咸丰帝的这一改变，令曾国藩在以后的几年里虽立不少战功，却办事多受牵制，极为不顺。特别是在江西的两年，真是举步维艰。王定安撰《湘军记》论说道：“曾文正以客军羁江西，外逼石达开、韦昌辉诸剧寇，内与地方官相抵牾，其艰危窘辱，殆非人所堪。”（注：湘军记[M].57.）曾国藩当时也说：“余前在江西， 所以郁郁不得意者：第一不能干预民事，有剥民之权，无泽民之位，满腹诚心无处施展；第二不能接见官员，凡省中文武官僚晋接有稽，语言有察；第三不能联络绅士，凡绅士与我营款惬，则或因醋而获咎。坐是数者，方寸郁郁，无以自伸。”（注：曾国藩全集家书（一）[M].360.）特别是在江西为筹措湘军粮饷，接连碰壁，令曾国藩心灰意冷，最后借父死丁忧，回籍去了。时在1875年3月。
    当曾国藩三个月假满，他上奏咸丰，要求在家终制，行以退为进之策，开始咸丰帝不同意，以为“剿贼吃紧”，应回营“力图报效”。于是曾国藩再次上奏，来个讨价还价，请求开除兵部侍郎缺。同时，又另上《沥陈办理艰难仍吁恳在籍守制折》。在这一奏折中，曾国藩列出三点困难：一是“虽居兵部堂官之位、而事权反不如提镇”；二是客军虚悬，宾主歧视，于筹饷、劝捐、抽厘极为不便，因为“身非地方吏，州县未必奉行，百姓亦终难见信”；三是关防屡经更换，往往被疑为伪造，朝廷的各项指令，亦由廷寄而非明谕，也令人“讥议”。所以曾国藩认为，“细察今日局势，非位任巡抚，有察吏之权者，决不能以治军；纵能治军，决不能兼及筹饷”（注：曾国藩全集。奏稿（一）[M].863～866.）。曾氏的这一番话，虽非虚言，但也不无邀官要挟之意。这样就使本来心存戒备的朝廷倍增疑虑，于是咸丰帝顺水推舟，开缺了曾国藩的兵部侍郎，又使他碰了一鼻子灰。尤使曾国藩心寒的是，在随后的一年多里，湘军节节取胜，原来他的部下如李续宾已授浙江布政使，并加巡抚衔，水军统领杨载福也升提督，赏穿黄马褂，而胡林翼早已是湖北巡抚，加太子少保衔。虽经胡林翼奏请起复曾国藩，但朝廷仍然不加理睬，把曾国藩晾在一边。直到1858年7月，浙江诸军群龙无首， 亟需“素具声威之大员”统领，又经给事中李鹤章、巡抚胡林翼再次奏请起复，咸丰帝才下诏令曾国藩回营。曾氏此次再不讨价，奉到上谕三天后即起程。
    从此以后，曾国藩的处境才逐步改善。这是因为，咸丰帝已经看出，湘军是镇压太平天国、保住大清江山的主干力量，不加利用，是达不到目的的。1860年6月，浙江“军情万分危急”， 清廷在浙抚王有龄及杭州将军瑞昌的催促下，为了促曾国藩驰援，乃下诏令曾国藩加赏兵部尚书衔，署理两江总督。显然，这是朝廷无可奈何之举。曾氏幕僚赵烈文说：“迨文宗末造，江左覆亡，始有督帅之援。受任危难之间，盖朝廷四顾无人，不得已而用之，非负扆真能简畀，当轴真能推举也。”（注：能静居士日记，同治三年四月八日，同治八年五月二十八日。）这反映了清廷的利用之策又占了上风。到同治更元，西太后掌权，采取了对汉人稍更信任的态度。西太后上台仅18天，便命曾国藩为钦差大臣、两江总督而外，统筹江、浙、皖、赣四个省军务，所有四省巡抚、提督以下各官，均归节制；又给曾国荃以记名按察使“赏给头品顶戴”。在此前后，湘军其他将领也各有所得。左宗棠继咸丰十一年12月任为浙江巡抚后，1864年4月，又补授闽浙总督，仍兼署浙江巡抚； 李鸿章则于同治元年三月任为署江苏巡抚；曾国荃也在左宗棠晋升闽浙总督之后，补授浙江巡抚。其他如蒋益澧授浙江布政使、陈士杰擢江苏按察使。真可谓皆大欢喜，湘军达到新的发展时期。
