更为重要的是，对康有为《新学伪经考》提出批评的，不仅来自于宋恕、章太炎等研治古文经典者，而且来自那些与康有为同治今文经者。皮锡瑞与康有为一样学主今文，但皮之治经力求凿实，反对空疏。因此，他批评刘逢禄、魏源等人经说的武断，认为“以此说经，圣人之书无完肤矣，以臆说为微言，以穿凿为大义，此真经学之蟊贼！”（15）1894年，他读过《新学伪经考》后，评论道：“谓《周礼》等书皆刘歆作，恐刘歆无此大本领，既信《史记》，又以《史记》为刘歆私窜，更不可据。”（16）唐才常同样学主今文，但与“康学”的宗旨“也微有不合之处”。在唐才常看来，“《周官》、《左氏》为姬氏一朝掌故，而公、谷、大小戴、三家《诗》乃圣人改制之书”（17），这与康有为之遍伪古文经传已然不同。谭嗣同对康有为否定古文经的武断也“不敢苟同”，认为“孔子作《春秋》，其微言大义，《公羊》固得其真传，顾托词隐晦，虽何休为之解诂，亦难尽晓。至于左氏之书，则不尽合经，疑后人有所附益，然其叙事详，且皆可稽。苟说经而弃是书，则何由知其本事，而孔子之施其褒贬，亦何由察其深意，此章实斋所谓‘道不可以空诠也’。”（18）黄遵宪是康梁变法路上的亲密伴侣，康梁在维新路上的很多困难都由他代为排解，但这并不意味着黄遵宪信服“新学伪经”说，他曾直言不讳地对梁启超说：“《公羊》改制之说吾信之。谓六经皆孔子自作，尧、舜之圣，为孔子托辞，吾不信也。”（19）即使康有为的弟子梁启超、陈千秋“亦时时病其师之武断”。在梁启超看来，书中“谓《史记》、《楚辞》经刘歆羼入者数十条，出土之钟鼎彝器，皆刘歆私铸埋藏以欺后世，此实谓事理之万不可通者，而有为必力持之。实则其主张之要点，并不必借重于此等枝词强辩而始成立，而有为以好博好异之故，往往不惜抹杀证据或曲解证据，以犯科学家之大忌。”（20）
    今文、古文有着不同的家法，但从上述各人对于《新学伪经考》近乎相似的批判中，我们看到的却是康有为经说中存在的问题与不足：考证疏漏、结论武断。而造成这一弊端的原因有二：
    其一，“凿空说经”可谓是今文家的传统。复活于嘉道之际的今文经学存在着学术研究与经世致用两种路向，前者注重考据，后者则为了发掘微言大义常常会出现对经典的过度诠释，甚至以“六经注我”。康有为即属于后者，而且较之前辈今文经家走得更远，正如章太炎所谓“其说本刘逢禄、宋翔凤诸家，然尤恣肆”（21），以至于唐才常等今文经学家也无法认同其视《左传》为伪经的作法。因此，上述诸家从学术研究严谨性的角度对《新学伪经考》提出批评，应当说切中要害。
    其二，与康有为“好博好异”、固执自信的性格不无关系。对于《新学伪经考》中存在的问题，康有为并非不知。梁启超、陈千秋曾以弟子的身份参与了《新学伪经考》的著述，二人不仅认识到其中的问题，还向乃师提出修改建议，但“卒莫能夺”。对此，梁启超如是说：“实则此书大体皆精当，其可议处乃在小节目……有为之为人也，万事纯任主观，自信力极强，而持之极毅。其对于客观的事实，或竟蔑视，或必欲强之以从我。其在事业上也有然，其在学问上也亦有然。其所以自成家数崛起一时者以此，其所以不能立健实之基础者亦以此。读《新学伪经考》而可见也。”（22）如此看来，如果不是康有为过度自信、喜博好异的话，《新学伪经考》的不足会大有改观。
    上述分析表明，在对待《新学伪经考》的问题上，时人的态度没有太大的差异，基本上都是将之置于学术研究的脉络中加以评判，批评其考证疏漏、结论武断及“六经注我”的治学态度，可谓抓住了《新学伪经考》的病灶。从中我们看不出任何新旧之争的痕迹，这与《新学伪经考》本身重在否定古文经传而没有牵涉太多微言大义有关。正如谭嗣同所说，《新学伪经考》于“扫除乾嘉以来愚谬之士习，厥功伟；而发明二千年幽蔀之经学，其德宏”，“然而于其微言大义，悉未有闻”。（23）另一方面，这也与《新学伪经考》问世较早有关。尽管《新学伪经考》所牵涉的微言大义较少，但它毕竟是康有为思想体系的一部分，如果对照了日后康有为的言行，还是很容易看出其中的关联的。但由于该书问世较早（1891年），此时维新运动尚未露出端倪，康有为也籍籍无名，其可供世人参阅的资料少之又少。因此，读者既没有其他有关康有为的思想资源可供挖掘、参照，在面对《新学伪经考》时，便无法做出像日后对照了《孔子改制考》那样的解读，只能将其视为学术著作加以评说。加之当时的康有为不过是广东的一名举人而已，尽管《新学伪经考》中的很多论断都“离经叛道”，但人微言轻，它所引发的反响远没有后来的《孔子改制考》那样大。
