考据学以经、史为主要研究对象。清儒考证经、史首先从音韵、训诂入手，重视字的音形义，重视名物制度的考释，重视三代史实的考辨。清代考据学在方法上不但重视本证，还特别重视他证和旁证。而对于六经来讲，只有先秦子书与其时代相当，也惟有其时代相当，因此子书在字的音形义上，在所涉及的名物制度上，在所记载的史实上，与六经中的内容有更多可以相互比照的地方。正是由于先秦子书与六经有许多这样的关联之处，所以清儒在治汉学时特别重视运用以子证经、史的方法。正如罗焌所说：“以古诸子书，关联经传，可以佐证事实，可以校订脱讹，可以旁通音训。故乾嘉以还学者，皆留意子书，用为治经之功。”（注：罗焌《诸子学述》，岳麓出版社1995年版。）
    一、考据方法的完善
    清代考据学非常重视博学兼采，无论吴派、皖派，还是扬州学派，在治学时虽然侧重不同，但是都兼及经史子集。考据学的先驱顾炎武便主张博学于文，多学而识。他对诸子百家学就颇为重视，他说：“子书自孟荀之外，如老、庄、管、商、申、韩，皆自成一家言。至《吕氏春秋》、《淮南子》，则不能自成，故取诸子之言汇而为书，此子书之一变也。”（注：《日知录》卷一九《著书之难》，《立言不为一时》。）顾炎武对能立一家之言的先秦子书颇为欣赏，并特别强调立言的重要，他说：“有其识者不必遭其时，而当其时者或无其识，然则开物之功，立言之用，其可少哉！”（注：《日知录》卷一九《著书之难》，《立言不为一时》。）乾嘉学者更是以博学为先。如惠栋，博览群书，“著书之暇，取诸子百家凡象纬、舆地、六书、训诂、方言、风俗、姓氏、谱牒、金石文字、算术、历律之学有足翼经传、发明注疏者，随笔摘记，莫不穷源竟委，曲证旁通，以为后学津梁。”（注：惠栋《松崖笔记》翁广平序。）乾嘉学者大都主张博学通贯，多闻多识，对诸子百家的涉猎即是其中之一。这种博涉兼采的学风是明末以来古学风气的继续和发展，当然，乾嘉学者的博学兼采与明清之际的博学风气已经有所区别，如果说明清之际多注重思想的融会贯通，那么乾嘉时期更注重方法上的广泛涉猎。具体在涉及先秦诸子时，明清之际多张扬“经子平等”、“各周于用”（注：傅山反对儒学独尊，更反对将诸子学说斥为异端，他说：“经子之争亦末矣。只因儒者知六经之名，遂以为子不如经之尊，习见之弊可知。”见《霜红龛集》卷三八。李贽认为诸子学说“要皆有一定之学术，非苟苟者”，而且“各周于用，总足办事”。见《焚书·孔明为后主写申韩管子六韬》。）等具有理性批判的思想，而乾嘉时期对诸子的涉猎则主要表现为在以子证经中的运用。
    乾嘉考据学还特别重视实事求是、无征不信的求证方法，凡立一义，必广征博引，而且以古为尚。求证时不但要有本证，而且注重他证或旁证。顾炎武在《音论》中说：“列本证、旁证二条。本证者，诗自相证也。旁证者，采自他书也。”（注：《音论》，见《音学五书》，中华书局1982年版。）顾炎武所开创的这种研究法为后世乾嘉诸儒所继承。王引之论钱大昕时说：“古之治经与史者，每博求之方言、地志、律象、度数，证之诸子、传记以发其旨。自讲章时艺盛行，兹学不传久矣。国初诸儒起而振之，若昆山顾氏、宣城梅氏、太原阎氏、婺源江氏、元和惠氏，其学皆实事求是。”（注：王引之《王文简公文集》卷四《詹事府少詹事钱先生神道碑铭》。）正如王引之所言，清代考据学家在研治经史时，莫不博求广证，“证之诸子”，“以发其旨”。焦循也大力提倡考据学以诸经为宗，博引诸子百家等各种学说为旁证，他说：“经学者，以经文为主，以百家子史、天文术算、阴阳五行、六书七音等为之辅，汇而通之，析而辨之，求其训诂，核其制度，明其道义。”（注：焦循《雕菰楼集》卷八《辨学》。）在考据学这种博征庞引方法的指导下，先秦诸子以其时代与六经的相近而倍受关注。
    治学兼及诸子百家，并不是清儒独有的特色，历代大学者多有此称。而且利用先秦诸子考证经、史的做法，也并非肇始于清代考据学。但用清代考据学形成以前，以子证经史并没有成为一种系统的考证法，而且利用者也不广泛。清代则不同，从清初顾炎武到清末俞樾，清儒在考证经史中都非常注重利用先秦诸子材料。以至于清末学者明确提出了“以子证经”的方法。张之洞在《輶轩语》中说：“读子为通经。”并自注：“以子证经，汉王仲任已发此义。”又进一步说：“子有益于经者三：一证佐事实；一证补诸经伪文、佚文；一兼通古训、古音韵。”（注：《輶轩语》一，见《张之洞全集》第十二册，河北人民出版社1998年版。）藏书家叶德辉在总结证经的方法时说“经有六证”，其中之一便是“以子证经”。他还进一步解释说：“以子证经，诸子皆六艺之支流，其学多于七十子。周秦两汉九流分驰，诸儒往往摭其书之遗言，以发明诸经之古学。今试举其书论之……《韩非子》、《淮南子》为《春秋左氏》义，《白虎通德论》为《春秋》礼义，《荀子》、蔡邕《独断》为《礼》义。此其彰明较著者。至《墨子》有《古尚书》、有《百国春秋》，《管子》有《周礼》遗法，《淮南子》有九师《易》义，是又在读者善为沟通，而无用其比较已。”（注：徐珂编《清稗类钞》第八册，“经术类”，“经有六证”。）张之洞、叶德辉的总结可以说是清儒考证方法的直接提炼。
    清代考据学中以子证经、史方法的形成，有一个重要的缘起，即求六经之本旨。清儒以恢复六经之本原为务，而要求得孔孟真解，就必须剔除前人的妄解与附会。先是弃明而复宋、唐，接着又越唐、宋而求之于汉、魏，后来又进一步，而求之于先秦。可以说，清儒在解经中选取材料的倾向是以古为尚的，正如胡承珙所言：“以秦人而视三代，犹邑人也；以汉视秦，则州人矣，然则较唐宋以后，不啻其在数千里之外者，则州人犹为近之。是故篇章大义，风喻微言，《传》之于《经》，《笺》之于《传》，离合之间，同异之际，求而不得当，则证之他经，又不得则证之以秦汉古书，往往有晻然合符、涣然冰释者。”（注：胡承珙《求是堂文集》卷三《答陈硕甫明经书》。）又如俞樾说：“西汉经师之绪论，已可宝贵，况又在其前欤？”（注：《诸子平议·序》。）在这种追求本原的观念下，清儒以恢复古训、古音为务，而要求得古训、古音，单单利用经传本身是不够的。先秦子书与六经在形成的时间上最为接近，在所涉及的内容上也多有关联。所以，清儒在利用经传的本证之余，特别重视使用以子证经、史的旁证法。