蒋介石去职后，何应钦多方迁就桂系李宗仁、白崇禧，撤消蒋介石在职时成立的7个补充团，命令驻守宁沪一带的黄埔系军官一律率部渡江，同大举南犯的孙传芳部作战。这条命令如得以贯彻，黄埔系实力将严重削弱。朱绍良通过黄埔同学会，策动黄埔系军官拒绝服从命令，迫使何应钦撤消渡江作战命令。
    8月25日，孙传芳率领安国军6万余人渡过长江，屯兵南京与镇江之间。龙潭会战关系到第一军和南京政权的命运，成为决胜之役。第一军各部殊死拼战，反败为胜，保住了南京政权。参加龙潭战役的黄埔高级军官顾祝同、刘峙、蒋鼎文、陈诚等后来都成为蒋系重要军事人物。
    蒋介石对黄埔系寄予厚望，在赴日访问前，于9月20日发表《告黄埔同学书》：“我们应当一致反省，何以一往无前的胜利中会造成不可挽救的失败呢？第一个重大的原因当然是全体同学意志不能统一，精神不能团结，不顾团体需要，只逞私人意气，同室操戈，自相残杀，这是我们最大不幸的一点。”蒋介石以领袖的口吻表达了他对黄埔系的强烈“责任”感，暗示他必将重新上台：“我一刻不能忘记你们，我仍要随时尽我指导你们的责任。我愿与你们互相勉励，重造革命的基业。”（注：参见郭太风：《1927：风云突变》，学林出版社，2004年，第195页。）
    蒋介石从日本回国后，刘峙、顾祝同、钱大钧、卫立煌等高级将领纷纷发表请蒋复职的通电，黄埔系团以上军官联名通电，“请校长继续领导革命”。黄埔同学会由杭州迁回南京，为迎蒋复职积极开展活动。
    黄埔同学会大搞派系活动，气焰炽张，咄咄逼人。非黄埔系军官大为反感，称之为“黄祸”。吕操等人发起恢复北洋时代的四校同学会，以谋合力对付黄埔势力。（注：黄雍：《黄埔学生的政治组织及其演变》，《文史资料选辑》合订本第11辑，第8页。）所谓四校，实际上是四个系统的旧军校，指民国初期培养北洋军官的将弁学堂、陆军小学堂、陆军中学堂、保定军校。蒋介石复职后，为了消除“四校”军官搞对抗的后患，不得不撤消黄埔同学会，并下令禁止在军中建立同学会、同乡会之类的组织。在蒋介石授意下，中央军校内部设置毕业生调查科，后改为中央各军事学校毕业生调查处。但这一调查处的职权有限，主要负责毕业生的登记考核，不具备控制军官的职权。于是蒋介石以黄埔系亲信40余人为基干组织复兴社，自任社长，吸收军内外人员10万人，对全军乃至全国进行监控。复兴社的原则是：下级绝对服从上级；牺牲个人自由，绝对服从领袖。
    “四·一二政变”和“七·一五政变”后，政治部成了军事长官的幕僚机构，国民党军内的党军关系变成了油与水的关系。蒋介石用一个主义、一个领袖、一个党来替代系统的革命理论教育，而对于三民主义的理解，国民党内部分歧严重，实际上失去了主义和共同目标。“黄埔精神”异变为“服从校长，精诚团结，矢志反共，不成功便成仁”。30年代前期国民党用法西斯主义、儒家道德观来教育军队。抗日战争以后，受美军建制影响，取消了政工机构，国民党军队成为一支没有政治灵魂的军队，在解放战争中迅速溃败。
    三、中国共产党坚持并发展“党指挥枪”原则
    黄埔军校是国民党培养军事干部的摇篮，也是共产党培养军政人材的一个基地。国民党军队与中共领导的武装力量，在黄埔建军的基础上，经历了不同的发展阶段。黄埔军校是政治大舞台，多种政治力量在这里交锋，多种人才从这里产生。
    《军官学校考选学生简章》开宗明义：“本校希望对于军队有彻底的改良进步，故拟使全国热心有志堪以造就之青年，得有研求军事学术之机会，并教以三民主义，俾养成良好有主义之军队，以为党军之下级军官。”（注：《中国国民党周刊》第10期，1924年3月。）那时大部分省份的国民党改组工作依靠共产党人的指导帮助，因此中共在许多地区主持了招生工作。毛泽东在上海执行部负责长江流域和北方各省考生的复试。参加创办黄埔军校，是中共早期军事活动的开端。（注：廖国良等著：《毛泽东军事思想发展史》，解放军出版社，1991年，第7页。）黄埔军校首批学生500余人，其中共产党员80多人。黄埔军校共培养出3000余名共产党毕业生。
    处于国共合作的复杂形势下，中共在黄埔军校和国民革命军中用特殊的方式积累党军建设经验。中共在黄埔军校的早期组织火星社成立于1924年底，活动到1925年9月，吸收第二期学生60余人，第三期约30人。中共在黄埔军校设有支部，一期书记蒋先云，二、三期书记杨基纲，周恩来全面负责。第四期政治班460人中有99名共产党员。（注：《黄埔建军》，《文史资料选辑》合订本第2辑，第9页。）建立于黄埔军校的中共特别党支部，是中共在军界成立的第一个党的基层组织。不久，中共在叶挺独立团和国民革命军其他一些部队以及冯玉祥的国民军中也建立起自己的组织。到第一次国内革命战争后期，中共从政治上直接掌握的部队中，党组织已普遍发展到团设总支，营设支部，连设小组。这对于开展政治工作，加强中共对军队的影响力，起了重要作用。（注：《毛泽东军事思想发展史》，第8页。）