海疆的巡防，是海防水师的重要任务。巡防有外海巡防和内河巡防，外海巡防按水域分为总巡和分巡，总巡负责较宽水域的巡查，分巡隶属于总巡。巡防规定各镇总兵官每阅两月会哨一次，其会哨之月，上汛则先巡北洋，后巡南洋，下汛则先巡南洋，后巡北洋，南北会巡，指定地方，蝉递相连。〔9〕
    清代前期，清朝政府通过对边疆地区驻防将军、大臣的设置，海陆两地军队的部署，巡边制度的订立，体现了国家对领土主权的有效管辖。清代前期的边防政策有两个显著的特点：
    第一，不论是海疆还是陆疆，清朝政府都给以极大的关注，形成了全面的防御体系。有人批评清前期的边防政策有重陆疆而轻海疆的倾向。考察清朝政府对边疆地区的军事部署和边防建设，可以看出，在形成陆疆防御体系的同时，清政府也完善了海疆的防御系统。康熙五十五年（1716）设金州驻防水师营，雍正三年（1725）设天津水师营，雍正四年（1726）扩建旅顺水师营，雍正五年（1727）设京口水师营，雍正六年（1728）新设福州驻防水师营，七年（1729）又建乍浦水师营和广州驻防水师营。清政府为建设水师倾注了大量的资金，投入了相当的力量。有人估计，至鸦片战争前夕，清军水师兵额大约在15-20万左右。〔10〕所以，从边防建设方面并不能说明清前期重陆疆而轻海疆。
    从边防的战略来讲，清朝在建立海陆全面防御系统的同时，根据形势的变化，还是有所侧重。17世纪80年代后期，战略重点转移到内陆边疆。当时，康熙皇帝已经预见到日后海患问题的严重性，“海外如西洋等国，千百年后中国必受其累。国家承平日久，务须安不忘危”〔11〕。但是，沙俄对我国北部边疆的入侵及清朝政府在处理西北边疆民族问题上的长期性和艰巨性，使清朝在统一台湾以后的数十年中不得不将其战略重点放在西北边陲。何秋涛在《朔方备乘》中对清朝的战略意图及边防建设做过深刻的分析，他指出：“统计北徼自东迄西，接壤俄罗斯之处不啻万里，其最东则自海以外之库页大岛，迤而西至海以内之混同江口、恒滚河源，以及外兴安大岭，约横亘三千余里，我朝设三姓副都统辖其地，以吉林将军统之，其外以控制赫哲、费雅喀、俄伦春诸部，其内以捍卫宁古塔、白都讷也。自三姓以西直抵牛满、钦都、精奇哩诸水上源，限以兴安大岭，约横亘亦三千余里，我朝设黑龙江将军统之，其外以控制索伦、达呼尔诸部，其内以捍卫吉林、奉天也。自黑龙江以西约二千余里，为克鲁伦河诸水上游，我朝设库伦办事大臣统之，其外以控制车臣汗、上谢图汗诸部，其内以捍卫蒙古东四盟及直隶、山西边境也。自库伦以西约二千余里，为色楞格河诸水上游，我朝设乌里雅苏台将军统之，其外以控制唐努乌梁海及扎萨克图汗、赛因诺颜部，其内以捍卫蒙古西二盟及陕西、甘肃边境也。自乌里雅苏台以西约千里，据额尔齐斯河上游，我朝设科布多参赞大臣统之，其外以控制阿尔泰乌梁海及杜尔伯特、新土尔扈特诸部，其内以捍卫巴里坤、乌鲁木齐诸境也。以上皆与俄罗斯接壤之处，各有重兵，形势联络。自科布多以西约千余里为塔尔巴哈台，有大臣驻焉。自塔尔巴哈台以西约千余里，为伊犁，有将军驻焉，其外境皆哈萨克部落，受封爵、纳赋税，比于内地蒙古各部，而哈萨克之外，惟俄罗斯为强国，然则边防所重，益可知矣”，“然常宿重兵于漠北，将帅大臣星罗棋布，东西相望，其所以防患于未然者，意至深远也”。
    第二，清朝在边疆地区的驻军和设卡伦巡查，具有保卫国家安全、抵御外敌入侵和维护边疆地区安定的双重职能。无疑，保卫国家安全和抵御外敌入侵是边防的首要任务。但是在清代前期，尤其是康雍乾鼎盛时期，国力强盛，西方殖民主义势力尚未形成对中国疆域的威胁，而在国内边疆地区，清政府对局部地区割据势力的用兵和施政管辖则需要调遣驻防军队协同行动，其作用是十分明显的。
    边防驻军的双重职能还表现在卡伦巡查上。首先，在卡伦的设置上，有多种类型，如围场卡伦，国家禁区、牧场、屯田卡伦，禁止越界游牧卡伦，稽查行旅、缉捕逃犯、维护地方治安卡伦和巡查边界，防备外来侵略而设于边境地区的卡伦。前几种卡伦的作用，伊犁将军松筠曾明确说过：“新疆南北各城皆设卡伦，而伊犁为最多。伊犁境内东北则有察哈尔，西北则有索伦，西南则有锡伯，自西南至东南则有厄鲁特，四营环处，各有分地，其禁在于私越；又有铜场、铅场、屯工、船工，安置发遣罪人，其禁在于逋逃；至于境外，自北而西则有哈萨克，自西而南则有布鲁特，壤界毗连，其禁在于盗窃。故设卡、置官，派兵巡守”〔12〕。至于边境地区的卡伦，也没有设置在边界线上。如中俄北部交界，清朝在沿边设卡伦47处，其中恰克图以东设置28处，以西设置19处，恰克图以东沿中俄国界设置界牌鄂博63处，该地段的卡伦负责巡查保护边防，巡查界碑鄂博。显然卡伦与国界不是同一回事。〔13〕
    第三、中国历史上所形成的传统的疆域观和边防观念与近代国家之间的国家、主权、疆域、国界、边防的理解有明显的差别。直至清代前期，国家政府对国界的管理仍然和对整个边疆地区的管理交错在一起，国界观念不强，边疆地区、边境地带和国界线混淆。对边疆地区和边境地带的管理权都归驻边将军。有人称这种管理制度为军府制度。驻防边疆地区的将军的职能是“掌镇守险要，绥和军民，均齐政刑，修举武备”，〔14〕边疆将军、都统、办事大臣管理各统辖地区的边防、台站、卡伦、屯田、贸易、征税诸事务，以达到“控驭抚绥， 以固邦瀚”〔15〕的目的。驻边军队、哨卡的双重职能，自然削弱了守卫边防、 抵御外敌入侵的功能。