章开沅先生曾指出：对于真正的历史科学来说，单纯从一般理论上进行演绎推导是无济于事的，必须从历史实际出发，在大量可靠的史料基础上进行科学的分析与综合，才有可能获得比较切近客观实际的理论概括（注：章开沅：《辛亥前后史事论丛》，38页。）。对商会史研究而言，尤其是要避免这种有意无意的演绎推导的误区。
        3.“理想范型”与价值判断
        笔者在此使用“理想范型”一词，主要指论者在具体研究还未开始前，心中即已存在的一个“理想影子”，并准备将其投射到现实研究对象身上。这个“理想影子”可能来自意识形态的演绎，亦可能来自于对某个特殊对象的“理想化”（通过“典型”证据的合成）。
        如一些论者把1927年前带浓厚“自治”色彩的商会尤其是上海总商会等活跃商会视做“理想范型”，并以此为标准来衡量此后的商会，从而得出“衰落”等价值性的判断。
        一个组织如何运作，仅从条文、报告或者个别的“非常之举”，未必能窥测其真相。章程的规定有时出自官方的法令，或者代表一定的理想，但是到具体操作时，“乡党意识”、“私利工具”、“权力租让”也许会成为可能。条文背后的“利”与“情”有时可能起到更重要的决定作用。否则便无法解释为什么那么多的地方商会，多为“寡头式”统治（注：黄福才、李永乐举出一些地方商会的实际例子来说明商会的行为往往与章程不甚一致，商会选举时难以做到民主。参见黄、李前引文，65-66页。）。而“非常之举”皆有非常之因，我们应考虑行动背后更为复杂的背景与动机（注：如商会史论者多以1905年的“抵制美货运动”为例证明商会成立后“资产阶级”民族观念及政治意识的进步。但是王冠华的研究提醒我们，除民族主义情绪的高涨外，其他如政府的默许、乡情的考虑、中国商人与外人抗争的传统、商人对运动规模的低估等可能均是影响商人决定的因素。参见王冠华《爱国运动中的“合理”私利：1905年抵货运动夭折的原因》，《历史研究》1999年1期，10-11页。）。
        心理学上的“移情”方法在历史研究中有其重要的作用，这点已为众多学者所承认。然而，一旦进入具体的研究项目，许多研究者往往忘记了这一重要的方法，而容易以“知识分子”的评判标准来看待商人，或以某种既定的意识形态为标尺来测量商人。但是商人仍是商人，他们并不因研究者的看法而改变其职业特点。于是历史描述便和史实相隔开来。而所谓的价值评判便也成了无的放矢，只是研究者自己某些思想的“借题发挥”罢了。
        如关于商会的政治参与问题。有一种假设认为商会既是“资产阶级的团体”，便理应去为其阶级利益而奋斗。不少研究者从这种“应然”去评价商人行为的对错。但这个“应然”无疑是建基于一定的意识形态框架之上。实际上，商人的思考中更多的是“经济的理性”，而非“政治的理想”。
        总之，我们既不能以“知识分子”的要求，给中国近代历史上的商会一个预定的“角色任务”，并进而按此对它进行是非判断；也不能高估它在近代中国社会所承担的义务与责任。作为历史研究者，我们只能根据商会自身的属性及规定的义务责任，以及它实际承担的工作来对它进行细致的分析。否则我们所分析的便不是现实的商会，而是虚拟的“理想商会”影子下的商会假象。这种分析无助于我们真正了解商会在中国历史上的实际表现。
        4.静止、孤立的分析
        静止、孤立的分析是商会研究方法中另一个重要问题。
        也许由于静止的史料容易寻找，所以许多论者喜欢由章程、法令或者论说入手，然后根据这些文字判断商会的性质，或者活动的取向等等。而往往忽视商会对这些条例的执行情况，或者法令所面临的各种反应与遭遇。（注：邱澎生注意到：如果不加考察地一律将商会章程中的投票选举文字视为多么重大的团体“内部民主性”的反映，其实是做了过度的推论。氏著《商人团体与社会变迁：清代苏州的会馆公所与商会》，111页。）。其实任何历史现象都不能做静止的考察，如对商会法人社团性质的判定，仅依据一地或数地商会章程所做的判断并不一定能够代表各个地方商会运作的实态。另外，史料的运用更需要谨慎小心，仅凭孤证未必能说明问题，而且史料的性质有差别，我们在使用时更要注意。如后人的回忆，便可能存在许多有意或无意的错误。使用时便应与其他史料做比较，甄别考证。
        而且，讨论商会，我们不仅应从商会入手，亦应从与商会相关的环境入手。比如政府、其他社团、普通民众、外国商人等等。论及商会与“他者”的关系，便应考虑两者的互动，而不是单从商会一面来看。商会真的是地方上最有势力的商人社团或者公众社团吗？如果我们多把视线投射到其他民众社团，或许会发现实际上可能不是如此（注：如已有的研究显示：在清末广州，七十二行、九善堂、粤商自治会等社团的影响力似都超过商会。贺跃夫，前引文。）。
        如关于“商会法”的问题，我们不仅应从商会抗争的角度来考虑，亦应从政府回应的角度来衡量。二者之间的互动方能实现相互的妥协。单从商会的角度出发并不能看清事件的全貌。事物总是处于联系之中，没有一个孤立地摆在桌子上的“商会”任由我们来解剖。