童书业看到缪凤林“疑古”的一面，但后者与昔日学术对手却无思想共通的感觉。缪氏在《中国通史纲要》第一册中认定尧舜以后时代为信史，即承认夏的存在，这与疑古派有本质性区别，并与当时以甲骨卜辞证殷商为信史而殷之前为神话传疑的通行古史观也不同。缪凤林明确表示：“三古史实，自汉以前，不特非层累造成，而实系层累亡失。”缪之“层累亡失”说绝不等同于顾颉刚的“层累造成”说。后者视整个传统上古史系统均为神话传说构建，乃“伪史”；而前者认为先秦典籍所载古史传说，“苟非汉后伪托，疑皆有所本，且皆经层累亡失之故而仅存者”，是信史不全。(61)质言之，现存的上古史传说(如三皇五帝)经历年传衍和史籍亡佚，已人言言殊，但皆有所本。这种治学取向上的区分，往往造成学人间的隔阂。刘起釪在中央大学历史系曾同时受教于缪凤林和丁山两位老师，缪“强调我一循原所承之学，不骛新奇之说”，丁则“授我以甲骨文金文知识，希望我同他走王国维先生的治学道路”，而且二人“彼此相轻，每至诋斥对方为不学无术，往往言语激越，使我感到适从为难”。(62)
    在九一八事变后，1932年傅斯年在北平出版《东北史纲》第一册。(63)该书甫出版，柳诒徵的两位学生郑鹤声和缪凤林即发表书评，对傅著均持批评态度，且言语比较激烈。关于这一点，王汎森先生已注意到，二人对傅斯年的批评与“南高系统”对北大和新文化运动抱有敌意，对傅的治史方法极其反感有关。(64)此言大致不差，但尚须看到缪凤林的批评集中在《东北史纲》的史料选取问题，傅斯年“不仅不知《两汉书》外与东北有关之金石已也，《两汉书》与《魏志》内有关东北史之记载，傅君亦未能尽读也”。(65)缪凤林不仅指责傅斯年没有认真读书，而且入室操戈，以彼之矛攻彼之盾。昔日批评旧派史家只固守正史而不知“上穷碧落下黄泉”扩充史料的傅斯年，如今他自己不仅无视正史之外的金石材料，而且连正史都未能读透。
    缪文一出，学界哗然。傅斯年原拟作回应，但终未成文。(66)缪凤林的学生回忆此事说，当时有一种传闻，傅斯年看到缪的书评后感到不安，托任中大校长的老同学罗家伦帮忙转告缪凤林，请他不要再继续写东北史的书评，缪凤林就没有继续写书评，傅斯年的《东北史纲》也没再往下写。(67)不过，事情可能没有像传闻的那样简单。当时缪凤林曾致函陈垣，说傅斯年“因恼羞成怒，至谓誓必排林去中大而后已”，例如介绍方壮猷(欣安)和谢国桢(刚主)等人进中大史学系以取代缪的地位，但他决定新学年仍应中大之聘。此函最后有“私意拟在此间多住数年，期于国史略植根柢，再行来平，以广见闻。异时学业稍进，倘长者以为可教而儒教之，则幸矣”的字句，推测可能是陈垣曾邀请缪凤林赴北平任教。(68)按方壮猷和谢国桢的确来中大史学系任教，方教中国通史课。1934年3月，方和谢二人辞职，中国通史课改由缪凤林教授。(69)
    傅斯年因学术批评而插手中央大学史学系事务以排挤缪凤林，仅为后者一面之词，尚无其他资料确证。不过，傅斯年在学术界和教育界的权势的确不容低估。1936年下半年，金毓黻从东北转道日本至上海、南京，由傅斯年介绍他到中央大学史学系任教。(70)为此，金毓黻十分感激。而两年前朱希祖入中央大学，同样与傅斯年有一定的关联。
    朱希祖长期在北大执教，为中研院史语所特约研究员，一度为专任研究员。1932年10月朱希祖被迫离开北平，出任广州中山大学教授，后又至南京中央大学任教。朱希祖认为他离开北平是傅斯年造成的，曾在日记中写道：“自民国十九、二十两年遘傅斯年逢蒙之祸，北京大学及中央研究院两被夺位，二十一年夏不得已出居广州，播迁失所”。(71)此后，朱希祖和中研院史语所系统出现隔阂。(72)1940年2月，中研院在重庆准备召开会议选举第二届评议员，历史学科有朱希祖、张尔田、汤用彤、顾颉刚、金毓黻和蒋廷黻六名候选人，前一届评议员胡适、陈垣和陈寅恪仍具候选人资格。2月26日，国立中央图书馆筹备处主任蒋复骢致函朱希祖和金毓黻，转达西南联大姚从吾之意，希望中大史学系能投票推举胡适、陈垣、傅斯年和陈寅恪为评议员。接函后，朱希祖对此十分恼怒，“堂堂中央研究院学术机关之评议员乃出乎运动情面之选举，其污辱学者可谓甚矣。上届评议员已尟史学专家充为评议员，此次又谋连任大肆运动”，最后中央大学史学系无一人投票。(73)
    据档案资料显示，当时参加历史学科投票的有西南联大、西北大学、中山大学、武汉大学和厦门大学等九校，有效票28票，中央大学未投票。3月14日，中研院在重庆牛角沱汇集各地寄来的选票后开箱统计，历史学科有陈寅恪、胡适、陈垣、顾颉刚、汤用彤、朱希祖、蒋廷黻和金毓黻八人当选为候选人；3月22日，举行决选，由27名第一届评议员选举新评议员，历史学科八人中有胡适、陈寅恪和陈垣当选。(74)
    中研院历史学科评议员人选虽不能完全说明当时中国史学界的格局，但从一定程度上可以读出一些讯息。虽然中央大学史学诸教授杯葛此次选举，且朱希祖和金毓黻也没能最后当选，但二人仍进入“八人大名单”之中，也体现出“史学南派”的地位。而另一方面，从这次评议员初选的候选人、当选者和中央大学史学系的举动来看，除去学术成就因素外，北方学界(主要是北大和史语所系统)与中大史学系在权势上的区隔十分明显。