“西学源出中国”说日益弥漫与士大夫西学观念的倒退，在中国科技界思想界产生了严重的后果：
    首先，钝化和消弭了西法所带有的启迪新思的锋芒，麻痹了封建士大夫从西法中捕抓世界科学发展的信息的自觉。他们贬低以至于否定西学，却付出了自外于世界科技发展主潮陷于孤陋寡闻的昂贵代价。哥白尼学说在中国的命运即是一例。哥白尼学说在创立二百多年之后，在中国不得传播，首先固然当归咎传教士的有意作梗，但封建士大夫排斥西学的心理，也无异作茧自缚。1760年，法人蒋友仁向乾隆进献《坤舆全图》，时已指明哥白尼学说的正确性，并且介绍了刻卜勒三定律和地球为椭圆形等欧洲天文学的最新发展，但不被重视。该图及两件仪器被封入宫内，无人问津。只是三、四十年后，钱大昕才奉命将《坤舆全图》加文字润色并定名为《地球图说》。他在《与戴东原书》中说，“本轮、均轮本是假象，今已置之不用，而别创一椭圆之率。但使缠离交食推算与测验相准，则言大小轮可，言椭圆也可”。（注：《潜研堂文集》卷32，商务印书馆，1929年。）对此重大的科学成就，他取实用主义的态度，漠然处之。时乾隆命钱进一步探询日心说，结果却是“终疑其说，勿用（注：《郭嵩焘日记》第1卷，第26页，湖南人民出版社，1981年。）”。阮元更对日心说大加讨伐，以为“其说至于上下易位，动静倒置，则离经畔道，不可为训，因未有若是甚焉者也”。（注：《畴人传·蒋友仁传》。）“学者不必喜其新而宗之（注：《地球图说序》，见《文艺楼丛书》。）”。他还进一步发挥自己见解说，天道精微，并无规律可循。古人只讲所当然，不讲其所以然，正是古人立言之慎重。西人先主地圆说和地心说，今复倡椭圆说和日心说，是在故弄玄虚。一种学说创立才及百年，而其结论屡变，何时是了。还是只言其当然，不言其所以然者为终古无弊（注：《畴人传·蒋友仁传》。）。他不仅否定哥白尼的学说，且抱残守缺，否定了科学发展的必然性和必要性。
    其次，西学观念的倒退导致的直接恶果，是科学界出现的复古倾向。我国的数学研究，从明末到乾隆前期，大致有两种体系，一是研究传统的《九章算法》的体系，一是研究《几何原本》等从西方传来的初等数学体系。但从乾隆中期到鸦片战争前夕，科学界的注意力都转到了对传统数学的挖掘和校勘上，西方数学的输入和研究中断了。后一种体系被纳入了第一种体系之中。中国科学界原有的少许探求西学新知的活力，复溶化于传统的冰水之中。数学家罗士琳研究方向的改易，可以看作是科技界复古倾向中的一个有代表性的事例。他年轻时“顾习西法，几以比例、借根为止境”，是追求西学的。但后来受同乡阮元影响，相信倡明古法就能使“中学兴而西人退（注：罗士琳《割图密率·捷法跋》，《清儒学案》卷151。）”，于是“幡然改辙，尽废其少壮所业，殚精乎天元四元之术，……墨守终老，惟以兴复古学，昌明中法为宗旨（注：诸可宝：《畴人传三编》，“罗士琳传”，上海玑衡堂石印，光绪22年。）”。科学的生命在于开拓进取，守成怀旧是其天敌。从这个意义上说，其时科技界不是透过西法向前看，开拓未来，而是附会西法向后看，追溯过往，倡明古学，是中国科学发展的真正悲剧。这样说并不否定此期罗士琳等人对古学的研究也自有创获，但他们的研究成果毕竟等而下之，远远地落到了西方已有成果的后面。因之不能不说，西学观念的倒退，是此期科学发展停滞不前的一个重要原因。
    “西学源出中国”说所以风行一时，又非偶然，它反映了其时社会文化的心态。
    其一，它适应了清朝统治者“天朝大国”的虚骄心理和维持正统观念的政治需要。
    清初诸帝较前代帝王具有更加强烈的“天朝大国”的虚骄心理和正统的观念。这只要看看乾隆《敕谕英王》怎样充满着“万国之主”、“君临万邦”的口吻就够了。康熙颇重西法，但耐人寻味的是，“西学源出中国”说恰恰是在他的授意下出现的。梅文鼎自己说得清楚，康熙授其借根法，有谕曰“西洋人名此书为阿尔热八达，译言东来法也”，梅心领神会附会出西人借根法窃自元李治天元一法的说法，首先为译名找到了“根据”。是说既起，康熙复据此加以倡导，他说：“论者以古法今法之不同，深不知历源。源出自中国，传及于极西。西人守之不失，测量不已，岁岁增修，所以得其差分之精密，非有他术也（注：《康熙政要》卷18。）”。乾隆对此也津津乐道：“西法何自仿乎，曰周髀。何以知其然也，曰周髀者，盖天也。盖天之学始立勾股，勾股者西法所谓三角也（注：诸可宝：《畴人传三编》卷1。）”。他们何以乐此不疲？个中原因即在于“西学源出中国”说有助于维护自己“君临万邦”的正统观念。由此亦不难理解《四库全书总目》何以强调既经圣祖手，中西两法归一了：“圣祖仁皇帝御制数理精蕴诸书，妙契天元，精研化本，于中西两法权衡归一，垂范亿年（注：《四库全书总目》，卷106，天文算法类一。）”。“洵乎大圣人之制作，万世无出其范围者矣（注：《四库全书总目》，卷106，天文算法类一，《御定历象考成》条。）”。宣告终极真理，不仅抹杀了科学的发展，更主要是使中西学重新归于天朝圣君一统之下，虚骄心理得到了满足。
