国民党的党军机制发育不全，军内政治思想工作很不平衡，经不起冲击。尽管党代表制度理应是国民革命军的基本制度，但实际上很不完整。北伐军兴之际，党代表制度未能深入各军基层，10余万人的军队中，政工人员仅800余名，而且成分复杂，难以切实贯彻主义。（注：1926年3月中旬，国民革命军中仅876名政治工作者，共产党人和国民党左派约占75%，没有政治原则者占20%，国民党右派占5%。参阅《剑桥中华民国史》第一部，第609页。）军内政治工作偏重宣传，在党的队伍建设方面没有切实举措。党权对军权的影响浮在表面，而且各军差别很大。国民革命军8个军大致可分为三种类型。第二、三、五、六、七、八军，分别由原湘军、滇军、桂军组成，或合编而成，政治素养不高，政治机制残缺不全。军部设有党代表，师及师以下单位政工系统建制不全，政工人员流动性大。最为出格的是由原桂系部队改编而成的第七军，只有少数几个军级长官加入国民党，军以下的单位一律不设党政机构，共产党人更被排斥在外。军长李宗仁称：“各友军多为共产党所渗透，唯我七军能保持一贯纯洁无染的作风。”（注：李宗仁口述、唐德刚撰写：《李宗仁回忆录》上卷，华东师范大学出版社，1995年，第249页。）第二种类型是以粤军第一师为基干组建的第四军，军官大多有过革命经历，是一支能打硬仗的部队，但该军受中共政治工作的影响较为深广，并不是国民党党军的典范。第三种类型，即1925年10月组建的第一军，堪称较为典型的国民党党军。该军由黄埔军校教导团为主干的党军第一旅和革命经历较丰富的粤军第四师组成，但中共党员在“中山舰事件”后被迫退出，第一军的政治工作大为削弱。总之，仓促组建的国民革命军8个军，党军机制大多很不完善，在北伐顺利进军之际，急剧上升的军权压倒了原本十分脆弱的党权。
    此外，黄埔军校的军事教育受保定军校等旧式军校影响较深，一定程度上削弱了政治教育的有效性。黄埔第一期军事教官44人，其中保定系20人。在不到4年时间里，黄埔军校先后聘用保定系军官100多名。“保定军校标榜‘军人不干政’，严禁各种报刊及传布新思想的书刊和参与各种社会政治活动，以图将学生培养成只知服从命令的职业军人。”（注：河北省政协文史资料研究委员会等编：《保定陆军军官学校》，河北人民出版社，1987年，第22页。）党军“典范”第一军的核心力量，恰恰是毕业于保定军校的黄埔军事教官。北伐前夕，同样有保定军校经历的蒋介石控制了国民党的党政军大权。而且，《国民革命军总司令部组织大纲》规定，总司令统辖各军，并管制军事委员会的多数机构。这些因素的综合，助长了旧军校传统的回潮，势必削弱国民党中央对军队的领导和监督。原本就很脆弱的党军机制，在北伐进军过程中迅速瓦解，军权压倒了党权。半年多时间，国民革命军由出征时的10余万人膨胀到40万人，大量归降的旧军阀部队根本没有建立政治思想工作机制。
    武汉发生“七·一五”反革命政变后，国民党军队里的党代表制度和政工系统形同虚设，或者干脆取消。党军体制瓦解之际，蒋介石注力于建立黄埔系为核心的中央军。
    北伐大革命阶段，第一军还不宜称为蒋系军队。这是因为北伐顺利进军阶段，“国民革命”还是各军的共同目标。而且，何应钦对第一军还有相当的控制力。蒋系黄埔军官集团的形成，在蒋介石第一次下野和复出之初的几个月内。
    何应钦，毕业于日本士官学校，1924至1927年历任黄埔军校总教官、第一军军长、军委会常务委员。何应钦处世圆滑，藏锋不露，在南京政府、武汉政府、奉张北京政府鼎足而三的形势下，极力避免卷入政治旋涡，对蒋介石的态度不很明朗。“七·一五”政变后，武汉汪精卫派以去蒋为宁汉合流条件，派遣唐生智、张发奎部两路大军东征南京，北洋军阀则策划渡江反攻南京，上海“西山会议派”对蒋指斥升级，桂系李宗仁也在南京逼蒋下野。蒋介石成为众矢之的。何应钦遂以第一军为后盾请蒋下野。蒋介石失去了与各方抗衡的军事资本，于1927年8月13日宣布辞去本兼各职。
    蒋介石下野后一度隐居家乡溪口，遥控全局。蒋介石最器重的是国民革命军总司令部参谋长朱绍良，通过他抓牢黄埔系军人。蒋介石把黄埔同学会交给朱绍良指导，并关照他把该会从南京迁到杭州。朱绍良与黄埔同学会秘书曾扩情共同策划，想方设法联络军中校友，保存力量，为迎蒋复职作好准备。与此同时，朱绍良在上海收容失业的黄埔毕业生1000余人，编为一个总队，由贺衷寒任总队长，主持政治军事训练。（注：曾扩情：《黄埔同学会始末》，《文史资料选辑》合订本第19辑，第178页。）
    黄埔同学会是蒋介石东山再起的重要军事资本。蒋介石在黄埔军校任校长期间，竭力灌输“忠孝仁爱”之类传统思想观念，培植私人感情。黄埔系早期右翼团体由陈诚发起组织，名为孙文主义学会，以对抗进步组织青年军人联合会。“中山舰事件”后，蒋介石借口这两个组织有违亲爱精神，下令撤消，另行成立黄埔同学会，自任会长。黄埔同学会规定在校学生均为当然会员，强调会员效忠于国民党，奉行三民主义，绝对服从校长的领导，不准宣传共产主义，违者严厉惩处。黄埔同学会的成立，为蒋介石以后搞军事干政和实施独裁统治打下了初步基础。