但是，欧洲留学生中对这一问题的意见不一致，“反复争论三日三夜，结果始定为双方并进”。即学生革命团体与会党并进。可见，欧洲情况不同于美洲，欧洲缺乏美洲那样的海外洪门的社会基础，洪门未形成欧洲革命团体的主要形式。
    1905年8月20日，孙中山在东京出席中国同盟会成立大会，该会以孙中山提出的十六字纲领为纲领，推举孙中山为总理。这是一个全国性的统一的资产阶级民主革命力量大联合的组织，同盟会在国内外的支分会共计45处，其中海外占24处。在海外的24处中，南洋10处。美洲7处，其余地区7处。（注：《欧洲同盟会纪实》，载《辛亥革命回忆录》第6集，第6页。）在南洋与美洲的这17处，多为原先洪门会党团体。同盟会成立后，继承兴中会的传统，重视在海外发展革命力量。
    同年10月下旬，孙中山抵西贡，亲自发动华侨，指出：洪门会党本为反清之明朝遗老所组织，应恢复其反清宗旨，为建立民国事业而尽力。遂成立同盟会分会。该地区洪门众多，堂号林立，常相斗争，害及治安。孙中山出面促使洪门团体和会众加入同盟会，“当地洪门各派取得统一，争斗消灭”。（注：同（台）张玉法：《清季革命团体》第324～325页。）这是实行“会内联合”方式。
    1908年孙中山与胡汉民、汪精卫等总结武装起义的经验教训，并成立同盟会南洋支部，另订分会总章及通信办法。当时胡汉民认为会党首领不足为依靠，其会众乃乌合之众，不足恃之为革命力量，应注全力于正式军队。但孙中山说：“会党性质我固知之，其战斗自不如正式军队；然军中人辄患恃重，故不能不以会党发难，诸役虽无成，然影响已不细。今后军队必能继起，吾人对于革命之一切失败，皆一切成功之种子也。”（注：陈良：《在西贡堤岸三次会见孙中山的回忆》，《孙中山与辛亥革命史料专辑》第30～31页。）可见，孙中山对于洪门会党的认识是辨证的，对于在国内依靠会党发动武装起义屡次失败的认识也有一定的哲理，能够以伟大革命家的目光和气度看待失败与成功的辩证关系。1908年以前各次武装起义多依靠洪门会党，1908年以后，转向发动新军起义的重点，仍联络洪门会党以配合新军起义。至于海外洪门，仍然成为孙中山筹饷的主要依靠力量。
    1908年11月13日，孙中山抵达纽约，洪门老友黄溪（号佩泉）至码头迎接。（注：《胡汉民自传》《近代史资料》总45号。）12月25日晚间与华侨商人会议组织革命团体事宜。
    1910年2月，孙中山赴旧金山将“少年学社”改组为同盟会分会，会名为“中华革命党”。对外仍用同盟会名义，该分会又称美国总支部，全美各分会由该会统辖。
    1911年2月，孙中山赴加拿大，这里华侨多倾向革命，保皇势力大减。2月6日，抵温哥华，发动洪门筹集革命经费。（注：梁添口述，陈庆斌笔记：《孙中山先生主持纽约同盟会成立及其活动概况》，《广东文史资料》第52辑第1～2页。）该埠致公堂首捐一万港元。孙中山游至域多利，经冯自由等授意该处会员，提议以公产楼宇抵押，由大会通过，计得三万元。多伦多亦效法域多利，抵押得一万港元。（注：《孙中山全集》第1卷，第510页。）据黄花岗起义后，香港总机关统筹部统计，海外各地捐款，共收到十五万七千二百十三元，其中美洲侨胞捐款即为七万七千元之多。该数额内包括了旧金山大埠致公堂和加拿大域多利致公堂变产助饷的两笔大款。（注：冯自由：《革命逸史》第3集第326页。）1911年6月，孙中山抵旧金山。他总结此次广州起义失败的主要原因，在于致公堂与同盟会未能合作，在美国仅由李是男筹捐得一万余元。为此他倡议旧金山致公总堂与同盟会实行组织联合。他与致公堂大佬黄三德、《大同日报》司理唐琼昌商议合作方法，欲令同盟会员一律加入致公堂，而致公堂则开特别会，删除繁文褥节，以优待同盟会员之加入。获黄、唐等赞成，遂由双方各在《大同日报》与《少年中国晨报》刊登联合布告，以示合作。（注：同温雄飞：《回忆辛亥革命前中国同盟会在美国成立的经过》，广东文史资料第25辑（《孙中山史料专辑》，第57页。域多利致公堂变产助饷之三万元收据，曾陈列于广州市博物馆。）联合布告宣称：“洪门为中国提倡排满革命之元祖，而大埠致公总堂之改革新章，更与本会三民宗旨相合，原可互相提携，共图进取。惟洪门内容含有秘密性质，而本会会员尚多未入洪门者，故不免窒碍。今得孙总理驾抵金山，主张联合，而致公总堂专开特别会以招纳本会会员之未入洪门者，本会集议，全体赞成，特此布告各埠会员，一体遵照，以策大群合大力而共图光复之大业，是为厚望。天运辛亥五月二十二日三藩市中国同盟会启。”（注：冯自由：《革命逸史初集》，第156～157页。）可见这一布告把联合的倡导者、联合的原因和目的说得很清楚。
    同时刊登的致公总堂广告称：“孙文大哥痛祖国沉沦，抱革命真理，遍游五洲，驾抵金山。与众义兄聚集，倡仪与同盟会联合，结大团体，匡扶革命事业。同盟会员热心祖国，全体公认，其未进洪门者，一律入围，联成一气。本总堂叔父大佬义兄等，备极欢迎，开特别招贤之礼，以示优遇，尽释从前门户之分别，翼赞将来光复之伟业，扫虏廷专制恶毒，复汉家自由幸福。仰我洪门人士，一体知悉。须知招纳天下英才，本总堂之主义。特此布告，统为鉴照。天运辛亥五月□日，美洲大埠致公总堂启。”（注：张蔼蕴：《辛亥前美洲华侨革命运动纪事》，见《孙中山与辛亥革命史料专辑》第69页，广东人民出版社1981年3月出版。（以下凡引该文，不再重注出处版本）。）美洲中国同盟会和致公堂联合后，孙中山又提议在旧金山设立洪门筹饷局，以资筹饷。于是，同盟会和致公堂联合成立了筹饷机构--革命公债债券局。这一债券的发行，是美洲同盟会和致公堂合作的产物。