    清初几个帝王一脉相承，都对西学采取了不同程度的限制政策。康熙一向被认为是爱西学的明君，实则不太全面，他还有限制西学的一面。康熙的本末观从来都是明确的。他认为理学是本，器数之学只能是末。他要求臣下当守根本，“非泛骛于器数之末，为支离无本之学（注：《圣祖仁皇帝圣训》卷5，见《十朝圣训》（康熙朝）。）”。从根本上讲，康熙并不偏爱西学，其朝西士虽多，但“朝廷制度森严，无敢与之交结（注：金安清：《水窗春呓》卷下，“中外通商”。）”。梅文鼎等畴人供奉内廷，康熙能将借根法交其习之，却不愿让他们与西士抵掌砌磋。清初终不见类似明末徐光启、李之藻与利玛窦诸人自由往来合作译书之事，良可深思。其子孙又逊一筹。乾隆恶西器“淫巧”，“尝禁其入贡（注：昭连：《啸亭续录》卷2，扫叶山房石印，1901年。）”。乾隆敕修的《四库全书总目》贬西学为“异学”，将《西学凡》一书“存其目于杂家”，虽“著于录而辟斥之（注：《四库全书总目》，卷125，杂家类存目二，《西学凡》条。）”。以官方的身份否定了西学为“学”的资格。嘉庆又等而下之，“不识西士，不爱西学，不喜西艺（注：圣教杂志社编：《天主教传入中国概观》，第42页，台北文海出版社，1971年。）”。他在上谕中，更要求官民禁绝西器：“朕从来不贵珍奇，不爱玩好，乃天性所禀，非骄情虚饰。……至于钟表，不过为考察时辰之用，小民无此物者甚多，又何曾废其晓起晚息之恒业乎？尚有自鸣钟等物，更如粪土矣。当知此意，勿令外夷巧取，渐希淳朴之俗。”（注：《清仁宗实录》卷329，嘉庆21年7月。）嘉庆17年，钦天监西士最终被逐，沟通中西文化的唯一渠道阻绝了。
    其二，西学观念的倒退，又是与其时崇古的社会风气相通的。乾嘉汉学兴盛，人人以谈经名高，考据风炽，形成了尚古的社会风气。这不能不影响到科技界。汉学家为治经的需要，多重视古代天文算学古籍的收集。明清之际，古代算学名著极少流传，康熙朝辑成《古今图书集成》，虽内容宏富，但有关算学古籍甚少，仅有《周髀算经》等四种共16卷。迨《四库全书》编辑，汉学家多参此役，如戴震、李潢、庄存与、陈际新等皆懂数学，收集算学古籍不遗余力。与《古今图书集成》较，《四库全书》所收的算学古籍数量大增。仅其子部“算书之属”，所收即达25部，共207卷。其中包括唐末以前算书10部、宋元3部、明代4部。同时，清廷还印行了《武英殿聚珍版丛书》一套，其中有算书7种，计百卷。这些巨型丛书的编辑，对传统天文算学的的发掘和研究自然是有益的；但问题在于，汉学家辑校古算经的本意不在算学的研究，而在于经学考据。戴震特别申明：“六书、九数等事，如轿夫然，所以舁轿中人也，以六书、九数等书尽我，是犹误认轿夫为轿中人也（注：段玉裁：《戴东原集序》，见《戴震集》，中华书局，1980年。）”。古算经是辑校出来了，但慕古相尚的汉学家习气也浸润了畴人界。钱大昕批评西法说：“西人之术，止实测于今，不复远稽于古（注：金兆梓：《近代中国文化鸟瞰》，《新中华杂志》第1卷第1期。）”。在尚古的社会氛围下，辑校古算经的戴震被认为是倡明绝学的功臣，而自薄俸，养工匠，制仪器，从事实测的张作楠，则被目为“算胥”。孔继涵在《算经十书序》中写道：“胥不能稍出《九章》范围焉，呜呼！九数之作非圣人孰能为之哉！”（注：孔继涵：《算经十书序》，光绪16年刻本。）阮元则号召人们向后看：“学者苟能综二千年来相传之步算之书，一一取而研究之，则知吾中土之法之精妙，有非西人所能及者。彼不读古书，谬言西法胜于中法，是盖但知西法而已，安知所谓古法哉！”（注：《畴人传·利玛窦。）“西学源出中国”说正与信古的社会风气一脉相承，而大量古算经的倡明，一时又为畴人们的探古揽胜提供了适当的天地。于是乎，畴人们纷纷转向了。他们在“兴中学退西人”的标榜下，自觉不自觉地又把自己的工作看成了“治经之助”。（注：邹伯奇：《学计一得·自序》，见《邹徵君遗书》。）畴人追随汉学家，算学成经学奴婢。西学观念倒退了，独立的科学精神也在浓重的慕古风尚中飘散了。
    由是，封建君臣如同井底之蛙，愈益夜郎自大。迄鸦片战争前夕，封建士大夫一直陶醉在天朝大国的虚骄中，除了少数畴人还时常拨弄几条早已过时的西术作为自己咀嚼古学的调料外，整个社会视西人为蛮夷，不承认他们有任何长处值得一顾。西学观念的火花息灭了。只有到了西方侵略者的大炮已在天朝呼啸，士大夫中才有少数姣姣者起而重新加以点燃。