第二，宗教改革运动的发展还使德意志的政治势力遭到分化和重组，打击了德意志市民与王权的结盟，使德意志国王试图构建君主专制式的德意志帝国的设想破灭。15世纪末到16世纪30年代，南德意志的帝国城市与哈布斯堡家族建立起一种较为强大的同盟。该同盟以哈布斯堡家族在德意志南部和西南部的传统力量为基础，在皇帝的领导下，把南德意志帝国的城市和哈布斯堡家族的仆从力量团结在一起，是德意志皇帝逐步臣服其余诸侯、建立统一的民族君主国的十分有利的工具。在查理五世继位前，这一结盟发展较为顺利。宗教改革运动的爆发和发展，使南德意志绝大部分帝国城市开始信奉新教，由此与查理五世皇帝的罗马天主教信仰形成尖锐的冲突，而德意志市民与王权的结盟也因为宗教改革运动而破裂。（48）帝国城市不得不继续寻求与自己具有相同宗教信仰的诸侯建立同盟，从而造成德意志政治势力的重组。
    第三，宗教改革运动也造成了施瓦本同盟的破裂，使帝国失去了一个重要的执行机构。施瓦本同盟最初由德意志南部地区的贵族和城市组成，后来逐渐被德意志南部的诸侯尤其是哈布斯堡家族所主导。这个联盟有着固定的组织（同盟参议会），诉讼程序和成员义务都规定得非常明确和细致；同盟的判决机构完全由精通法律的法学家组成，有固定的院址；在执行判决方面，其效率远远超过帝国最高法院。1516年，施瓦本同盟获得在南德意志执行《帝国永久和平条例》的权力，在某种程度上，施瓦本同盟接管了帝国执行机构的职责。1523年和1525年，施瓦本同盟镇压了法兰肯尼亚地区的骑士暴动和德国农民战争。宗教改革运动爆发后，帝国行政区的建设因为教派分裂而受到了影响，教派分裂也影响到了施瓦本同盟，并成为1534年施瓦本同盟解体的一个重要原因。
    第四，通过1555年的《奥格斯堡合约》和1648年的《威斯特伐利亚合约》，路德派和加尔文派先后在德意志取得合法地位，整个德意志实现了罗马天主教、路德教和加尔文教的宗教共存局面。各邦君主根据这两个条约所确立的“教随国定”（即统治者的宗教就是被统治者的宗教）原则，通过自上而下的“教派化”（50）（confessionalizatio），统一邦国内人们的宗教信仰。尽管教派化也引发了三十年战争，但这次战争后在整个德意志再次开展的政治和文化上的教派化，却在整个德意志帝国造就了不同教派的社会文化传统。（51）文化和社会的分裂，不同教派的竞争，加大了19世纪后德意志统一国家和统一社会构建的难度。即便统一的德意志民族国家在1871年得以建立，但德意志宗教和文化上的统一却没有能够同时实现。
    三、宗教改革对德意志邦国层面上国家构建的影响尽管存在着路德派、加尔文派和罗马天主教派的宗教改革，但由于它们对德意志近代政治生活的影响大同小异，（53）因此我们便可以对这些不同教派宗教改革的作用进行总结和归纳。总的来说，宗教改革对诸侯领地国家的构建都起到了促进作用，主要表现如下。
    第一，宗教改革有利于一些邦国扩大自己的领土面积，原来属于教会和修道院的土地和财产，成为世俗诸侯领地国家的土地和财产。
    领土的扩张是诸侯领地国家构建过程中的一个重要方面。在宗教改革运动爆发前，一般只能通过以下方式进行领土扩张：采邑、战争、购买、婚姻，出于宗教方面的考虑，人们一般也不会用武力来夺取属于教会的土地。然而，由于宗教改革运动宣扬“教会拥有土地与基督教教会的原始特征相冲突”，因而在宗教改革运动爆发后教会拥有地产的合法性遭到质疑。就这样，将修道院和教会的土地世俗化就成了一种新的获取领土的方式，即使是“身为正统天主教教徒并且与罗马教皇关系最好的萨克森公爵格奥尔格”（54），也毫不犹豫地将原先独立的迈森主教区、梅泽堡主教区和瑙姆堡主教区纳入邦国管辖之内。由于宗教改革运动动摇了整个教会的统治秩序，面对萨克森公爵家族的攫取，1559年，迈森主教不得不用相当于整个主教管区一半的施托尔蓬（Stolpen）来与萨克森交换一个自己只有领地权（landlordship）而没有主权（sovereignty）的米尔贝格（Mühlburg）。1581年，他不得不辞职，把包括武尔岑（Wurzen）和米格尔恩（Mugeln）在内的其余主教管区都交给萨克森。1561年和1564年，萨克森公国先后夺取了梅泽堡主教区和瑙姆堡主教区。（55）除了将原来不属于自己的主教管区变成自己的领土外，萨克森公国还将一些修道院领地［如阿尔特茨拉（Altzella）、开姆尼茨（Chemnitz）、格林海因（Grünhain）、齐伦威施策尔贝格（Zschillen-Wechselburg）和雷姆泽（Remse）］变成公国的行政区。
    第二，宗教改革有助于将邦国内不同属民整合成统一的臣民团体，使他们成为国家的有机组成部分。“正如16和17世纪的政治家们强调的那样，‘宗教是社会的纽带’，只有当所有的、或者是绝大多数的臣民都归属同一种宗教，加入同一种教会，法律和秩序才能够得到认可。”（57）“中古晚期和近代早期国家构建初期，宗教信仰的同一性远比对国家的认同感更能消除地方主义对国家构建的妨害，十六七世纪的宗教起到了一种十八九世纪的爱国主义情感所起到的作用。”宗教改革运动带来的教派化，“有利于邦君们把宗教改造成一种增加人们对国家认同感的力量，把各种宗教机构纳入到自己及其官僚的手中，有助于邦国消除臣民们的地方分离主义，把他们整合成统一的臣民团体”（58）。“不仅仅路德教对诸侯在领地层面上的国家构建提供了来自于领地教会的支持，在巴伐利亚，天主教教会的宗教改革与维特尔斯巴赫家族的诸侯领地国家的兴起也有着十分密切的联系，这种联系在马克西米利安一世公爵时期达到了顶峰。他与因戈尔施塔特大学的耶稣会密切合作，把耶稣会变成公国行政管理人员和国家服务人员等政治精英的导师。也正是耶稣会，确立了构建近代早期巴伐利亚邦国宗教与政治的理论基础，它还支持公爵要求获得国家最高主权的主张，邦国据此对领地教会的内部事务进行干预。“这种教会和领地国家的结盟也发生在那些通过‘第二次宗教改革’而信奉加尔文教的地区。”