1937年8月，国民党曾筹设“陆海军大元帅大本营”，但蒋介石考虑到中国尚未对日宣战，遂将该议搁置。9月17日，国民党中央常务委员会第51次会议决议：由军事委员会委员长行使海陆空最高统帅权，并授权委员长对于党政统一指挥。据此，军事委员会成为具有大本营之实的最高指挥机关。（注：周美华编：《国民政府军政组织史料--军事委员会》，第1册，（台北）“国史馆”1996年印行，第8页。）1938年1月10日，在国防最高会议第42次常务会议上通过修正《军事委员会组织大纲》，称“国民政府为战时统辖全国军民作战便利起见，特设军事委员会直隶国民政府，并授权委员长执行国民政府组织法第三条所规定之职权。”（注：《国民政府军政组织史料--军事委员会》，第1册，第78页。国民政府组织法第3条为：国民政府统率陆海空军。见：《国民党政府政治制度档案史料选编》，上册，第110页。）但是蒋介石以军事委员会委员长身份成为国家之最高统帅，并未获得举国认同，只有通过国民党全国代表大会的决议，确认他为全党领袖，才能建立他在国民党党内的绝对权威。
        1938年3月29日，国民党于武汉召开临时全国代表大会，会上通过之《抗战建国纲领》总则规定：“全国抗战力量应在本党及蒋委员长领导之下，集中全力，奋励迈进。”临全大会确立了总裁制，蒋介石当选为国民党总裁。（注：对此蒋介石本人认为“此时设立总裁，至少可表示本党不妥协之决心，与敌以精神上之打击，为抗战与党国前途计则有益，为个人计则有损也。”引自（台北）“国史馆”藏大溪档案文物图书《蒋介石事略》，1938年3月28日。）临全大会决议中规定总裁可“代行总理职权”，刻意将蒋介石的领袖地位与孙中山相提并论，希望全党、全国能象以往服从孙中山一样听命于蒋介石。由此，蒋介石在法理上完成了党政军大权之一统。1938年12月，汪精卫叛变投日，1939年1月1日，国民党中常会临时会议决议将汪永远开除党籍，撤销其一切职务。汪精卫的暴露一度使国民政府陷入很大的被动，但却使蒋介石的领袖地位更加巩固。
        为适应长期抗战之需要，1939年1月，国民党五届五中全会决议改组国防最高会议为国防最高委员会，以国民党总裁为委员长--鉴于汪精卫已叛变，不再设副职，以政、军部长以上首长为委员，代行中政会职权，成为战时统一指挥党政军的权力枢纽。国防最高委员会设置的宗旨与目的，在于“集中力量，增进效率”，希望“组成中央党政军统一指挥之机构，使全国党政工作，得与军事相切合，以收共同行动之效，……以统一党政军之指挥。”国防最高委员会委员长拥有紧急处分权，“对于党政军一切事务，得不依平时程序，以命令为便宜之措施”。（注：中国国民党中央委员会党史委员会影印发行：《国防最高委员会常务会议纪录》，（台北）近代中国1995年版，第1册，序言。）蒋委员长的权力变得空前之大。
        1941年12月23日，蒋介石以国民党总裁身份向五届九中全会提出，调任外交部长郭泰祺任国防最高委员会外交专门委员会主任委员，由宋子文继任外交部长。27日，国民政府颁发命令“特任宋子文为外交部长”。在“外交部长宋子文未到任以前，特派行政院院长蒋中正兼理外交部部长职务。”（注：《国民政府公报》，渝字第426号，1941年12月27日。）29日，蒋介石致电宋子文称，因孔祥熙患伤寒：“故财政、外交皆由中亲自主持。”（注：秦孝仪主编：《中华民国重要史料初编--对日抗战时期》，第3编《战时外交》，第1册，（以下简称《初编·战时外交》），（台北）国国民党中央党史委员会1981年版，第325-326页。）由此，在中国外交体制中出现前所未有之局面，蒋介石既是中国外交的最高决策者，同时兼代执行机构的最高长官，外交行政大显畸形。
        1943年8月1日，国民政府主席林森病逝。8月2日，蒋介石便提出继任主席人选问题。国民党中常会召集临时会议，蒋介石以行政院长身份代理国民政府主席。（注：1938年1月1日，蒋介石辞去行政院长职，国民党中常会第62次会议选任孔祥熙和张群分任行政院正、副院。1939年11月20日，五届六中全会议定蒋介石兼任行政院长，以孔祥熙副之。）9月10，国民党五届十一中全会重新修正《国民政府组织法》，规定国民政府主席是“中华民国元首，对外代表中华民国。国民政府主席为海、陆、空军大元帅。”国民政府主席对中执会负责，有权提名国民政府委员人选，五院院长对国民政府主席负责。9月13日，蒋介石正式当选为国民政府主席兼行政院长。（注：荣孟源：《中国国民党历次代表大会及中央全会资料》，下册，光明日报出版社1985年版，第851-852,861页。）蒋介石继1931年12月辞去国民政府主席一职后，再度出任主席，由此改变了林森任主席近13年间的虚位元首制。蒋介石不仅仅是集权者，也成为了中华民国的国家元首，得以“对内对外代表国民政府。”由国际法的角度而言，蒋介石既是中华民国的国家元首又是政府首脑，在对外关系上不仅可以代表中华民国，还可以直接“与外国政府进行谈判，出席国际会议，签订条约”，“而无需出示全权证书”。（注：王铁崖：《国际法》，法律出版社1995年版，第363页。）1943年12月，蒋介石正是以中华民国国家元首的身份出席中、美、英三国元首齐聚的开罗会议，为中国跨入四大国的行列奠定了基础。
        及此，抗战时期的蒋介石几乎成了国民党和国民政府一切最高权力的总和。战前，国民党还需要汪精卫出任中政会主席，来平衡党内的力量对比；但随着战事的逐步演进和汪精卫集团的叛变投敌，国民党政府迫切地需要选择一个铁腕来指挥抗战--无论是军事战还是外交战，也需要制造一个爱国英雄似的领袖来统帅军民。其实“造神”运动早在战前已经由蓝衣社发起，该社的纲领公然宣称：蒋介石“是国民党的唯一领袖也是中国唯一的伟大领袖；因此，党员必须绝对支持他，只听从他的命令，以他的意志为自己的意志。”（注：（美）易劳逸著，陈谦平、陈红民等译，钱乘旦校：《1927-1937年国民党统治下的中国：流产的革命》，中国青年出版社1992年版，第56页。）大战的集权需要恰恰迎合了蒋介石的独裁意志，他便被塑造成对一切事物拥有最终裁决权的“唯一的伟大领袖”。
        1937年9月，蒋介石以军事委员会委员长身份当选为国防最高会议主席；1938年3月，在国民党临全大会上当选国民党总裁；1939年1月，以总裁而任国防最高委员会委员长，2月20日，兼任国民参政会议长；1941年12月，他由行政院长兼外交部长；1943年8月，以行政院长代理国民政府主席；9月，正式出任国府主席，兼任行政院长和陆海空三军大元帅。显然，战时的集权体制并非一蹴而就，国民党选择它的最高领袖需要一个过程。南京国民政府成立以后，一直致力于建立一种有效的政府机制，但这种努力直到战争爆发都未见太大成效。战争使完善政府机制的需求变得更为迫切，越来越多的人对西方民主在中国的尝试感到失望，转而寻找并乐于接受一个新式的独裁领袖，历史选择了蒋介石。