5.特权与腐败
    官府不仅在融资方面给予招商局种种便利，而且给予漕运、税收、垄断等方面特权。这对招商局早期发展起到了保护和促进作用，但其消极作用在招商局发展过程中逐渐暴露出来，并对招商局发展渐渐产生阻滞和破坏作用。官府给予招商局种种特权，其主要动机在于避免招商局破产。因为清政府尤其是洋务派官员视轮船招商局为分洋人之利，挽回利权，发挥社会效益的重要途径。
    官权的庇护，使商股对之更加依赖，对于其经营控制权交给官府把持极为放心，股东对于参与其经营管理的动机大大减弱了。招商局对官府“特权”的回报，除了报效，支持赔款，军运等以外，更重要的是回报给官府代表--官委总办督办会办邦办。这部分人利用官府特权控制了招商局经营决策大权。他们在缺乏股东监督之下，损公肥私。在唐廷枢、徐润主持招商局时期，招商局雇佣人数约为外商企业的3倍， 但其中合格人才不多。各局栈主管，“向归总办分派，非唐即徐”，一些重要职务往往“委之庖代”，甚至“挂名分肥”，他们呼朋引类，一人“引用亲朋至二三十之多”（注：《洋务运动》（六），上海：上海人民出版社，1983，第125页。），各级官吏争相插手招商局， “官场中皆视招商局为肥缺，为利薮，为消纳闲散之衙署”（注：中国第二历史档案馆：招商局档案：《招商局史略》。）。贪污舞弊案不断发生。在1883年上海金融危机期间，徐润挪欠局款16.2万两，各分局侵吞公款案屡屡发生。局董宋晋在天津指责局员“擅权营私，用人不公，帐目含混，靡费局款及船栈未提折旧”，一时闹得“人言藉藉，或谓唐、徐排除异己，或谓盛、朱避咎气退”（注：中国第二历史档案馆：招商局档案：《招商局史略》。），导致“唐廷枢、朱其昂之被参于前，徐润、张鸿禄之败露于后”（注：平步清：《霞外招屑》卷2《轮船招商局》。）。
    营私舞弊成为招商局一种普遍现象，从督办盛宣怀到分局董事、总办以及轮船、仓栈主管及至办事人员，不少人有贪污劣迹。据当时美国天津领事估计，盛宣怀每年至少有20万两额外收入，会办马建忠“私自借出之款4.8万两”，各船买办徇私舞弊十分猖獗。 “船主知坐舱（买力）作弊，甚且船主大伙与坐舱通同舞弊者有之”（注：中国第二历史档案馆：招商局档案：《董事会第63次会议事录》宣统二年十二月十八日。）；李鸿章也认识到“各船买办侵蚀客位水脚，实为局中一大漏卮”（注：招商局档案：《轮船招商局船员薪水表》光绪三十四年。）。
    招商局从初创之始便出现这种管理混乱、腐败的现象，除由官督外，主要是官府给予种种特权所造成的。招商局出现这种混乱腐败局面而没有破产，其根本原因就在于官权维持，不计利润大小，只注重社会效益，维持清政府统治。
    招商局“官督商办”股份企业制度中这种相互矛盾的状况，是清政府把西方先进企业体制嫁接在中国落后生产关系中的结果。这种企业制度矛盾的解决，只有靠消灭封建生产关系，建立与这种企业体制相适应的生产关系即市场经济环境。当清政府在辛亥革命的炮火中灭亡，孙中山建立资产阶级共和国后，官督商办这种体制在招商局企业制度中得以废除，招商局改归商办，以上几种矛盾才得缓解。