学术思想史领域对书院讲会的研究，以陈来先生《明嘉靖时期王学知识人的会讲活动》一文(34) 最引人注目。陈先生的研究吸取了书院史研究的相关成果，也提到了讲会与会讲的区别，但侧重于王学知识人的思想交往和话语传播方式的会讲、会游活动，意在揭示阳明学作为一种跨地域的话语体系的形成的某种机制与因素。所论包括阳明讲会的兴起与流行、邹守益主导的江右惜阴会、王畿主导的江左水西会、罗汝芳的游学讲会，以及讲会与乡约、祠祀的关系等。其结论是阳明学讲会、会讲、会游活动使得“各地的阳明学者们跨县、府、省到其他地区传播、交流学习的心得，促进了阳明学的传播和深入”，其所体现的是“各个地区知识人的大跨度的频繁往来”，“更是文化同质性的大大提高。”也就是说，王门讲会是阳明学作为一种“跨地域的话语体系”得以形成的重要机制。因此，他质疑海外地域研究将中国明清思想“归约到地方宗族、阶级等下层基础的研究案例”之类的范式。(35) 由方式方法而上升到哲学的高度，体现了思想史家的风范。彭国翔先生的《良知学的展开：王龙溪与中晚期的阳明学》，(36) 纯然是一本哲学史著作，但其所附《王龙溪先生年谱》，则提供了王畿这一讲学名家讲会四方的线索，足资参考。
    思想史家吴震先生《阳明后学研究》一书的重心是阳明学及其后学的发展，但他也认为“阳明学的思想展开过程，就是一部讲学运动史”，(37) 因而辟有一章讨论阳明后学与讲学运动。而作为该书副产品的《明代知识界讲学活动系年：1522-1602》，(38) 以年系事，专讲讲学、讲会活动，所涉讲会粗略计算有180余个，其中40余个与书院有关，因而成为本文最重要的参考文献。
    陈时龙先生的《明代中晚期讲学运动（1522-1626）》，(39) 广集方志与文集资料，参考前述吕妙芬、陈来、吴震等先生的成果，以实证史学的方法，梳理与重建明代中晚期一百年的讲学讲会活动的历史，所论涉及学术史、思想史、文化史、社会史诸方面，指向甚广，新见甚多，包括百年讲学史之兴起、高潮、挫折、反思、回归、终结的分期；兴起期在王湛之外，强调吕楠的贡献；将耿定向作为反思期的主角，并强调其在讲学转向中所起的作用；回归期突出东林书院网络的功用；将首善书院从东林后继的阴影中拉出，而让其独立门户；否定泰州学派的主流地位，而将其置于讲学的旁系，等等，皆让人耳目一新，多生启迪。全书对书院持久关注，在讲学的大前提下处理书院与讲会的关系，以嘉靖五年（1526）惜阴会的成立为标志，将书院讲学和地域性讲会断为两种讲学模式，在承认“利用书院，进行讲学，成为王阳明及其门人讲学的主要模式”的同时，又认为“阳明学的传播并不是依托于某些单个的著名书院，而是建立在更广泛的基础上。遍及各地的地域性讲会，就是阳明学传播的最有效的机制，而这一机制的建立始自嘉靖五年安福惜阴会的创办”。也就是说，陈先生认为被王学先后利用的书院和讲会是互不相属且有高下之分的两种不同讲学模式。然而，在谈到地域讲会的好处时，又说它“既可以充分地发挥缙绅在地方上的影响，又能有效地解决讲学的经费问题，还能规避政治风险。事实证明，即使在中央政权对于书院及讲学采取最严厉的打击措施的时候，讲学活动仍然能够在地方缙绅和地方官的保护下进行。”(40) 如此看来，在打压之下能够规避风险而继续讲学的究竟是书院还是讲会，似乎又有些错乱。
    政治史研究领域的主要关注点是东林书院与明季禁毁书院，涉及学术与政治的关系问题，而聚讼较多的是对张居正禁毁书院的评价与东林党两大问题。
    对张居正禁毁书院一事，历来毁誉不一，毁者自毁，誉者自誉，各有立场，也各有理由，可以置而不论，最近倒是有两种叙述方式值得引起注意。一是刘岐梅博士视张居正为王学的修正者而不是反对派，指王学末流讲学有四大弊端，张起而矫之，严禁那些违背阳明讲学宗旨、为自私自利之计的书院讲学，以统一思想，捍卫改革成果；并指张之修正和后来东林学派及王学内部刘宗周、黄宗羲之修正极为相似，同归由王返朱之途。(41) 王学修正者一说有些新意，但这样处理，让人觉得张居正之禁讲学似乎是为了王学的正统，且张居正似乎和东林书院成了同一条战线的战友。而要让人信服，似乎很难。二是邓志峰博士从晚明统治学说涵泳的君道与师道切入，将王门讲学运动和包括张居正禁学在内的所有对书院的禁毁，置于师道复兴和维持君道的维度考察，(42) 有独到见解，对我们思考学术与政治两者的关系颇有启发。
    对东林书院的争讼，起于樊树志先生《东林非党论》、(43) 《东林书院的实态分析--东林党质疑》(44) 二文。樊先生质疑的是学术界视东林书院为议政讲坛并称为东林党的传统观点，认为东林书院是学术机关，不是政治团体，更不是政党，东林党乃政敌之诬称，应将东林党界定为东林运动或东林学派。其立意在于将对东林书院的评价从偏重政治的旧习中拉回到学术的层面。(45) 但强调学术功用并不能否定其政治功用，李庆先生就质疑“东林非党论”，认为无论从东林人士自己的表述，还是他们在万历二三十年代及以后的实际活动来看，东林都明显是一个政治性的团体，也就是党，只是这个党是一个我国古代传统的朋党和现代政党之间的过渡阶段的党。(46) 2006年，张秉国博士征引实证，撰文质疑于樊、李二先生，认为东林党最先为政敌诬称，但东林人士并无组党意识，称之为党或政治团体均不恰当。东林书院在实质上是学术性团体，但并不排除议政的可能性。作为一个历史名词，其具体含义似不应用现代观念去界定。(47) 以上之再三质疑，实际上是一种视角的转换，更是讨论不断深入的体现，它使我们对书院讲学作用于晚明政治和学术之程度又有了更多一层的了解。