明末清初思想家王夫之同样承认各阶层各职业民众皆有向国家交纳赋税的责任和义务，然在实施操作中要因地制宜公平征缴，于农于商都不可重困偏累。他一贯倡导国家在赋税政策上应向以农民为主体的弱势群体倾斜，不该放纵商贾夺利害民。同时其也注意到商税收入对于减轻农民负担及拓宽国家财源的积极意义，但富商大贾又难免有专擅利权、损国伤民之嫌，因此官府须权量各方利弊，善识低昂之法：
    税之于商，先王之以敦本裕民，而持轻重之衡以低昂淳黠者……以宽农田之税，仁之术，义之正也……商贾贸贩之不可缺也，民非是无以通有无而赡生理，虽过徼民利，而民亦待命焉。[23](卷2《太宗》，P47)
    而如果执政者处措得宜，那么农商兼利亦非不能。
    早在王夫之之前，嘉靖年间张居正就此有过一段精彩发论：
    古之为国者，使商通有无，农力本穑。商不得通有无以利农，则农病，农不得力本穑以资商，则商病。故商农之势，常若权衡然……欲物力不屈，则莫若省征发以厚农而资商，欲民用不困，则莫若轻关市以厚商而利农。[24](卷8《赠水部周汉浦榷竣还朝序》，P99)
    按照他的理解，农商各具其责，势本相济互用，官府榷税的原意不在筹措一时之需，主要是为扼制豪强势力的过快增长，长远来看，厚农资商、培植国本才是社稷长治久安的保证。与之相近，同时人汪道昆也在一篇纪念榷官善政的碑记中阐释了农商“交相重”的理念：
    先王重本抑末，故薄农税而重征商，余则以为不然，直壹视而平施之耳。日中为市，肇自神农，盖与耒耜并兴，交相重矣……关市之征，不逾什一，要之各得其所，商何负于农……盖厉商则厉农，商利而农亦利矣。[25](卷65《虞部陈使君榷政碑》，P524-525)
    在其眼里，农商关联紧密，难分轻重，若能操持有方，各取优长，两者必将一同成为国家税收的有力来源。张居正和汪道昆虽都顾虑到商贾持赢役贫或垄断作俑的危害，但他们体察农商关系时并未单纯停留在诸如“厚农抑商”等把二者对立起来的一般话语模式内，而是从商业发展的现实出发力求于本末间作出适当调整并对之一视平施，使彼此均与当时社会既有体制达成互惠共荣，这在一定程度上也折射出传统儒学能够随时代演进而历久自新的特质。
    明代士大夫的征商观念在对中国古代榷税思想的继承中也有发展，从国家和商人的关系看，尽管他们之中仍有非利商病国即利国病商“欲两全之而卒不可得”的声音，但其同时能更多体会到如此夺商佐费终将“国商俱病”，因此极力批判统治者只求国富不顾民生的做法，倡言兼合义利以实现官商共赢。清初鉴于明亡教训，黄宗羲从经世致用层面提出“工商皆本”的见解，“工固圣王之所欲来，商又使其愿出于途者，盖皆本也”[26](《财计三》P41)，表示所谓崇本抑末，原为汰除不适于日常民用者，工商有益国计，俱应视为本业。同时人王源作《平书》以裨善政，该书经学者李塨订正，内容涉及有关对处理商人、商业、商税事务的提议。如其建白榷关暴敛，理当裁撤，改由分坐、行商给票征税，“使商无所亏其本者，便商也，贵则减价以卖，又便民也，而官又收其利也”。此番规划，除依据商人资本收税外，还照顾到他们的经营收益状况，使征榷方式益趋合理。同时放宽其活动地域约限，以国家财力接济商困平准物价，更有助于取得官、民、商三方互利并荣的效果。书中还指出“本宜重，末亦不可轻”，不能因商为末业便轻贱视之。但商人虽有贸迁流通之功，却难拒骄亢谋利之念，自不该荣登上位：“夫商有利亦有害，懋迁有无以流通天下，此利也。为商之人，心多巧枉，聚商之处，俗必淫靡，此害也。”[27](卷11《财用第七下》，P81、83、85)综观该书阐述的改革意见，大体上是希望把商税收入愈加有效地纳入国家财政统一管理，并在体制上合法给予商人一定的政治和社会地位。其主张商人按资产收益分等治之，志在平抑社会财富，既反对税则过高损害中小商人，又要求政府强化对大商人的监督力度，警惕他们嗜利聚敛，败坏世风。
    复就明代商税收益而言，前期其在国家财政岁入总额中所占比例并不算高，如正德时曾任户部尚书的王鏊称：
    正统以前，天下岁征税粮……折银八十一万四千余两；户口商税，除折米外，并船料钞折银可得四十三万九千余两；两淮盐场盐课银，岁不下万数千两；各处税粮折征，共一百三万余两；云南闸办三万余两；各钞关船料四万余两；马草折征二十三万余两；盐课折征二十余万两。每年入数共二百四十三万两。[28](卷上《食货》，P20)
    之后榷关收入渐次增多，万历中崇文门及七处钞关原额并增摊每年本折共银四十一万七千余两。[12](卷411《关税亏减疏》，P4458)且此时海禁已开，商贾远贩东西二洋，其势方兴未艾。若再加之各地税课司局所得，商税总数照以往当较有明显提高。天启年间，各关税额增至四十八万余两。[29](卷13《钞关》，P164)③崇祯时国家财政益加入不敷出，商税一涨再涨，“十三年增关税二十万两”[20](卷81《食货五》，P1980)，然商民困疲，已无救于乱亡。需要指出的是，明代商税虽总体趋向增长，但不少士大夫认为，其始终未能占据国家财政的重心位置，即“一钞关所入，曾不足以当一下邑之赋”[14](《河西钞关议》，P23)。明末首辅叶向高亦直陈商税之入杯水车薪，向商人派饷实非万全之策：“各处税关所入，不过数十万，今欲加征，亦不过倍原额，而止视加派之四五百万，远不相当。”[30](卷5《答李懋明》，P234)关于社会经济境况，他们很多也保持着“天地生财，止有此数”的一般看法，关注的往往是节流汰费而非广开利源。可见，尽管明代士大夫本着“通商裕国”的精神对发展商业以扩充财税表现出一定的积极态度，但其自身在国家施政层面要逐步适应与接受商品市场化的榷税管理模式尚须作更大调整，而他们基于“厚农资商”、“农商兼重”及“官民两利”的思考所主张的种种惠民恤商政策，在反映传统儒家治国理念外，又为农商活动的深入展开提供了有利空间，并从某种意义上揭示出二者可同现国家体制共生并荣的广阔前景。