国民党当局企图通过清党来彻底划清两党关系。但是，清党也打击了国民党内部的左派和其他各色持不同政见者，削弱了国民党对军队的控制力和影响力。“清党不仅没有起到纯洁党的队伍，严密党的组织和增强战斗力的作用，相反导致国民党自身组织的分裂和人才的逆淘汰。”（注：王奇生：《党员、党权和党争》，上海书店出版社，2003年，第92页。）自从清党后，国民党以党制军的体制彻底瓦解，陷入以军制党、以军干政的误圈，结果必然是军人跋扈，统治专制，派系林立，党争不休。中共在反对清党的过程中建立起自己的武装力量，坚持“党指挥枪”的原则，实行以党制军，宏观上用党的思想路线来指导军队，军队建制方面党政体制从上到下一以贯之，落实到连队，乃至排、班。对中国共产党来说，枪杆子只是一种工具，必须服从于革命事业的需要，必须执行党的方针政策，必须全面接受党的领导。
    “清党”以后，国民党军队中的黄埔人称为黄埔系，从一个侧面反映出国民党派系斗争的特点。黄埔军校的军事教官大多毕业于保定军校或日本军事学校，原本就有不少旧思想、旧意识。黄埔系军人抱成团，加剧了嫡系与非嫡系、中央军与杂牌军之间的矛盾。与此形成鲜明对照的是，有过黄埔经历的共产党人虽然为数众多，但从来不自认为黄埔系，外界也没有人从共产党党军政干部中划出黄埔系这么一个群体的，这是因为共产党内不允许另立山头，因为共产党一直有效地实行以党制军。
    以党制军符合中国国情，变通传统政治文化中合理的成分，赋予传统政治中“以文制武”观念以新的涵义，使之适应新的历史时期和时代使命。自秦始皇统一中国后的二千多年，大凡“以文制武”得以贯彻的时期，则中央政权稳固，地方听命于中央；反之，武夫干政，以军制政，则中央式微，地方军阀成尾大不掉之势，或几个政权并存，中国陷入分裂。这一历史规律，在1927年的中国再次得到证实，悲剧的导演和实践者是国民党蒋介石，依仗武力觅取小胜，终于导致大败。中国共产党和毛泽东则变通“以文制武”的传统，坚持党指挥枪，走出失败，向胜利进军。
    国共力量此消彼长，以党制军还是以军制党，与双方长远目标不同固然有关，就当时情况看，国共两党上层的成员构成差异较大，思想观念上“代沟”较深，也是重要因素。国民党元老大多是原同盟会成员，是在反清斗争中成长起来的。他们的革命思想较为陈旧，在清帝退位后，实际上没能产生堪称理论体系的新的革命思想。许多老国民党人留学日本，接受的是经过东洋化的西式思想意识。国民党的高级军官或毕业于旧式军校，或接受国民党老党人陈旧过时的思想理论，思想观念上大抵属于“老一代”的。
    共产党的早期领导人和理论工作者，大多是在清政府垮台后成长起来的，世界观形成于第一次世界大战期间，也形成于帝国主义政治、经济、军事全面危机的阶段，尤其受苏俄革命影响，不少共产党骨干曾留学西欧或苏俄，他们容易接受激进的新思想，又善于把握国情和形势，具备改造旧中国的活力。
    国共两党的党政军骨干之间存在广义的“代沟”，包含着清末民初社会新陈代谢沉积下的互相冲突和值得反思的内容。新陈代谢的历史规律，在两党谁胜谁负的角逐中起着决定性作用。以党制军还是以军制党，党指挥枪还是枪指挥党，反映出“代沟”差异的一个方面。可以说，国共两党两军的不同命运是这场较量的一个缩影，关键之年1927年已经埋下了伏笔。