天山南路，在清王朝建立后即奉表贡，顺治初，“每奉表贡皆叶尔羌汗署名。”（16）康熙十八年（1679年），即噶尔丹从征青海途中返回之次年，噶尔丹领兵三万，占领了哈密、吐鲁番。其时，南疆白山派（白山宗）首领和卓伊达雅图拉（即阿伯克和卓）与黑山派（黑山宗）斗争失败，流浪中亚近十年后，至西藏请求达赖喇嘛写信给噶尔丹支持自己，和卓伊达雅图拉携达赖的信至伊犁，投身噶尔丹门下。达赖在信中说：“和卓阿伯克是一位伟大的人物，他的故乡是叶尔羌和喀什噶尔，他是那个国家的穆斯林的和卓。伊斯迈尔汗（即伊斯玛拉汗）强占了他的国家，并把他赶了出来，你（噶尔丹）应该派支军队，收复他的国家，并交还给他”。（17）康熙十九年（1680年），噶尔丹派十二万铁骑进攻叶尔羌与喀什噶尔，白山派教徒纷纷响应配合，于是轻而易举地征服了南疆地区。和卓伊达雅图拉被扶植上台，称阿伯克和卓（意为世界之王），其子亚赫亚分管喀什噶尔。从此，南疆地区处于准噶尔统治之下达八十年，与清政府的关系亦随之中断，“逮准噶尔强盛，攻破回子千余城，自后无复表贡”。（18）准噶尔贵族采取“执其酋，收其赋”（19）的政策，对维吾尔族人民进行残酷的压榨，“征发期会，惟其所使”。（20）魏源说：“当准噶尔时，竭泽而渔，喀城岁征粮至四万八百九十八帕特玛（即普特，一普特合四石五斗），他税称是。叶尔羌岁征匠役户口、棉花、红花、缎布、金矿、铜硝、牛羊、猞猁、毡毯、果园、蒲桃（葡萄）之税十万腾格（五十钱谓之一腾格），他城称是。且不时索子女，掠牲畜。”（21）乾隆二十四年（1759年），清政府统一回疆，才结束了准噶尔贵族在这一地区的统治。
    噶尔丹在康熙十九年（1680年）一举征服南疆之后，随即挥戈西向。连年征战，至康熙二十三年（1684年）先后攻打哈萨克、诺盖、吉尔吉斯、费尔干等部族。接连不断的胜利，加强了噶尔丹的军事统治，以伊犁河谷为其中心，噶尔丹雄据西北，其野心也与日俱增。
    （二）、噶尔丹与沙俄的勾结
    至康熙二十三年（1684年），噶尔丹“攻破回子千余城”，其游牧地区，北自鄂木河，沿额尔齐斯河至阿尔泰山；西至巴尔喀什湖以南，东至鄂毕河的广大地区，并控制天山南路，雄长西北，无人敢与之抗衡。与此同时，噶尔丹与沙俄的勾结日益加深。
    噶尔丹是城府颇深之人，“性凶狡”。（22）他既利用达赖喇嘛的支持以令蒙古部众，同时，又力图利用沙俄力量来实现其军事政治目的。早在他执政之前，康熙七年，当其兄僧格执掌准部时，要求俄方交还准部贡民，并警告俄使，如不交出，“我们一定要攻打托木斯克和库兹涅茨克”之时，噶尔丹却声言：“我们卡尔梅克人和台吉们在任何地方都不要发动对沙皇的战争。没有什么必要保护那些已迁往沙皇陛下那边去的捷列乌特人（贡民）”。（23）沙俄当局对噶尔丹的言行大感兴趣，十分关注其动向。噶尔丹一上台，立即遣信使通知俄国将军，请将自己已控制准部转告沙俄当局。
