南昌起义南下部队于1927年10月至11月，对部队进行了“赣南三整”，整编部队，重新登记党团员，成立党支部，把部分党团员分配到连队，加强基层工作。（注：《毛泽东军事思想发展史》，第33页）秋收起义部队经过三湾改编，确立了“支部建立在连上”的原则，排、班建立党小组，团、营建立党委，并在团、营、连设立了党代表，由选举产生的党代表担任党支部或党委书记，负责党的工作和思想政治宣传教育。部队重大问题都要经过党组织集体讨论，保证了党对军队的有效领导，奠定了以党制军的初步形态。井冈山上，毛泽东和朱德部组建为红四军，进一步健全党代表制度、思想政治工作制度以及军政合作制度。
    1929年12月下旬召开古田会议，通过了《中国共产党红四军第九次代表大会决议案》，明确指出，要在红军中建立党的领导中枢，健全党的各级机制，在政治上、思想上、组织上加强党对军队的领导，党的领导机关要有正确的指导路线。各级党组织严格执行集中指导下的民主，实行党的集体领导，要有党的观念和铁的纪律。这就从根本上划清了我军与旧式军队的界限。决议精神在各地红军中得到贯彻，使红军成为中共的党军，成为新型的人民军队。
    四、国共两党党军机制兴衰的必然与历史启示
    1927年是大动荡、大分化之年，国民党当局的清党反共和中共的绝地反击，都与“黄埔人”密切相关。此后“黄埔人”分属国共两大阵营，经历了22年的较量。中间力量仍有错综复杂的变化，但大抵在两极之间摇摆、归依。
    1927年，蒋介石以黄埔系为后盾，走向权力的顶峰，建立“蒋家王朝”，成为国民党第一号实力人物。毛泽东退居井冈山，播下革命火种，许多有过黄埔军校经历的共产党人逐渐接受了他的领导。22年后，蒋介石困守孤岛，毛泽东站在天安门城楼上。
    中国共产党和毛泽东领导军民打败“蒋家王朝”，有众多因素。于此就双方的党军关系作一探讨。国共两党处理党军关系的原则和方法有明显区别，效果也截然不同。作为“党军”，党与军的关系必须突出党对军队的领导权，党的领导权要体现集体的意志和决策。一旦党政军大权集中于一人，当集权者的政见与党的宗旨和任务发生分歧时，党军关系就会异变为对抗性质：不是党服从武力，就是集权者交出军权。孙中山的权威形象使他的政治思想能代表国民党领导集体的意志。孙中山去世，国民党中央的政治权威黯然失色，蒋介石得以独揽党政军实权，国民党中央无论个人还是集体，都无法有效约束他。尤其在战争环境下，党权削弱后，军权势必上升乃至恶性膨胀。北伐期间虽然设有总政治部，但总政治部主任邓演达没有随军行动，也就是说，党权对军权的监督约束机制在战争实践中没有充分发挥作用，蒋介石行使总司令职权时，在他身边没有可以操作的具体约束机制，也没有可以约束他行为的人。
    中国共产党从建军之初起，就把军队置于党中央的领导之下，建立起党对军队有效的领导体制。从1927年秋上井冈山到1935年初召开遵义会议，在革命道路和方法等重大问题上，毛泽东等手握兵权的共产党人同党中央的观点时有分歧，但党指挥枪的原则为党内一致认同，并贯穿始终。中共武装斗争历经曲折，最终取得新民主主义革命胜利，重要原因之一就是坚持党指挥枪，坚持以党制军。
    以党制军，就是以党义指导和治理军队，以党权监督约束军权。以党制军的前提之一是，党在军队中的组织机制要健全，建立一支高素质的政治思想工作队伍，切实有效地实行党对军队的领导和督促，保证党的决策和任务得以全面贯彻落实。国民党从建立党军到组建国民革命军8个军，前后仅一年时间，其意在于尽快将以党制军的原则推广到集聚在广东的各色旧军队，但推行党军模式过于仓促，举措不力，党代表制度在多数部队仅仅悬浮在军一级，军政治部的工作也未能普遍深入到师团级。国民革命军没有真正实现“党化”，而作为党军基干的第一军由于排斥了中共党员，思想处于混乱状态。北伐战争打响后，党权在军中急剧下降。中国共产党在南昌起义和秋收起义的过程中就将“支部建在连队上”，党在部队的组织机制系统有力，军队成为执行党的任务的工具。
    组建优良党军的另一前提是思想统一，主义鲜明，信仰一致。孙中山认为，军人要理解主义和革命目标，才能“发生奋斗精神”。（注：《孙中山选集》下卷，人民出版社，1981年，第882页。）黄埔军校以新三民主义为旗帜，曾发挥了良好的政治凝聚作用。国民党在孙中山去世后，政治思想方面的分歧表面化，五花八门的三民主义争斗不休，法西斯主义独裁理论和儒家的“四维八德”说教交相使用，国民党军队失去了主义，失去了长期目标，成为一支没有灵魂的军队。中国共产党以马列主义理论为指导，有明确的政治纲领，军队里的政治思想工作做得扎实而有针对性，成为有革命理想的军队。
    从根本上说，建立“党军”的目的是为了革命，为了人民大众的根本利益，党军与人民军队在本质上理应是一致的。孙中山对此曾有所认识，他在对滇、赣、粤各军演说中强调古今革命性质不同，古代革命是以改朝换代为目的的“帝王革命”，“今之革命，则为人民革命”。（注：《孙中山文集》，团结出版社，1997年，第739页。）孙中山倡导“联俄、联共、扶助农工”的三大政策，体现了实行“人民革命”的强烈愿望。但是国民党内部对革命存在不同理解，当北伐大革命深入到社会革命，由国民革命向解放工农劳苦大众的阶级革命转化时，许多国民党人惧怕并反对工农运动，国共两党发生了根本分歧。