孙家鼐也曾与维新派一道推动过变法运动，但当康有为的今文经说显然成了其现实变法的理论武器时，他的态度非常明确：
    臣观康有为著述，有《中西学门径七种》一书。其第六种“幼学通议”一条，言小学教法，深合乎古人《学记》中立教之意，最为美善。其第四种、第五种“春秋界说”、“孟子界说”，言公羊之学，及《孔子改制考》第八卷中“孔子制法称王”一篇，杂引谶纬之书，影响附会，必证实孔子改制称王而后已。言《春秋》既作，周统遂亡，此时王者即是孔子。无论孔子至圣，断无此僭乱之心，即使后人有此推尊，亦何必以此事反复征引教化天下乎？方今圣人在上，奋发有为。康有为必欲以衰周之事行之今时，窃恐以此为教，人人存改制之心，人人谓素王可作。是学堂之设，本以教育人才，而转以蛊惑民志，是导天下于乱也。履霜坚冰，臣窃惧之。皇上命臣节制各省学堂，一旦犯上作乱之人，即起于学堂之中，臣何能当此重咎？臣以为康有为书中凡有关孔子改制称王字样，宜明降谕旨，亟令删除，实于风俗人心大有关系。（44）
    在孙家鼐看来，当“圣人在上奋发有为”之际，康有为却“欲以衰周之事，行之今时”，其流弊必然是“人人存改制之心，人人谓素王可作”。孙家鼐可谓抓住了康有为“孔子改制”的真实用意，无法逾越“纲常名教”的他自然会对康有为的“人品、心术”产生怀疑。其后，在议复陈宝箴关于康有为及《孔子改制考》的奏折时，再次指出：
    查陈宝箴所奏，意在销毁康有为《孔子改制考》之书，兼寓保全康有为之意。臣谨将康有为书中最为悖谬之语，节录于后，请皇上留心阅看。
    其书有云：异哉王义之不明也，贯三才之谓王，天下归往谓之王；天下不归往，民皆散而去之，谓之匹夫。又云：以势力把持其民，谓之霸，残贼民者谓之民贼。夫王不王，专视民之聚散向背，非谓其黄屋左纛，威权无上也。又云：今中国四万万人，执民权者二十余朝，问人归往孔子乎，抑归往嬴政、杨广乎？又云：天下义礼制度皆从孔子，皆不归往嬴政、杨广，而归往大成之殿。有归往之实，即有归王之实，乃其固然。又云：于素王则攻其僭悖，于民贼则许以贯三才之名，何其舛哉。
    其书中所称嬴政、杨广民贼，臣诚不知其何指。黄屋左纛乃人君之威仪。天下所尊抑，康有为必欲轻视之，而以教主为尊，臣又不知其何心。人臣忠君爱国，惟有宣布朝廷盛德，乃其书屡言民不归往，散而去之，臣又不知其何心。臣观湖广总督张之洞著有《劝学篇》，书中所论皆与康有为之书相反，盖深恐康有为之书煽惑人心，欲救而正之，其用心亦良苦矣……今陈宝箴请将康有为《孔子改制考》一书销毁，理合依陈宝箴所奏，将全书一律销毁，以定民志而遏乱萌。（45）
    从孙家鼐所节录的“悖谬之语”及其对张之洞《劝学篇》的赞许中，我们可以看出，他不满康有为的不仅是其“孔子改制称王”所透露出的野心，而且包括康所宣传的民权、平等等变法理念。
    由此可见，《孔子改制考》遭遇了远比《新学伪经考》更大的非议与攻难。这其中的关键在于学术与现实政治的结合。与《新学伪经考》问世时相比，此时的康有为已不是偏居一隅的地方举人，而是光绪帝身边的近臣、维新变法的倡导者、新政决策的参与者，其地位与影响力已非昔日可比。因此，当《孔子改制考》问世后，便引发了极大的关注。而《孔子改制考》鲜明的改制主旨与“民权”、“平等”之说一下子触动了反对变法者敏感的神经，引发了反对派激烈的批判，其批判的重点与其说是康有为的今文经说，不如说是其背后的变法思想。当康有为的学术与政见遭到反对派的激烈攻击时，那些曾经倡导变法但又与康有为之变法不同路向、不同内涵的人们，便起而对其学术与政见提出批评，亮明态度，以便与康有为划清界限。这便是张之洞、陈宝箴等人批判《孔子改制考》的缘由。当然，康有为自身的性格缺陷、彼此之间的利益争夺也是影响康有为与上述诸人关系的重要因素，对此将另文论述。
