明代藏书家的书目也有同样记载。
    《菉竹堂书目》——叶盛撰。叶氏为正统十四年（1449）乙丑进士，官至吏部侍郎。生平嗜书，手自仇校，“见异书虽残编蠹简，必依格缮写，储藏之目，为卷至二万余，然奇秘者多，亚於册府。”⑦书目共六卷，第二卷为经济，著录有“元朝秘史五册，元朝秘史续集一册。”⑧然此目非叶盛手定，而是其孙叶恭焕所录。体例与叶文庄公原序有所牴牾，文庄本意欲依《文献通考》例，每书记其卷数，而以其所藏书籍为后录，事虽肇始，终未克成。钱大昕对当时流传於世的《菉竹堂书目》作过考证，认为“今所传之目，则平时薄录所藏书，粗分门类，将有事於刊正而未定之本也。”⑨叶氏身为明初大臣，去元不远，与杨士奇同朝为官，雅好奇书秘册，原书目还曾并列载有《元一统志》和《经世大典》，其庋藏《元朝秘史》的可能性极大。
    《千顷堂书目》——黄虞稷撰。虞稷字俞邰，明晋江人。其父黄居中乃万历乙酉（1585）举人，除上海教谕，转国子监丞，擢黄平知县，不赴。锐意藏书，手自抄撮，“居江宁千顷楼中，聚书十万余卷。”⑩黄虞稷由明人清，康熙二十二年（1683）经徐元文疏荐入明史馆，与修《明史》。他绍绪父业，不仅能守先世之藏书，又不断增益之，清初钱谦益曾到过千顷堂，写下了《黄氏千顷斋藏书记》一文，记其父子二世藏书之盛。黄虞稷撰有《千顷堂书目》三十二卷，以备《明史·艺文志》采用。关于此目之来历，吴骞在重校跋文中说：“先是其父明立监丞有《千顷斋书目》六卷，俞邰稍增广之。及入史馆，乃益加裒集详为注释，故又有《明史艺文志》之目。”（11）道咸间藏书家蒋光煦《论书目绝句二十首和马笏斋》曾咏及是书目之源流，谓“布衣修史亦鸿儒，册载前明例仿于，底事桐城严笔削，仅收胜国一朝书。黄氏千顷堂即明史艺文志稿。”《千顷堂书目》著录明代著作一万五千四百零八种，宋辽金元著作二千四百二十种，共为一万七千八百二十八种。该书目卷四史部著录有“《元朝秘史十二卷。”（12）值得一提的是清代许多藏书家都将《元朝秘史》归类於杂史，就连最早提出《元朝秘史》或许即是《元史》中讲到的“脱必赤颜”这一疑问的著名学者钱大昕也将它划归杂史类。而黄虞稷则另具慧眼，把《元朝秘史》列於史部之首国史类，真所谓贤者识大也。
    上述官私书目的可靠性如何呢？回答是肯定的。《四库全书》收入了《文渊阁书目》和《千顷堂书目》，将《菉竹堂书目》列於附存目中。作为回答节录《四库全书总目》提要如下：
    “《文渊阁书目》四卷，明杨士奇等编。……盖本当时阁中存记册籍，故所载书，多不著撰人姓氏，又有册数而无卷数，惟略记若干部为一厨，若干厨为一号而已。考明自永乐间，取回南京藏书送北京，又命吏部尚书郑赐四出购求，所谓锓板十三、抄本十七者，正统时尚完善无缺。此书以千字文排次，自天字至往字，凡得二十号，五十厨，今已永乐大典对勘，其所收之书，世无传本者往往见於此目，亦可知其厨庋之富。……”（13）
    “《千顷堂书目》三十二卷，国朝黄虞稷撰。……所录皆明一代之书……然焦竑国史经籍志既诞妄不足为凭，傅维鳞明书经籍志，尤侗明史艺文志稿，尤冗杂无绪。考明一代著作者，终以是书为可据。所以钦定明史艺文志颇采录之。略其舛驳而取其赅赡可也。”（14）
    明初，《元朝秘史》藏於中秘，被用作蒙汉翻译的参考材料。永乐元年（1403）至五年间明廷编《永乐大典》时，编者遂将洪武初年用汉字音译的《元朝秘史》作为历史典籍以十五卷的形式收入该书。永乐十九年（1421）明朝迁都北京，文渊阁书随之北运。明代学者姚福在《青溪暇笔》中写到：
    “前代藏书之富无逾本朝。永乐辛丑北京大内新成，敕翰林院凡南内文渊阁所贮古今一切书籍自有一部至有百部各取一部送至北京，馀悉封识收贮如故。时修撰陈循如数取进，得一百柜，督舟十艘载以赴京。”（15）
    明代另一位学者陆深在《续停骖录》中谈到明内廷藏书及散佚情况，他说：
    “至我朝文献日新。今秘阁所有者多宋元之旧，间有手抄。予初入馆时见所蓄甚富，若文苑英华大书尚有数部。正德间梁厚斋在内阁，援用监生入馆，始以校正为名，而官书乃大散逸於外矣。”（16）
    参比杨士奇等人的书目和明代学者有关记载，似可提出如下两个问题：
    一、《元朝秘史》十二卷刊本入抄《永乐大典》时为何被分作十五卷？
    二、永乐十九年（1421）北运文渊阁藏书时既然奉旨各取一部，那么为何到了杨士奇等人编书目时（1441）《元朝秘史》却成了全二部？
    由于缺乏史料根据现在难能断然答复，但是问题的关键已集中在一点上，那就是《元朝秘史》在社会上的流传。清人刘岳云曾从内阁大库发现一部《元朝秘史》总译抄本，藏於食旧德斋。其特征为“黑格乌丝栏，卷末题记有‘一部二本，永乐二年八月内抄到’字样”（17）。永乐二年正值《永乐大典》的编纂工作紧张地进行中（18），性耽宝籍的编纂官往大典里抄入《元朝秘史》时觑机私录一部总译并非难事。种种迹象表明，明代初期除了官刻的《元朝秘史》外，尚有手抄本出现，以两种形式插架儒臣私斋，流布书贾坊林。张穆曾见过《永乐大典》中的《元朝秘史》十五卷，并说：“其卷次亦大典约为区分，本书盖都为一祑也。”（18）十二卷变成十五卷之事有两种可能性，它既可以是大典编纂官所为，又不能排除先有一部十五卷抄本而后据以抄入大典的可能。《永乐大典》撷采维严，不会轻易改动明太祖时官刻本的卷次。
    永乐二年总译抄本的发现，一方面表明了《元朝秘史》的流传，另一方面表明了明代学者对蒙古早期的这一珍贵典籍之功用的认为有了重大突破。他们已经看到《元朝秘史》除了语言研究上的价值外，在史学等诸多领域都有着极高的学术研究价值。从洪武十五年到永乐二年，仅仅二十三年时间，这种价值认识上的飞跃可谓快捷，更重要的是，它为以后数百年的学术研究开拓了新的思路。巴雅尔教授在研究《元朝秘史》的音译者时指出：“音译，对于用蒙语阅读原文，或者对于学习蒙语才有意义。至于写《元史》，那就完全不需要它。”（20）同样，从研究历史的角度看，有总译就足够了。自永乐以后，明代官私史乘开始屡屡引用《元朝秘史》中的记载，使其史料价值得到初步的肯定，于是洪武中的语言教科书一跃而为信史。