康有为今文经说的考证疏漏、结论武断是人所共知的，即使康门弟子也不讳言。重要的是，当康有为的今文经说与现实的政治变革纠结在一起、要为现实的变法服务时，学术本身的疏漏与严谨已经无关紧要，不再是大家批评的重心。于是，时人对于《孔子改制考》的评价已然与《新学伪经考》不同，政见取代学术成为更重要的评价标准。与康有为政见不同者，借攻击康有为的今文经说而反对其政治上的变法，并使得原本不太森严的今、古文壁垒日渐森严；与康有为政见相同者，虽仍对其学术上的武断与附会提出批评，但更多的是因政见一致而理解、认同其“孔子改制”与“三世说”等变法理论，学术的“致用”压倒“求真”。正是在晚清民族危机日益急迫的特殊时空下，“经世致用”压倒学术求真，才有古文经家对《孔子改制考》予以理解、宽容乃至认同的一幕。章太炎一度与康门弟子走向决裂，尽管其自称与康有为论学“如冰炭”，但是，当我们放眼于维新变法时期章太炎自身的学术及其与康门师徒的关系时，却发现除却短暂的冲突之外，他们基本上能够存异求同。关于此期章太炎在学术上力图援引今文经释古文经的倾向前文已经论及，这里略就其对康有为的态度作一分析。（63）1897年初，“章梁冲突”发生后，章太炎一度极其愤怒，曾致函孙诒让与谭献等师友，表示：“《新学伪经考》，前已有驳议数十条，近杜门谢客，将次第续成之。”（64）然而，公然驳难《新学伪经考》其实并非章太炎的本意，只不过是感情冲动下的愤怒之举。冷静之后，他还是理智地接受了师友的建议，将驳议搁置不提。其实，为了共同的变法理想，章太炎完全可以对“康学”给以宽容。这从其戊戌政变后的言行中可以见及。戊戌之后，今、古文的分野日渐森严，章太炎在学术上已然成了古文经的捍卫者。但因与康有为的政见一致，当他在学术上批评时人的“今文经说”时，对康有为这一今文经学的“集大成者”却网开一面，并对那些借攻击康有为之经说以反对其变法的作法表示鄙夷。光绪二十五年八月（1899年10月），面对守旧者借驳斥康有为经说以否定变法的言论，章太炎撰《〈翼教丛编〉书后》为康辩护：“是书驳康氏经说，未尝不中窾要，而必牵涉政变以为言，则自成其瘢宥而已……且经说之是非，与其行事，固不必同。”在章看来，康有为在变法时“不失为忠于所事”，故质问：“彼与康氏反唇者，其处心果何如耶？”（65）“经说之是非，与其行事，固不必同”一语是理解章太炎与康门师徒关系的密钥。章太炎固然不认同康有为之经说，但对其行事的首肯使得章不愿意公然驳难康之经说，更不愿意因论学不合而走向决裂，更何况此时的章太炎还时常援引今文经说入其古文经中！同年十一月，章太炎作《今古文辨义》，仍然没有公然驳斥康有为，而明言是反驳廖平之说；且由于该文内容与康有为相关，特意在文末声名：“若夫经术文奸之士，藉攻击廖士以攻击政党者，则井之鼋，吾弗敢知焉。”（66）这些都表明，为了变法的政治目标，章太炎对康有为的学术给予了极大的包容，甚至于他自己也力图从古文经中发掘出今文家“黜周王鲁、改制革命”的思想内涵，以助其政治变法的需要。对这种因政见一致而宽容其学术的态度，章太炎也毫不隐晦，在“自述其治学功夫与志向”时谈及今文经学，他曾如是说：“清世《公羊》之学，初不过一二人之好奇，康有为倡改制，虽不经，犹无大害，其最谬者，在依据纬书，视《春秋》经如预言，则流弊非至掩史实逞妄说不止。”（67）在章太炎看来，“康有为倡改制，虽不经，犹无大害”，但在反对变法者看来康有为以今文经学“倡为改制”却贻害无穷。双方的结论虽相反，但思考问题的思路却是相同的，即都是以政治为标准来评判学术。
