但限于军费，明朝对沿海诸岛的经营、屯驻进展缓慢，自万历二十六年就开始实施的彭湖驻防实际上成为每年至多5个月的间歇性的季节性汛防，而鸡笼更是长期没有戍兵前往屯驻，这是天启二年至天启四年（1622-1624年）荷兰军队轻易进占澎湖、鸡笼的重要原因。直至永历十五年（1661年），郑成功才率兵渡海收复澎湖和鸡笼，郡县其地，并长期驻守，当时距明朝政权在大陆倾覆已经17年了。[66]在常规性的海上巡哨之外，[66]实施跨海机动作战、依托岛屿加强陆防，海陆协同，这些都是先前的中原王朝自卫战争中所不曾出现的新特点、新趋向。
    终明一代，尽管明朝统治者自开国以来就一直倡导“交邻有道，实为保土之方”，[67]奉行一种务实性的军事外交政策，重和平忌扩张、重内轻外，以期保境睦邻，但并未稍忘加强其边防武备，并未稍减对其封贡体系的监控与防范，其监控与防范可谓不遗余力、既周且备，较之汉唐宋毫不逊色；其军事信息情报搜集活动亦多可圈可点。同时，为了加强对封贡体系各圈层成员特别是陆上毗邻属国、属部的有效监控，有效应对封贡防卫危机，自明中期以后，明廷开始大力推进缘边地区军事管理体制的改革。明初以来，基于明朝与周边属国、属部、一般交往者的地缘格局态势与封贡关系，明朝封贡体系在地方布局结构上大致形成了七个次级封贡事务处理中心：一是以辽阳都指挥使司为中心，负责处理东北方面的封贡事务；二是以宣大为中心，处理北疆事务；三是以哈密为中心，处理西域事务；四是以河州、朵甘为中心，处理西番事务（藏务）；五是以云南（初为沐氏，后为云南巡抚负责）为中心，处理缅务；六是以两广总督为中心，处理东南亚及西洋诸夷事务；七是以宁波、福州为中心，处理日本、琉球事务与海上联防。这七个区域中心虽各有其处置运行机制，但大体上都是围绕明朝的边防和海防展开的，奉命驻守于上述地区的军事主官一般都具有相当程度的临时决断、先斩后奏之权，与北京的礼部会同馆官员凡事皆请于皇帝及朝廷中枢大臣唯命是从的做事风格迥然不同。明朝政府的监控与防范政策也正是通过上述七个次级封贡事务处理中心区别对待、灵活实施的。这套明初颇见成效的机制在明中期却暴露出巨大的弊端，以北疆防御为例，万历十八年，王锡爵在其《论边事疏》中即痛批当时朝政、边政在防御蒙古问题上的三个反常态势：
    自敌款二十年来，吏恬卒玩无复守战之备，一旦烽火乍惊，鸣镝内向，则当事者亡羊补牢亦犹未晚，而震怖忧惶止办呶呶追尤首事，此一反也。……武官爨下求安，专藉款关之利；文吏隙中观斗，争谈出塞之功，贾勇不在边境而在朝廷，御寇不以甲兵而以文墨，此二反也。……诸边以彼此支吾为熟套，以日月玩愒为良谋，转和慕效，翕然同风，遇缓急重难之事则隔垣内外便分尔我，如彻哩克一人在宣大则力保其无他，在甘肃则以之为诛首，犯边一事，在西人委东则曰尔何不招，在东人委西则曰尔何不战，皆逃责于己而嫁祸于人，此三反也。……而臣之所忧者，独恐将吏以忘战之久而畏事之甚，苟听要挟急图招抚，使外敌反持中国之权，武吏反袭文儒之论，则其患有不可言者。[68]
    有鉴于此，明廷采取了两项措施以督促边臣大吏恪尽职守：其一，对各个次级封贡事务处理中心关涉的地方军事将领、朝廷主事大臣以重赏、苛法为其考课殿最之辅。如隆庆元年十二月敕令：“今后总督、镇、巡仍令各遵敕行事。遇有功罪，自总督以至副、参将、游、守、兵备，有司查照职任一体从公赏罚，著为定例，以杜推诿之私。”[69]万历三十年缅甸出兵十几万人占领云南蛮莫，万历三十二年又占领孟密、孟养，万历三十四年缅甸出兵30万人攻占木邦，负责缅务的云南巡抚陈用宾被下狱论死，陈案可谓首开督抚失地论死之先河。且愈到后来，明廷处置级别愈高，拟定罪罚愈重，“沦开、陷沈、覆辽、蹙广，仅诛一、二督抚以应故事，中枢率置不问”；“俺答阑入，而丁汝夔伏诛；沈惟敬盟败，而石星论死”；陈新甲主辽东议和事泄，被劾以“身在朝廷，不告君父而专擅便宜者，辱国启侮……即日弃市”。[70]天启七年五月，工科都给事中郭兴奏言：“近年御奴（辽东女真）之兵，强半望风而逃，宜于蓟镇咽喉之处设标兵一营，令大将统之，号曰‘杀逃营’，使关内无逃生之路便决意死守矣”，熹宗纳其言，随即令于“蓟镇咽喉之处设立标营，统以大将，内卫外援俱可相资，防逃之法寓于其中”。[71]其二，一旦面临重大边疆军事危机时，打破各地军事管辖的行政界线，提高方面统帅的事权，以统一协调、调度各省主客兵的作战行动及户、工二部相关兵员的征集、粮饷武器的解运，“世宗朝倭之役，胡宗宪节制七省；今上（万历帝）御极以来，火洛赤之役，郑洛节制九边；播之役，李化龙节制，楚、蜀、滇、黔、闽、粤、浙、齐诸省俱听调遣。”[72]自熊廷弼经略辽东以后，明臣周如磐、官应震等亦屡倡“专用辽抚，赐剑许以便宜从事”，“经略事权不可不重”，[73]允许辽东方面统帅集权节制之议，熊廷弼、王在晋、孙承宗、王化贞、袁应泰、袁崇焕等皆获皇帝“赐剑”，以行临事应变之权。
