其实，包裹在《孔子改制考》经学外衣下的康氏变法思想和取径，不仅令文悌、叶德辉等人惶恐，即使曾经支持过康有为的帝师翁同龢及那些一度参与变法维新的官绅也同样无法接受。这一点从他们与康有为的关系离合中可以见及。光绪二十年五月（1894年6月），翁同龢阅读了《新学伪经考》，并在初二日（6月5日）的日记中评论说：“看康长素（祖诒，广东举人，名士）《新学伪经考》，以为刘歆古文无一不伪，窜乱六经，而郑康成以下皆为所惑云云。真说经家一野狐也，惊诧不已。”（32）尽管翁同龢“惊诧不已”，但“说经家一野狐”也还是将其放在经学研究的脉络中加以评说的。因此，《新学伪经考》并没有影响其日后对康有为变法活动的支持，甚至在余联沅奏劾《新学伪经考》一事上，翁还同意出面为康“周旋一切”（33）。但当看到《孔子改制考》后，翁的态度发生了极大的转变。据翁同龢戊戌日记四月初七日（5月26日）记曰：“上命臣索康有为所进书，令再写一分递进，臣对与康不往来。上问何也，对以此人居心叵测。曰前此何以不说，对臣近见其《孔子改制考》知之。”次日，“上又问康书，臣对如昨。上发怒诘责，臣对传总署令进。上不允，必欲臣诣张荫桓传知。臣曰张某日日进见，何不面谕，上仍不允。退乃传知张君。”（34）从这一番君臣较量中，我们看到的是翁同龢对康有为前后态度的转变，而转变的关键是《孔子改制考》。
    张之洞与康有为的关系颇为复杂，这种复杂性来自于康有为既主变法，又治今文经学。甲午战后，受空前高涨的民族危机的刺激，国人多言变法，身为湖广总督的张之洞对此同样表现出极高的热情，并成为很多维新人士投靠的对象；而张之洞也积极援引之。张之洞与康有为因此走到了一起，尽管后来的史实证明康有为之变法绝非张之洞之变法可比。1895年，康有为南下筹办上海强学会，得到张之洞的极高礼遇，康有为回忆说二人“隔日张宴，申旦高谈，共开强学，窃附同心”（35）。吴德潇曾致函汪康年，也说：“康君自金陵来同寓，昨夜同公度往访，略谈刻许。南师极倾倒之。”（36）蔡元培日后忆及张之洞对康有为的评价，说：光绪二十一年“赴南京访张香涛氏，适康长素之房师余诚格氏在座。张氏盛称康氏才高，学博，胆大，识精，许为杰出之人才。”（37）这些都说明，尽管张之洞不认同今文经学，与康有为“论学不合”，但此时的康、张关系并没有受到学术上今、古文不同的影响。其实，对于今文经学，张之洞并非绝对的排斥。这一点，从张之洞后来针对《湘学报》中的“揭素王改制之义”所发表的评论中可以见及。光绪二十三年七月，张之洞曾致电湖南学政江标，称：
    《湘学报》卷首，即有素王改制云云，嗣后又复两见。此说乃近日公羊家新说，创始于四川廖平，而大盛于广东康有为。其说过奇，甚骇人听。窃思孔子新周王鲁、为汉制作，乃汉代经生附会增出之说，传文并无此语，先儒已多议之。然犹仅就春秋本经言。近日廖康之说，乃竟谓六经皆孔子所自造，唐虞夏商周一切制度事实，皆孔子所定治世之法，托名于二帝三王，此所谓素王改制也，是圣人僭妄而又作伪，似不近理。《湘学报》所谓改制，或未必如廖康之怪，特议论与之相涉，恐有流弊。且湘报系阁下主持刊播，宗师立教，为学校准的，与私家著述不同，窃恐或为世人指摘，不无过虑。方今时局多艰、横议渐作，似尤以发明为下不倍之义为亟……如报馆主笔之人，有精思奥意易致骇俗者，似可藏之箧衍、存诸私集，勿入报章，则此报更易风行矣。（38）