    孙诒让与章太炎交密，因此对康门弟子驱逐章太炎一事打抱不平。但当章太炎以驳斥《新学伪经考》一事咨询他时，他却并没有因此支持章太炎，相反致函章氏说：“是当哗世三数年，荀卿有言，狂生者不胥时而落，安用辩难？其自薰劳也。”（68）就孙诒让而言，他与康有为论学同样“如冰炭”，但他却反对章太炎公然驳难康学，个中原因是他对康有为变法主张的认同，担心公开驳难将不利于变法大局。对孙氏此中的深意，宋恕如是说：“先生为古文经学大师，尤精治《周礼》，今文经学领袖岭表某氏攻许、郑甚力，于《周礼》直斥为刘子骏伪作。然先生不以此而迁怒反对，极表同情于其所持改制立宪之政论。”（69）孙诒让在维新变法失败后，论及康门师徒时，也说：“康氏学术之谬，数年前弟即深斥之。去年致章枚叔孝廉书，亦曾及之。然其七八上书，则深钦佩其洞中中土之症结。于卓如则甚佩服其变法通议之剀切详明，不敢以其主张康学之执拗而薄之。此薄海之公论，非不佞之臆论也。”（70）可见，在学术与政治之间，孙诒让更看重后者，因此尽管不认同康有为的学术，但却尊重康有为的变法主张与实践，为了政治变法而主张对康之学术示以宽容。
    同样，宋恕、孙宝瑄对康有为的态度也经历了由不满其学术、做派到钦服其变法之志的转变。《新学伪经考》问世后，宋、孙都对康有为学术之武断提出异议；“章梁冲突”发生后，宋恕与孙宝瑄都表示了对康门弟子的不满，宋恕为之致函章太炎，称：“别怅时馆之事，恕与孙君中玙、胡君中巽等大为执事不平，极望别树正旗，摧彼骄敌。今得胡、童两君同声相应，实天之未绝斯文，恕虽久怠，岂愿自外！”（71）但当《孔子改制考》问世后，孙、宋对康有为的态度发生巨大转变，这同样反映了在那个特定的历史条件下，政治共识压倒学术歧异的事实。这一事实即使是同治今文经者，也同样存在。清代今文经家之间的公羊学理论，往往是同中有异，即使同为主张变法的今文经家，其今文经说的内容也不尽相同。但在维新变法的大局之下，学术上的歧异显得微不足道。唐才常曾致函乃师欧阳中鹄，对其与康有为学术、政治的异同如是说：“授业于素王改制讲之有年，初非附会康门。去年办《湘〈学〉报》时，即极力昌明此旨，至六、七月间，始与桂孙同往书肆购得《新学伪经考》阅之。今年三月始读所谓《改制考》、《董氏学》两书。其宗旨微有不合处，初不敢苟同……至其拜服南海五体投地，乃因历次上书，言人所不能言，足愧尽天下之尸居无气而窃位欺君者，故不觉以当代一人推之。”（72）
    从不同人群对《新学伪经考》与《孔子改制考》的态度异同中我们看到的是：就康有为个人而言，当戊戌时期，中国的社会经济已经迈出了学习西方的步伐，并要求在政治上实行相应的变革。但此时的康有为因没有足够的西学储备，无法运用西方的思想体系来倡导变法，于是只能在现有的儒家思想中寻找可资利用的资源，以今文经说附会西方的思想元素宣传变法。由此产生的牵强与附会、武断与疏漏显而易见。在学术与政治之间，康有为因政治上的变法需要，牺牲了学术上的严谨与求真，此乃宋恕所说的“能行污身救世之行”。就宋恕等人而言，他们虽与康有为的学术主张不无分歧，并因此对《新学伪经考》提出批评，但当《孔子改制考》暴露出康有为借学术以致用的目的后，共同的政治追求使他们在学术上存异求同，虽对康之学术武断与疏漏不乏批评，但更多的是宽容与理解，甚至于共同分享其“孔子改制”的变法理论。就那些反对康有为变法者而言，学术经世的传统他们能够认同，今文经学研究他们可以接受，但当传统的今文经学注入了西方民权等政治理念之后，他们的容忍便达到了极限。从他们对《新学伪经考》与《孔子改制考》的不同态度中，我们看到，尽管“康学”在学术上有这样那样的不足，但他们对其托古改制的实质看得都很清楚，他们反对“康学”的真正目标是其中的民权平等与托古改制。可以说，变法的支持者因政见与康有为一致而容忍其学术，反对者则因政见与康有为不同而对其学术大张挞伐，由此所反映出的正是戊戌时期学术与政治关系的常态。