第十一次为校《证类本草》：“（政和年间）命臣（即提举医学曹孝忠）校正而润色之……诸有援引误谬，则断以经传；字画鄙俚，则正以《字说》；余或讹戾淆互、缮录不当者，又复随笔刊正，无虑数千，遂完然为成书，凡六千余万言。”（注：《政和新修经史证类备用本草》书前序，见《四库全书·子部》。）此书上于政和六年九月。其校勘包括：1.改引语之误；2.正俗字；3.改错字。其纠错“无虑数千”，可谓成果斐然。
    第十二次为校《亢桑子》、《文子》：“政和七年八月一日，宣和殿大学士蔡攸言：‘……《亢桑子》、《文子》未闻颁行。乞取其书于秘书省，精加雠定，列于国子学之籍，与《庄》、《列》并行。’从之。”（注：《崇儒》四之十。）《亢桑子》又名《亢仓子》，“唐天宝元年，诏号《亢桑子》为《洞灵真经》”（注：《郡斋读书志》卷三上。）；《文子》又名《通玄真经》，二书于《四库总目》中皆入“子部·道家类”（见卷一四六），故此次校勘亦为校道家之书。
    最后一次为校《内经》：“（政和八年）五月十三日……诏太医学司业刘植、李庶通、元冲妙先生、张虚白充参校官，大素处士赵壬、明堂颁朔皇甫自收、黄次公、迪功郎龚璧、从事郎王尚充检讨官，上舍及第宋乔年、助教宋炳充检阅官。后又诏刑部尚书薛嗣昌充同详定官。”（注：《崇儒》四之十一。）本次校勘参加人数颇多，且注意任用有学术专长者。
    北宋中后期校集部书仅一次：“至天圣中，监三馆书籍刘荣超上言：‘李善《文选》……欲集国子监官校定净本，送三馆雕印。’从之。”（注：《崇儒》四之四。）至“天圣七年十一月板成，又命直讲黄鉴、公孙觉校对焉”（注：《崇儒》四之四。）。真宗时曾校过《文选》，后因“宫城火，二书（《文选》及《文苑英华》）皆烬”（注：《崇儒》四之四。），故有本次之校。
    此期综校四部之书有九次。第一次始于景祐元年：“闰六月，以三馆秘阁所藏，有缪滥不全之书，辛酉，命翰林学士张观、知制诰李淑、宋祁将馆阁正副本书看详，定其存废，伪谬重复并从删去；内有差漏者，令补写校对。仿《开元四部录》，约《国史艺文志》，著为目录，仍令翰林学士盛度等看详。”（注：《玉海》卷五二。又见《长编》卷一一四，景祐元年闰六月辛酉条。）
    不难看出，这是一次大型综合性整理活动，包括：1.确定各书之存废，删伪去重；2.补写校对；3.编制新目录；4.全面审定。其结果为：“（景祐）二年，上经史八千四百二十五卷。”（注：《玉海》卷五二。）“（景祐三年十月）乙丑，御崇政殿，观三馆秘阁新校两库子集书凡万二千余卷，赐校勘官并管勾使臣、书写吏器币有差。”（注：《长编》卷一一九。）此后校雠工作仍在继续：“（景祐）三年十月甲寅，以知制诰王举正看详、编排三馆秘阁书籍。自是常于内外制中选官充是职。”（注：《玉海》卷五二。又见《麟台》卷二。）且“诏求逸书，复以书有谬滥不全，使命定其存废”（注：《玉海》卷五二。）。而目录进呈时间为：“（庆历元年上十二月）己丑，翰林学士王尧臣等上新修《崇文总目》六十卷。”（注：《长编》卷一三四。）自景祐元年至《总目》上进，整理活动持续十年有余（注：前述校《孟子》和校前四史、《晋书》两次，时间上一为景祐二年九月至三年，一为元年九月至三年，皆在本次校理四库书的时间范围之内。然本次为一般性的编校四馆之书，其中校经史之书八千余卷仅历时一年零四个月；而校《孟子》和前车史等则为别下诏书、专门校勘的，故本文于计次数时分别计之。）。
    第二次为嘉祐编定书籍：“嘉祐四年二月〈丁丑〉置馆阁编定书籍官，以秘阁校理蔡抗、陈襄、集贤校理苏颂、馆阁校勘陈绎，分史馆、昭文馆、集贤院、秘阁而编定之。”（注：《玉海》卷五二。其中尖括号内原文为小字，下同。）“六月己巳，又益编校官，每馆二员。”（注：《玉海》卷五二。）参加者还有：“以太子中允王陶、大理评事赵彦若编校昭文馆书籍，国子博士付卞编校集贤院书籍，杭州于潜县令孙洙编校秘阁书籍。其后又以太平州司法参军曾巩编校史馆书籍。”（注：《四库全书》本《麟台》卷二。）至“六年十二月辛丑，三馆秘阁上写黄本书六千四百九十六卷，补白本书二千〈一云一千〉九百五十四卷。二十二日壬寅，遣中使诏中书枢密院合三馆秘阁官属四十一人赐宴，以嘉其勤”（注：《玉海》卷五二。）。可知参与者至少有41人。此后编校工作仍在继续：“七年三月辛酉，诏参知政事欧阳修提举三馆秘阁写校书籍，仍诏两制看详天下所献遗书。六月丁亥，秘阁上补写御览书籍。”（注：《玉海》卷五二。）“十二月，诏以所写黄本一万六百五十九卷、黄本印书四千七百三十四卷，悉送昭文馆。”（注：《玉海》卷五二。）
    这次编定群书值得注意之处为：“六年六月，开献书之路，诏诸道搜访。《中兴书目》有《嘉祐搜访阙书目》一卷，首载六年六月求遗书诏书。”（注：《玉海》卷五二。）即为整理政府藏书，特别编制搜访书目，到各道访求。
    这次整理的结束时间，《长编》卷二六○载：“（熙宁八年二月四日）丙寅……赐馆阁校勘林希、集贤校理梁焘银绢各三十匹两，以编校四馆书籍毕也。”而且似唯恐人不知，下面特以小字指明：“嘉祐四年二月丁丑，初编校四馆书。”（注：《玉海》卷五二所载编校开始时间与此处完全一致。而《长编》卷一八九嘉祐四年六月己巳条下云：“馆阁编校书籍自此始。”与卷二六○矛盾，疑有误。又《玉海》卷五二载：“以校勘功毕，明年（指嘉祐八年）遂罢局”，但又以小字标明：“或云：……熙宁中罢局。”《崇儒》四之九亦为两个时间并存。而此处上文有六年六月才发求遗书诏书，若八年即罢局，于情理亦不合，故本文从《长编》卷二六○。）即此次编校群书，历时达十七年之久（注：本次校理群书在时间上涵盖了上文所述的校兵书与校七史，而本文仍分别计次。请参见注①。下同。）。