    由此可见，张之洞固然不喜公羊家言，但如果这一学说只是“私家著述”、不与现实政治结合的话，他还是可以容忍的。而这也比较符合嘉道以降出现的汉宋兼容、古今并治的学术趋向。正因如此，尽管康有为的《新学伪经考》问世在先，但这却没有影响张之洞与康有为的合作。然而，康有为的今文经说是注定要和现实政治结合的，这也注定了康、张合作不能长久。1895年底，《强学报》因采用孔子纪年为张之洞责令停刊。《强学报》采用“孔子纪年”意味着康有为的今文经说不再是“私家著述”，已超出张之洞的容忍限度。而当《孔子改制考》问世后，康有为学术为政治服务的用意暴露无遗，张之洞撰著《劝学篇》“暗攻康梁”就不足为奇了。在张之洞看来，“民权之说，无一益而有百害”，“使民权之说一倡，愚民必喜，乱民必作，纪纲不行，大乱四起”。（39）
    陈宝箴对康有为今文经说的态度，可以说比张之洞更为宽容。这并非因为陈宝箴认同康有为的今文经说，而是因为在民族危机的刺激下，他有着颇为强烈的变法愿望。因此康有为变法之激越与卓识一度令陈宝箴刮目相看：“近来屡传康有为在京呈请代奏折稿，识略既多超卓，议论亦颇宏通，于古今治乱之原、中西政教之大，类能苦心探讨、阐发详尽，而意气激昂慷慨，为人所不肯为，言人所不敢言，似不可谓非一时奇士。”（40）然而，陈宝箴之变法与康有为之变法同样不可混一而论。就变法的路数而言，熟谙晚清史的陈寅恪曾如是说：“当时之言变法者，盖有不同之二源，未可混一论之也”，其一为“南海康先生治今文公羊之学，傅会孔子改制以言变法”；另一则为张之洞、郭嵩焘等“历验事务欲借镜西国以变神州旧法者”。他强调指出，其“先祖先君”的变法源流属于后者而不同于康有为：“先祖先君见义乌朱鼎甫先生一新《无邪堂答问》驳斥南海公羊春秋之说，深以为然。据是可知余家之主变法，其思想源流之所在矣。”（41）就变法的内容而言，康有为所大肆宣扬的民权、平等之说，也非陈宝箴所能接受。因此当《孔子改制考》成为众矢之的时，陈宝箴的宽容走到了极限，在奏请康有为自行毁版的同时，指出：
    意其所以召毁之由，或即其生平才性之纵横、志气之激烈有以致之，及徐考其所以然，则皆由于康有为平日所著《孔子改制考》一书。此书大指推本《春秋公羊传》及董仲舒《春秋繁露》，近今倡此说者为四川廖平，而康有为益为之推衍考证……其著为此书，据一端之异说，征引西汉以前诸子百家，旁搜曲证，济之以才辩，以自成其一家之言，其失尚不过穿凿附会。而会当中弱西强，黔首坐困，意有所激，流为偏宕之辞，遂不觉其伤理而害道。其徒和之，持之愈坚，失之愈远，嚣然自命，号为“康学”，而民权、平等之说炽矣。甚或逞其横议，几若不知有君臣父子之大防。《改制》一编，遂为举世所忿疾，其指斥尤厉者拟为孟氏之辟杨墨，而康有为为众射之的，非无自而然也。（42）
    在陈宝箴看来，就学术研究而言，《孔子改制考》的弊端“尚不过穿凿附会”。但当其与现实政治相结合，“意有所激，流为偏宕之辞”后，“遂不觉其伤理而害道”，“民权、平等之说炽”，甚而至于“不知有君臣父子之大防”。此中，尽管陈宝箴于“厘正学术之中，仍寓保全人才之意”（43），但其与康有为的分野已经跃然纸上，只是他的言辞较之张之洞稍显平和而已。