元明是方志的第三个发展时期。这个时期，方志一是从品类到形式比较齐全，比较定型；二是开始注意纠正其弊病，使之不断地提高。“统志创于元明，其体本于唐宋”（22）。元朝的《大元一统志》一千卷。它是在充分利用《元和郡县志》、《太平环宇记》、《元丰九域志》、《舆地纪胜》以及时人所修地方志乘和图册作为资料的基础上形成的，内容繁博，对于古今建置沿革、山川、古迹、人物、风俗、土产之类，罗列极为详备。可惜的是，自明中叶以后，世间无全书了。明朝有《大明一统志》。元明时，除统志和府州县志外，还出现了两省的总志，一省的通志，以及乡志和镇志。明代中叶，一些学者发现方志通患芜杂之病，于是起而矫之。康海作《武功县志》，仅三卷，二万余言。韩邦靖作《朝邑县志》，只有两卷，五千七百余言，用纸十六、七张。“志乘之简，无有过于此者”（23）。后人对康、韩之作议论纷纷，有称其好者，亦有道其劣者。章学诚批评得最为激烈，说他们不知史家的法度，“不解史学，又欲求异于人”，《武功志》“芜秽特甚”，《朝邑志》“疵谬百出”（24）。对方志的弊病作些改革，这是应该的，但矫枉过正，收效甚微。明代方志流传至今者亦不甚多，一个重要原因是清政府在编四库全书时，对明代方志选择非常严格，只收录几种，其余大量的被禁毁了。禁毁书籍之初，各省巡抚以方志为搜寻禁书的著述人住址的根据。乾隆四十四年，安徽巡抚闵鄂元上奏：“各省郡邑志书内，如有登载应销各书名目，及悖妄著述人诗文者，请一概俱行铲削”（25）。乾隆看到报告后，传谕各省督抚，将省府州县志书，悉心查核，凡涉及到清廷所不喜欢的人的生平事迹、著述、书目，以及明万历以前偶有辽东女真字样的地方志，统统列为禁毁。这是封建文化专制主义对方志的严重摧残。
    清代是方志发展的鼎盛时期。在清代，第一，方志更加普及，带有广泛性和普遍性。“至清则自省府州县而外，并乡镇亦多有志，开历代未有之记录。”（26）其中一些省府州县志，特别是不少私家著述，很有价值，出于官修之上，久为学者所公认。清政府非常重视修志。康熙十一年，诏谕各郡县分辑志书。雍正七年，为了修《大清一统志》，需要省志作资料，对各地“严谕促修，限期蒇事。”此后，各省分别纂修了《广东通志》、《畿辅通志》、《贵州通志》等十六种，均列入四库全书。雍正还颁发了各省府州县志要六十年一修的命令。乾嘉以后，方志更加受到重视。从清初到清末，旧志未湮，新志踵起，官修和私著达二、三千种，约五千六百一十五部，十万余卷。第二，对方志进行理论上的研究，在编纂的方法和资料的使用上具有一定的科学性、准确性。清代方志虽然在体例上仍仿自明，但更讲求编纂法式。“注意编纂的方法，实自乾隆中叶始。（27）”当时，焦循、李兆洛等人对修志体例作过专门的论述。谢蕴山纂《广西通志》时，首著叙例二十三则，编征晋、唐、宋、明诸志门类体例，舍短取长，说明因革之由。这样，他就比较早地认识到“修志为著述大业”，指出了方志的重要性和它应有的地位。因此，《广西通志》很受推崇，成为当时纂修省志的楷模。李文藻还强调方志的引征要绝对可信，因此，他编历城、诸城两志的时候，全书纂集的都是旧文，而自己不写一个字。这也为后来一些人修志所效仿。第三，章学诚创立历史学中的一门新学科--方志学。梁启超认为，“方志学之成立，实自实斋始也。”“能认识方志之真价值说明其真意义者莫如章实斋。”（28）这个看法是正确的。章学诚是清代著名的历史学家，他用毕生精力对方志进行了系统的研究，在《文史通义》一书中，对方志作了大量的论述。章学诚对方志学的贡献，一是确立了方志的概念。在章学诚之前，人们对方志存在着许多幼稚的、模糊的观念。章学诚明确指出，方志“其义”是“一方之全书”，“一国之史，无所不载”，这项工作“为外史所领”，其价值、作用和目的是“为一朝之史所取裁”。所以，“方志之与图经，其体裁截然不同”，方志不是单纯的地理书，不能把它与图经相混。他说：“若夫图经之用，乃是地理专门”，而把方志“误为地理图经，或等例于纂辑比类，失其义矣……乃于一方之全书，辄以地理图，经视之，非其质矣。”章学诚改造旧的方志观念，确立方志的新概念，不仅从理论上把方志从地理书中划分出来，使方志建立在科学的基础上，成为历史学一门新学科，而且，还直接影响了目录学，改变了过去目录家对方志非陋即略，目多以附地理，不独标一门的状况。方志的价值也更为学术界所公认，搜集者和研究者骤然增多了。二是明确了方志的编纂体例和内容。他明确的提出，凡欲经纪一方之文献，必立三家之学，“仿纪传正史之体而作志，仿律令典例之体而作掌故，仿文选文苑之体而作文征，三书相辅而行，阙一不可，合而为一尤不可也。”（29）这样，可以使“通志一部分纯为‘词尚体要’‘成一家言’之著作；掌故、文征两部分，则专以保存著述所需要资料。”（30）三是倡谕各州县要设立“志科”，成立纂修方志的专门班子。“志科”可以“使文献得有所典守而不坠”（31），史料能够随时积累，不断整理，妥善保存，从而提高纂修方志的质量。章学诚编修方志，以现代史料为主，著有《和州志》、《永清县志》、《毫州志》、《湖北通志》数种，体例和内容都是很精湛的。
    民国年间，军阀混战，国家不安宁，修志只是衍清代的余绪，时断时续地进行。一九二九年，国民党政府也曾普遍设馆，修了一些地方志。解放后，方志受到了重视。一九五六年全国第一届人大和一九五七年政协二届三次全体会议，都对编修方志问题作了讨论。与此同时，全国各地纷纷成立专门机构，编修新方志和革命斗争史。方志的挖掘、整理、研究和编修进入了一个新阶段。