    1898年《孔子改制考》刊出。（24）如果说《新学伪经考》意在破的话，《孔子改制考》则重在立，即通过将孔子打造成一个“托古改制”的圣人，为其变法维新张本。梁启超对《孔子改制考》的主旨做了精当的概括：“六经皆孔子所作，昔人言孔子删述者误也。孔子盖立一宗旨而凭之进退古人，去取古籍。孔子改制，恒托于古。尧舜者，孔子所托也，其人有无不可知……又不惟孔子而已，周秦诸子罔不改制，罔不托古。”然而康有为所说的“改制”却不同于此前公羊学家的改制，而是“一种政治革命、社会改造的意味”，“喜言‘通三统’：‘三统’者，谓夏、商、周三代不同，当随因革也。喜言‘张三世’：‘三世’者，谓据乱世、升平世、太平世，愈改而愈进也。”（25）而且，在康有为看来，“孔子改制”不过立大纲而已，其后尽可由其门徒充实内容。这便为康有为的“托古改制”并任意参照西方学说提供了依据。
    《孔子改制考》问世之际，正值各地维新运动进入高潮之时，其鲜明的改制主旨触动了反对变法者敏感的神经。他们因之心急如焚，于是攻击《孔子改制考》不遗余力。康有为之学术因与政治的结合而遭到更为激烈的批判。文悌弹劾康有为说：“阅其著作，以变法为宗，而尤堪骇诧者，托词孔子改制，谓孔子作《春秋》，西狩获麟，为受命之符，以《春秋》变周为孔子当一代王者，明似推崇孔教，实则自申其改制之义……由是奴才乃知康有为之学术正如《汉书·严助传》所谓‘以《春秋》为苏秦纵横者’耳。”（26）令文悌不安的，与其说是康有为的经说荒谬，不如说是其“托词孔子改制”，自申“改制之义”。更何况其自申之义又是西方的民权、平等诸说！因此，如若康有为的学术仅仅停留在学术层面，文悌“犹以为方今时事孔棘，求才未可一格”，但当康之学术显然与政治结合到一起，“其谈治术则专主西学，欲将中国数千年相承大经大法一扫刮绝，事事时时以师法日本为长策”时，其对康有为的宽容便走到了极限。叶德辉攻击说：“康有为隐以改复原教之路德自命，欲删订六经，而先作《伪经考》，欲搅乱朝政，而又作《改制考》，其貌则孔也，其实则夷也。”（27）他由《孔子改制考》反观《新学伪经考》才发现，其中的谬误原来不仅仅在于结论的武断与考证的疏漏，“以《周礼》为刘歆伪撰……以为‘新学’、‘伪经’之证。其本旨只欲黜君权、伸民力，以快其恣雎之志，以发摅其叱诧傺侘不遇之悲。而其言之谬妄，则固自知之也，于是借一用《周礼》之王莽、附王莽之刘歆，以痛诋之。”（28）叶德辉的如此心得，如若不是“两考”并读是无法作出的。因此，他所攻击的公羊学不是汉代之公羊学，而是康有为之公羊学，因为“今之公羊学，又非汉之公羊学也。汉之公羊学尊汉，今之公羊学尊夷。”（29）其实早在叶德辉之前，朱一新对“康学”就有过与叶相似的认识。朱一新去世较早（1894年），没有机会看到《孔子改制考》。但当他看过康有为“门人功课”之后，即对“康学”，有了整体的了解。也同样是联系了“新学伪经”与“孔子改制”说之后，朱一新才对“康学”有了如下心得：“今托于素王改制之文，以便其推行新法之实，无论改制出于纬书，未可尽信，即圣人果有是言，亦欲质文递嬗，复三代圣王之旧制耳，而岂用夷变夏之谓哉？……而凡古书之与吾说相戾者，一皆诋为伪造，夫然后可以惟吾欲为，虽圣人不得不俯首而听吾驱策。噫！足下之用意则勤矣，然其所以为说者亦已甚矣。”（30）无论文悌还是叶德辉、朱一新，他们都认为康有为是借“素王改制”以行己说、“用夷变夏”，而且担心这种变革终将导致儒家文化的澌灭，故而攻击、规劝，不遗余力。对此，朱一新说得很清楚：“彼戎翟者，无君臣，无父子，无兄弟，无夫妇，是乃义理之变也。将以我圣经贤传为平淡不足法，而必以其变者为新奇乎？有义理而后有制度，戎翟之制度，戎翟之义理所由寓也，义理殊斯风俗殊，风俗殊斯制度殊。今不揣其本而漫云改制，制则改矣，将毋义理亦与之俱改乎？”（31）