    然而，清廷并没有放弃对曾国藩及其湘军的猜忌和戒备，特别是曾国藩攻占金陵前后，对于这位拥军30万，直接统治和节制江、皖、赣、浙、湘、鄂、闽乃至粤、桂、川的重臣，以及控制整个长江水面，拥有半壁江山的湘军集团，更是严加戒备。清廷的措施有二：一是拔擢湘军其他将领，压抑曾氏兄弟，以达到牵制曾国藩的目的。在金陵克服之前，清廷提拔其他将领就包含了牵制曾国藩的意思。而当发生曾国藩与沈葆桢争饷之事时，清廷便有意偏袒沈，而裁抑曾，从而导致曾、沈不和，达到了分而治之的目的。对曾国荃，清廷也有意贬抑。 1863年5月， 国荃升任浙抚，照例可以单折奏事。但清廷以国荃在雨花台办理军务，未赴浙就任为借口，加以批驳，令曾氏兄弟惶恐不安。同时，对曾氏的部下，不但已死去的塔齐布、罗泽南、江忠源、胡林翼、李续宾、李续宜以及仍健在的左宗棠、李鸿章、沈葆桢、杨载福、刘长佑均采取拉拢与扶植政策，使之与曾国藩离心甚至分庭抗礼，达到控制和利用的目的（注：朱东安。曾国藩传[M].成都：四川人民出版社，1985，215.）。金陵克复后，清廷又为千余太平军突围一事，追究曾国荃的责任，还追查天京黄金之事，意在敲打曾氏兄弟。二是在军事上布置兵力，形成对曾国藩及其湘军的包围之势。当时金陵克复后，清廷派官文守武昌，据长江上游；富明阿、冯子材分守扬州、镇江，据长江下游；僧格林沁屯兵皖、鄂之交，虎视南京。这样，只要曾国藩及其湘军有异动，四面围剿便可展开。
    到曾国藩自剪羽翼，裁汰湘军之后，清廷才逐步放松戒备，猜忌也不那么严紧，倚曾国藩为“忠臣”了。然而，满族朝廷恪于祖制，是始终不会完全信任汉臣的。不过在湘军之后，李鸿章及其淮军已经崛起，清廷完全可以以李制曾、以淮代湘了。
    总之，在湘军军事集团兴起之后，到湘军被淮军取代，清廷对曾国藩及其湘军是充分利用、严加戒备的。它的这一政策，虽然不是保持曾国藩及其湘军对朝廷忠心耿耿、不能成为控制晚清政局的唯一因素，但是应当说，是起到了很大的作用的。这是晚清政府保持防止地方势力崛起进而削弱中央政府的有效手段。
    二
    晚清政局没有因湘军集团的崛起而造成地方尾大不掉，王朝大权旁落、政权分崩离析的局面，还应当从曾国藩及其湘军这一方面来考察。只有在曾氏及湘军对清廷作出善意的回应，这种互动关系才能进入良性的循环，从而保持晚清政局的稳定。而这，又是取决于曾国藩及其湘军的态度的。
    曾氏及其湘军将领对清廷的既利用、又戒备的政策并非不知，然而又作出了善意的回应，我以为原因有二：一是曾国藩及其湘军将领们本身乃“书生”，具备了对清廷的发自内心的忠诚（这种忠诚乃源于长期的儒家思想的熏陶）；二是曾国藩及其湘军将领们有强烈的“事功”追求，想建立一番功业，而不是占据一时一地之私利，如一些纠纠武夫集团一样。正是这种强烈的功利心使他们在遭受清廷猜忌、备受折辱时仍能克制自己，为建立事功而忍辱负重，以见信于朝廷。
    《清史稿》论曾国藩说：“国藩事功，本于学问。”我以为这是十分恰切的话。所谓“本于学问”，我理解为“他的学术思想及其治学方法，对他的政治思想及政治活动都有不同程度的影响”，他“成就的镇压太平天国的‘中兴功业’也好，开创洋务先河的现代化事业也好，实在是他的学术观的真切表现”（注：王继平。论曾国藩的学术观[J].近代史研究，1996，（5）。）。