这种潜存的紧张部分因时人认知的“科学”而调和，顾颉刚说：“科学是纯粹客观性的，研究的人所期望的只在了解事物的真相，并不是要救世安民，所以是超国界的”。不仅如此，它还是超时代的，“凡是真实的学问，都是不受制于时代的古今、阶级的尊卑、价格的贵贱、应用的好坏的”；在此基础上产生出学术平等的观念，“在我们的眼光里，只见到各个的古物、史料，风俗物品和歌谣都是一件东西，这些东西都有它的来源，都有它的经历，都有它的生存的寿命；这些来源、经历和生存的寿命都是我们可以着手研究的”。（注：《一九二六年始刊词》，《北京大学研究所国学门周刊》第2卷第13期，第5、1-2页。）各种“东西”都成为科学研究的对象或“材料”后，“科学”便使它们平等，而它们在科学面前的“平等”实际也掩盖了其各自的“来源、经历、和生存的寿命”。正因为这一独特性被掩盖，国学的存在价值就产生了问题，当时及后来许多否定国学或反对研究国学的人恰是以科学的超越和普遍性作为其立论的基础（详另文）。
    专为研究国故正名的顾颉刚自己也很希望能“不必用这模糊不清的‘国学’二字做我们的标名”这一点提示着“模糊不清”的确是当时国学的明显特征。陈独秀在1923年说：“国学是什么，我们实在不太明白。当今所谓国学大家，胡适之所长是哲学史，章太炎所长是历史和文字音韵学，罗叔蕴所长是金石考古学，王静庵所长是文学。除这些学问外，我们实在不明白什么是国学？”他认为，“国学”这一名词，“就是再审订一百年也未必能得到明确的观念，因为‘国学’本是含混糊涂不成一个名词”。（注：陈独秀：《国学》，《陈独秀著作选》中册，第516-517页。）这里陈独秀大致已按西方学术分类来认识国学，但在他的认知中只有章太炎一人长于历史，可知其所说的“国学”与顾颉刚定义的国学有相当的区别。
    最使时人困惑的是，即使这样一种学科认同有问题而独特性又不成立的“国学”，还不能不与外国发生关系。基本没有参加关于国学和整理国故讨论的鲁迅在1922年注意到，“当假的国学家正在打牌喝酒，真的国学家正在稳坐高斋读古书的时候”，斯坦因已将西北的“汉晋简牍掘去了；不但掘去，而且做出书来了。所以真要研究国学，便不能不翻回来”。同时，若“真要研究元朝的历史，便不能不懂‘屠介纳夫’的国文”。而外国译名的进入中国学术言说使文字的标点更为必要，结果是“要清清楚楚的讲国学”，也“须用新式的标点”。所以，“中国的国学不发达则已，万一发达起来，则请恕我直言，可是断不是洋场上的自命为国学家‘所能厕足其间者也’的了”。（注：鲁迅：《不懂的音译》，《鲁迅全集》第1卷，人民文学出版社1981年版，第398-399 页。）后来吴宓为清华国学院写的“旨趣”也明确指出，该院“异于国内之研究国学者”即在于他们要“取材于欧美学者研究东方语言及中国文化之成绩”（注：吴宓：《清华开办研究院之旨趣及经过》，清华大学校史研究室：《清华大学史料选编》第1卷，清华大学出版社1991 年版，第374-375页。）。
    既然国学已与西学挂钩，且还不能不依赖西方汉学（以及日本汉学），则其作为学术的存在价值也降低。更重要的是，中西新旧之分到底是民初思想言说中一个带根本性的区分，无论用什么标签和怎样科学化，国学总是隐隐露出在近代文化竞争中已失败的“中学”的意味，且与富强这一晚清开始推崇的国家目标不相适应（甚至被认为有所“妨碍”）。结果，反对国学之见越来越占上风。到1929年，曾支持整理国故的《小说月报》再次讨论“国学”问题，这次郑振铎的态度有了根本的转变，完全站在反对“国学”一方，而该刊所发表的也几乎都是反对的意见（详另文）。北伐结束后不久，国学终于在一片反对声中不得不基本退出中国的思想言说。（注：国学在学术领域的影响持续得更长久，吾友桑兵教授甚至认为20世纪“20-30年代前期，是国学研究的鼎盛期”（桑兵：《晚清民国时期的国学研究与西学》，《历史研究》1996年第5期，第36页）。不过，1926年《古史辨》出版并风行一时， 势头显然压倒“整理国故”，而胡适自己也在1928年将整理国故诠释为“打鬼”，约同时傅斯年在《历史语言研究所工作之旨趣》中已喊出“不国不故”的口号，1929年清华国学研究院复因多方面的原因而停办，同年《小说月报》反对国学的讨论与学术界这些变化显然是呼应的，故国学的“鼎盛”期或未必持续到那样长。）