    耐人寻味的是，戊戌变法尤其是百日维新的支持者不仅对于《孔子改制考》的态度与张之洞等人不同，而且与其几年前对《新学伪经考》的态度相比亦有变化。不但主治今文经之皮锡瑞、谭嗣同、唐才常等人认同康有为的“孔子改制”及“三世”说，即使那些主治古文经者，也对康有为《孔子改制考》表示了理解、宽容甚至认同。宋恕不服《新学伪经考》，但随着《孔子改制考》的问世，其对康有为的态度便发生了极大的变化，不仅“前疑冰释”，而且对康佩服得“五体投地”：“戊春见更生《孔子改制考》，始服更生之能师圣，始知更生能行污身救世之行，而前疑冰释。《新学伪经考》，仆不甚服。见《开制度局、十二局、民政局》一长折，则益信更生真刻不忘民，确为尼山嫡派。”（46）鉴于康有为“新学伪经”的武断，宋恕不服《新学伪经考》自在情理之中。但为什么主治古文经的宋恕在看到《孔子改制考》这一重在阐发今文经学微言大义的著作后，却更加佩服康有为了呢？此中的关键在于二人有着共同的变法理想，而《孔子改制考》寄寓的正是康有为的这一理想。宋恕因此“始服更生之能师圣”，说明他不但不反对“孔子改制”说，而且相信“圣人”改制，赞同康有为“师圣”改制。宋恕因读懂了康有为《孔子改制考》的真意与深意而能忽略其考证之疏，佩服其变法之志。因此，当看到孙宝瑄日记中驳《孔子改制考》的言论后，宋恕虽“颇谓然”，但“既而曰：子以考古贬长素甚善，然长素非立言之人，乃立功之人。自中日战后，能转移天下之人心风俗者，赖有长素焉。何也？梁卓如以《时务报》震天下，使士大夫议论一变，卓如之功；而亲为长素弟子，亦长素功也。八比废，能令天下人多读书，五百年积弊豁然祛除，而此诏降于长素召见后，亦长素功也。长素考古虽疏，然有大功于世，未可厚非也。”（47）孙宝瑄听后“亦敬服其说”。事实上，孙宝瑄本人对于《孔子改制考》的态度也与宋大致相同。他批评康有为“新学伪经”的武断，但却信从“孔子改制”、公羊“三世说”。他在日记中对《孔子改制考》的很多论断都表示肯定，对于康有为所说的诸子改制，孙记日：“余谓：制者，法也。古人不肯空论理，而必定法，使可遵行。是以谓诸子皆有改制之意，其说极善。惟书中所列诸家，亦有并非立意改制，如原壤、晏婴、邹衍之类，乃皆牵强附会，目为改制创教，以曲圆其说，则颇沿作时文之陋习也。考古之学贵精确，其似是而非者，奚必援据以贻笑耶！”又云，“推孔子为新王，为素王，以春秋当一代，谓以殷变夏，以周变殷，以春秋变周，皆有至理，不可易者也。所未解者，必以《六经》皆孔子自撰作而非述，抑何意耶？”“夫创法改制，皆圣人分内事，惟杜撰古事，诬蔑古人，圣人所不为。”（48）可见，孙宝瑄之于“康学”有所驳也有所不驳，所不驳者正是“孔子改制”甚至“诸子改制”之类的内容。同样，章太炎对《孔子改制考》也表示了一定的宽容，不仅没有批驳，反而对康有为的“孔子改制”、“通三统”、“张三世”等不无认同。尽管后来的章太炎成为了一个颇为纯粹的古文经学家，与康有为截然对立，但在维新期间及此前此后的一段时间内，他虽主治古文，却经常援引今文经学的观点。如在收入《诂经精舍课艺》的文字中，章太炎对今文经学的某些观点不但不排斥，有时且加援用，认为“《左氏》可通于《公羊》”（49）；他发表于《时务报》上的《论学会大有益于黄人亟宜保护》一文也有“通三统”、“大一统”等今文家言；在《膏兰室札记·孝经本夏法说》及《春秋左传读》中，也有赞同“孔子改制”的言论。这些都已经为以前的研究者所揭出。（50）而章太炎本人对其与今文学家的这种共识，也直言不讳。1899年，他因政变受牵连避地台湾，谈及与康有为的学术异同，说：“余自顾学术，尚未若给谏（指朱一新，引者注）之墨宋，所与工部论辩者，特左氏、公羊门户师法之间耳。致于黜周王鲁、改制革命，则未尝少异也（余紬绎周秦、西汉诸书，知左氏大义与此数语吻合），况旋乾转坤以成既济之业乎？”（51）正是“黜周王鲁、改制革命，则未尝少异”的共识成为了章太炎与康有为合作的学术思想基础。因此，对于具有鲜明经世目的的“康学”，章太炎便有了更多的同情与理解，晚年论及清代今文经学，他如是说：“至于康有为以《公羊》应用，则是另一回事，非研究学问也。”（52）尽管完全抹杀“康学”的学术价值有些武断，但对其以《公羊》经世的评判可谓知言。