    然而成化以后，明朝农业经济的日趋衰微无疑对明朝的军力重振起了釜底抽薪的作用，使明朝最终陷于内外交困、军民吏俱疲的境地，无以自拔。迨至天启、崇祯时期，辽东战事日亟，天启七年，辽东巡抚袁崇焕奏言，封贡防卫体系鱼烂不堪，无所依恃：“奴子妄心骄气何所不逞，我欲合西虏而厚其与，彼即攻西虏而伐我之交；我藉鲜为牵，彼即攻鲜而空我之据；我藉款愚之，乘间亟修凌、锦、中左以扼其咽，彼则分犯鲜之兵而挠我之筑”；[74]崇祯二年，刘宗周痛陈，朝廷“竭天下之力以养饥军而军愈骄，聚天下之军以冀一战而战无日”。[75]《明史》称：“自辽左军兴，总兵官阵亡者凡十有四人：抚顺则张承荫，四路出师则杜松、刘綎、王宣、赵梦麟，开原则马林，沈阳则贺世贤、尤世功，浑河则童仲揆、陈策，辽阳则杨宗业、梁仲善。是役（即驰援西平之役），（刘）渠与（祁）秉忠继之。” [76]上述诸总兵死于社稷，尚蒙明廷厚加恤典，而诸辽东统帅的命运波折则折射出明帝国封贡防卫体系收缩、衰微之际的无奈与悲哀。王化贞、袁应泰，本为庸才，其罢默迁调固不足议，而其他几位颇有军功、堪于任事的杰出将帅却因朝中党争和清议的干扰、攻击迭遭厄运：熊廷弼，两次被劾，天启五年（1625年）下狱枭首于西市并传首九边；毛文龙，崇祯二年（1629年）以糜饷、自大之名被斩杀于双岛；袁崇焕，因皇太极之反间计见疑于崇祯，崇祯二年被夺职下狱，次年磔于市；孙承宗，两次夺官闲住，崇祯十一年清军攻入京畿南面之高阳，孙承宗被俘自缢死；洪承畴，以文臣督师辽东，战守出于帝旨而不得自专，崇祯十五年于松山兵败被俘；陈新甲，松山兵败后受密旨主持辽东和议，旋以清议遭弃市。明朝政治之窳败姑置不论，仅就军事而言，辽东女真部族实令虚弱不堪的明朝耗尽了最后的一点元气，并直接导致两个恶果：其一，四川永宁宣抚使奢崇明、贵州水西土司安邦彦乘明朝后方防守空虚之际纠集苗众于天启元年、二年相继叛乱，至崇祯十年其乱始定，川黔因之糜烂长达十七年；[77]其二，受辽东战事的牵制，对于崇祯十三年以后复起的李自成起义军的连续攻伐，崇祯帝无兵可调、无力自保，坐困于京城以待毙，可谓惨痛极矣。
    综上，从明初以来封贡体系建构、维系的地缘环境的演变特别是明中后期封贡体系的加速式微来看，明朝政府在封贡体系中实施一系列严密的监控、防范措施与军事情报搜集活动，尽管有过于谨微之嫌，却也堪称基于历史经验的远见。多年来，当代史家论及西洋诸国如葡萄牙、西班牙等使华通商，每每认为是单纯的明朝统治者外交观念、海洋观念的落后与对世界形势的无知，中国以农立国，与西洋诸国以商立国固有不同，中国的海洋海权观念固然落后于西欧，至于相互了解，西洋诸国对中国的了解并不比中国对西欧的了解深刻。而西洋诸国的通商也并非是正常的平等的贸易，考诸16、17世纪西洋诸国如西班牙、葡萄牙、荷兰、英国等在全球商业贸易网络的拓展史，就是一部在地理大发现的进程中对所到之处的国家和民族进行武装殖民和以强凌弱的海盗式贸易的历史，就是当地国家与民族国土沦陷、人民备受欺诈与奴役的历史。西洋诸国早期的崛起与富足不仅植根于知识与技术的积累，也植根于对弱小国家和民族的残暴征服与掠夺。从明朝中后期起，其在东南亚的诸多属国如吕宋、满刺加等在政治、商贸等方面已经陆续受到西洋诸国不同程度的挟制或控制，中国在与西洋诸国进行有限贸易的过程中对此已有所了解，因而对其已无法完全信任，不能、也不再完全尽到封贡体系中一个天朝上国应有的保护与救援责任，也就可以理解了，明朝对其封贡体系成员的监控与防范越到后来越加强化也就不足为怪了。在地缘军事关系的不断演化过程中，这种针对封贡体系自身的防控政策在维护大明封贡秩序、保障大明国土安全方面功不可没。