者只是前者“很小的部分”，实不足“代表科学方法”。（注：罗家伦：《科学与玄学》，《罗家伦先生文存》第3册，台北，“国史馆”、国民党党史会1976年版，第243页。 ）前引张东荪后来的观念其实与罗家伦此时的看法差不多。 当年《新潮》派的另一主将傅斯年也对整理国故甚有保留， 他在1927年回忆说：“五年前在欧时，见到中国之大兴国学、大谈其所谓文化，思著一小书，姑名为‘斯文扫地论’，其中章四：一、绝国故，二、废哲学，三、放文人，四、存野化。”（注：《朱家骅、傅斯年致李石曾、吴稚晖书》（1927年5月16日），《傅斯年全集》第7册，台北，联经出版公司1980年版，第101页。 ）这一“斯文扫地论”的前两章皆直接针对傅非常尊敬的老师胡适，大概是终于未写的原因之一，但很可见新文化运动的学生一辈中反对整理国故者还不少。
    但傅、罗那时皆在国外，与国内的“国学运动”或有些脱节。身处国内的顾颉刚则积极参与了整理国故，并到1926年仍在反对“我们应当研究科学，不应当研究国学，因为国学是腐败的，它是葬送青年生命的陷阱”的观点。盖“所谓科学，并不在它的本质，而在它的方法。它的本质乃是科学的材料。科学的材料是无所不包的，上自星辰，下至河海，变幻如人心，污秽如屎溺，没有不可加以科学的研究。国学是什么？是中国的历史，是历史科学中的中国的一部分。研究国学，就是研究历史科学中的中国的一部分，也就是用了科学方法去研究中国历史的材料。所以国学是科学中的一部分（如其是用了科学方法而作研究），而不是可与科学对立的东西。倘使科学不是腐败的，国学也决不会腐败；倘使科学不是葬送青年生命的，国学也决不会葬送青年生命。”他继承胡适当年的观点说，要研究科学，“在故纸堆中找材料和在自然界中找材料是没有什么高下的分别的”。（注：顾颉刚：《一九二六年始刊词》，《北京大学研究所国学门周刊》第2卷第13期，1926年1月6日，第3页。）
    尽管当时许多学人不承认国学是“学”（详另文），但真正落实在具体治学之上时，学者们又发现比较有成就的还正是国学，也只有国学。顾颉刚就注意到“别的科学不发达而惟有国学发达”的现象。他认为这是因为“国学方面的材料是极丰富的，就是手头没有，要去搜集也不甚困难；加以从前人的研究的范围又极窄隘，留下许多未发的富源；现在用了新的眼光去看，真不知道可以开辟出多少新天地来，真不知道我们有多少新的工作可做……凡是一块未经开发的土地，在初施种植的时候，很容易得到极好的收获。我们在这新天地中从事研究，得到的成绩的可观是不足奇的……别的科学不发达而惟有国学发达，足见国学方面还有几个肯努力的人，还有几个具有革新的勇气而精神不受腐化的人。”（注：《一九二六年始刊词》， 《北京大学研究所国学门周刊》第2卷第13期，第10页。）
    其实，别的科学不是更属未开发的“新天地”吗？国学之所以独有成绩，即因学术积累深厚，学者轻车熟路，才使“新眼光”有用武之地。缺乏积累和训练的别的科学，包括社会科学，便有再新的眼光也无大用。时人虽然尊西，但若换一个纯西学的什么题目，便无多少人能做（如当时各种“科学”中地质学可能是中国最接近世界水平者，且基本以中国范围的地质为研究对象而不存在认同问题，但受过系统训练的人太少，其中不少且先后为官，终未能推广）。
    值得注意的是顾颉刚明确将国学定义为“中国的历史，是历史科学中的中国的一部分”。但他又说北大国学门“并不是（也不能）要包办国学的。我们需求于别种科学的专门人才之处真是非常的多”。实际上，“别种科学不发达时，国学方面也要因为没有帮助而不得十分进展的，所以我们酷望别种科学的兴起”。如果各种科学都发达，“中国方面的各科的材料都有人去研究，那么我们的范围就可缩小，我们就可纯粹研究狭义的历史，不必用这模糊不清的‘国学’二字做我们的标名，就可以老实写做‘中国历史学门’了（要放大一点，可以称‘东方历史’，或单称‘历史’，都无不可）”。（注：《一九二六年始刊词》，《北京大学研究所国学门周刊》第2卷第13期，第9-10页。）