    由于噶尔丹一反其父兄（巴图尔珲台吉和僧格）反对沙俄侵略的立场，沙俄当局认为，噶尔丹的对俄政策与以往已经不同，于是从他上台的当年（康熙十年，1671年）至康熙二十一年（1682年）间，几乎年年派使团到噶尔丹驻地活动，噶尔丹则“希望保持接壤邻邦的联盟关系”。（24）康熙二十二年（1683年），清军开始在黑龙江中下游及其支流精奇里江扫荡沙俄军事殖民据点，为收复中国领土雅克萨做准备。沙俄入侵者节节败退，据点被摧毁，然而，却力图卷土重来，黑龙江局势日趋紧张。这年（1683年），噶尔丹派出一个七十余人的庞大使团，携带致沙皇的信件，到达伊尔库茨克，向沙俄当局说：噶尔丹“已经听到俄国与中国在黑龙江流域发生摩擦的消息，特地派他们到莫斯科来”，（25）以示支持沙俄国同清军作战。噶尔丹“试图采取吸引俄国人的政策，为此，他准备牺牲克什提姆（贡民）和实物税，只求巩固与俄国的友好关系，而且以后还力求与这个国家结成军事同盟”。（26）噶尔丹认为，只有“和俄国结盟才可能征服蒙古”。（27）进而窥伺中原，正如《嘎尔旦传》所说，噶尔丹“北通好于俄罗斯”，此人“志大势强，能败善胜，并吞四极，窥伺中原”。（28）噶尔丹寻求沙俄的支持，是要实现其勃勃野心，由于他支持沙俄在黑龙江流域与清军进行军事较量，因而被沙俄视为“天然同盟者”。
    噶尔丹民族分裂势力的强大，使中国面临着分裂的严重威胁。由于有沙俄侵略势力的支持，使多民族国家在封建时代一直存在的民族问题其性质已然不同。康熙三次出塞亲征，清政府与噶尔丹的斗争，既是维护国家统一，同时也是抗击外国侵略势力的斗争。
    （三）、康熙力图稳定西北部局势的措施
    康熙二十三年，噶尔丹征服哈萨克等部之后，转旗东向，把打击的矛头指向喀尔喀蒙古。
    喀尔喀蒙古（漠北蒙古）分为三大部：东是车臣汗部，中是土谢图汗部，西是扎萨克图汗部。其地东至额尔古纳河和贝加尔湖，与沙俄接壤；西达阿尔泰山，与厄鲁特蒙古相邻，南至沙漠，与漠南蒙古（内蒙古）相连接。
    早在清太宗崇德三年，喀尔喀蒙古即已向清廷进“九白之贡”，“岁以为常”，表明与清建立了臣属关系。康熙十六年，噶尔丹欲进兵于青海未能得逞，与喀尔喀发生冲突。当时三藩战争正急，康熙为集中力量平定三藩叛乱，不使两部事态扩大，决定派员调解其纷争。康熙二十二年（1683年）以后，噶尔丹兵锋所指由西而东，喀尔喀地区风云骤变，统一与分裂势力，沙俄侵略势力与反侵略势力交错并存，形势错综复杂，斗争十分激烈，形势令人忧心。此时黑龙江抗击沙俄入侵的斗争正日趋紧张。喀尔喀地区安定与否，不仅影响清朝北部边疆的安全，也直接影响黑龙江前线的抗俄斗争，因而康熙和清政府十分关注喀尔喀地区的局势，采取一系列措施以消除不稳定因素。主要有：
    （一）、禁约喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古与内蒙古相互盗窃马匹牲畜，以免引起纷争。时“诸蒙古盗贼窃发，不安其生”。（29）为防被窃，夜间将马拘于围栅之中，牢笼防护，马匹因而倒毙甚多。盗马贼结伙行窃，甚至夜袭汛哨，牧民不能安生。康熙命大学士与蒙古王贝勒集议驱盗之策。众议于内外蒙古接壤的形胜要地屯兵，掘濠障守，重在“查缉外贼之入”。康熙认为不妥，如此非但不能弭盗，且会引起猜疑。他说：“喀尔喀蒙古向来敬慎职贡本朝，无故添汛置戍，于理未洽”，故不应隔绝，而应加以恩抚。至于弭盗之事，内外蒙古应一体严禁约束，方能服众。谕曰：“朕思喀尔喀等历世恭顺，往来进贡，殊甚怜悯。应遣贤能大臣，前往喀尔喀、厄鲁特处大加恩贡，以示柔远至意。即令遣往之大臣，谕以前此内地蒙古，盗窃马畜，以致喀尔喀、巴尔虎亦行极复，彼此互相盗窃不已”。（30）今内地蒙古已经严查禁饬，喀尔喀亦应严加约束。康熙无所偏倚的弭盗措施，重在使彼此消除纷争，无疑会使喀尔喀心服，这对日后讨伐噶尔丹产生了直接的影响。