但是在运用此一框架时，亦存在一些问题。如在商会与“行会”的区别问题上，一些论者的论断不是基于充分的个案研究基础上，而是套用先验的“行会论”，或机械地理解“现代化”理论，所得结论便无法立足。批评者认为：会馆公所与商会并无本质的区别，认为商人团体由会馆公所到商会是一种单线的进化，便无法解释诸多与此相悖的历史现象（注：参见邱澎生《商人团体与社会变迁：清代苏州的会馆公所与商会》，112页；范金民：《明清江南商业的发展》，273页。）。
        一些论者喜欢从结构上来分析商会的“现代化”与“传统性”。白吉尔、陈来幸先提出1920年上海总商会的人事变动意味着现代化的“新式企业家”取代了旧式的士绅集团的地位（注：参见Marie-Claire Bergère.The Golden Age of the ChineseBourgeoisie,1911-1937,pp.135-139；陈来幸《“五四”运动后上海商界之革新潮流（1919-1923）》，《对外经济关系与中国近代化》，华中师范大学出版社，1990年，286-303页。）。后来徐鼎新又再三强调并深化了此一观点，认为这次革新标志着上海总商会“从绅商时代走向了企业家时代”，亦是上海总商会顺应经济近代化的要求而重塑面貌的表现。有论者根据无锡的例子亦得到类似的看法（注：徐鼎新：《从绅商时代走向企业家时代--近代化进程中的上海总商会》，《近代史研究》1991年4期；《上海总商会研究》，243-252页；汤可可、蒋伟新，前引文。）。
        论者讨论最多的则是商会政治活动方面的“现代化”表征，尤其是“政治民主化”。以此出发，论者可能对商会的“民主性”、“政治参政意识”等特别予以关注。但是，正如有的批评者所指出的，商会的民主性其实非常有限，尤其章程文字中规定的“民主”有时并不能反映运作的实质（注：邱澎生：《商人团体与社会变迁：清代苏州的会馆公所与商会》，111页；黄福才、李永乐，前引文，65页。）。而且，现代化是一个包容甚广的概念，不仅包括政治现代化，亦同时包括经济现代化、社会现代化、人的现代化等等（注：参见马敏《过渡形态》，225页。）。对商会而言，如果要把它与现代化挂起钩，那么更明显的联系应在于经济现代化，尤其是商会与各种商业制度的嬗变、与市场体系发展、农业商品化的联系等等。但是这些方面仍缺乏深入的研究。
        不过，现代化框架发展到现在，已渐趋成熟。商会史论者已很少有人把“现代”与“传统”二者简单地对立，而更多地是强调二者的融和，这从许多论者的近著中均可看到。
        3.独立还是依附：公共领域／市民社会的框架（注：公共领域与市民社会是两个不同的概念。但由于近年来学界在讨论时，常将这两个概念连在一起使用，而一些以商会为对象的实证研究，亦未做明晰的区分，所以笔者姑且将此种研究路径名之为“公共领域／市民社会的框架”。）
        公共领域（public sphere）与市民社会（private society）是近年来国内学界新引入的理论概念。将public sphere一词应用到中国近代史研究，并与商会联系起来，最早是由美国学者萧邦齐（R.Keith Schoppa）首创（注：Keith Schoppa,Chinese Elite and Political Change:Zhejiang Province in the Early Twentieth Century （Cambridge,Mass.and London:Havard University Press,1982）。pp.5-7.）。后斯特朗（David Strand）又在其讨论北京人力车的专书中更直接将商会当成是中国公共领域的组成部分（注：David Strand,Rickshaw Beijing:City People and Politics in the 1920s （Berkeley:California University Press,1989），p.168.转引自张志东前引文，70页。）。但将这两个概念运用到中国近代史研究是否恰当，在北美史学界曾有过激烈的争论（注：参见陈永明《“公共空间”及“公民社会”--北美中国社会史的辩论》，《近代中国史研究通讯》（台北）20期，90-97页；黄宗智《中国的“公共领域”与“市民社会”--国家与社会间的三领域》；魏斐德（Frederic Wakeman）《市民社会与公共领域问题的论争》；罗威廉（William T.Rowe）《晚清帝国的“市民社会”问题》。以上三篇原载Modern China,April,1993。邓正来、〔英〕J.C.亚历山大编《国家与市民社会--一种社会理论的研究路径》，中央编译出版社，1999年，371-443页。）。
        国内学者较早使用公共领域概念来研究商会的是马敏和朱英。1993年，他们即在其关于晚清苏州商会的合著中提出“在野市政权力网络”的概念，认为这种网络具有“潜在的地方自治政府”、独立社会“的发展倾向（注：马敏、朱英：《传统与近代的二重变奏》，115、121页；又参见马敏《过渡形态》，173页。）。进一步，他们又提出“市民社会雏形说”，并将以自治公所为主轴的上海模式与以商会为中枢的苏州模式做了一定的区分（注：马敏：《官商之间：社会剧变中的近代绅商》，天津人民出版社，1995年，281-292页；朱英：《关于晚清市民社会研究的思考》，《历史研究》1996年4期；又参见马敏《试论晚清绅商与商会的关系》，98页。）。1997年，朱英更依据市民社会理论著成专书，用社会／国家的概念框架来阐释商会与政府间的关系（注：朱英：《转型时期的社会与国家》。）。他认为，在清末民初的中国最具有市民社会特征的组织就是商会，具体反映在独立自治、契约规则与民主制度三个方面（注：朱英：《转型时期的社会与国家》，112-113页。）。此外，王笛亦曾借用公共领域的概念，对商会与其他公共组织进行考察，认为20世纪初成都公共领域的扩张与国家同地方士绅的合作紧密联系在一起。这从商会的建立以及城仓的出现均可明显看出（注：王笛：《晚清长江上游地区公共领域的发展》，《历史研究》1996年1期。）。