明天顺五年（1461），李贤、彭时、吕原奉旨任总裁，纂修《大明一统志》。是志卷九十叙述诸国方域，“鞑靼”条言蒙古事，其中“山川”一项有如下记述：
    “不峏罕山。斡难河源出于此，昔有苍白狼遇惨白鹿于此山生子，名巴塔赤罕，后为蒙古部，即元氏之祖。迭里温孛答山。近斡难河，即元太祖铁木真生处。……阔阔纳语儿海。元太祖为诸部推戴，称帝于此。”（21）
    李贤诸人未交代史料出处。查核明初宋濂等人所纂修的《元史》，记载又与此截然不同，试举例如下：
    （甲）《元史·太祖本纪》叙述蒙古先世，是从成吉思汗十世祖孛端叉儿开始的，并无苍狼白鹿之传说。
    （乙）《元史·太祖本纪》关乎成吉思汗出生只说：“初，烈祖征塔塔儿部，获其部长铁木真。宣懿太后月伦适生帝，手握凝血如赤石。烈祖异之，因以所获铁木真名之，志武功也。”（22）并没具体指陈出生地迭里温孛答山。
    （丙）《元史·太祖本纪》记述成吉思汗于元年丙寅即帝位于斡难河之源，未提及阔阔纳语儿海这一地名。
    考之《元朝秘史》，则《大明一统志》的史料来源便有了着落，二者在内容上完全一致。现对照地名写法如下：
    《大明一统志》《元朝秘史》
    不峏罕不峏{K1AA13.jpg}
    迭里温孛答迭里温孛勒答
    阔阔纳语儿阔阔纳语{K1AA14.jpg}
    我们可以明显地看出前者夺脱了三个字旁小注，即：《元朝秘史》拼写喉内音时采用的字旁小注“中”字、纽切两个元音间和带有边音词尾时使用的字旁小注“勒”字、拼写舌头音时使用的字旁小注“舌”字。字旁小注“中、勒、舌”等是为正确拼读语音而采用的，旨在正音。作为示义的地名本字在这里毫无二致。据此，足以推知李贤等人引用的史料是《元朝秘史》。
    《大明一统志》援据《元朝秘史》而不予注明，致使后人通过《大明一统志》的媒介转引了《元朝秘史》的有关记载而尚不知其所自。明人沈节甫辑有卷帙浩繁的丛书《纪录汇编》，卷之一百六十一收入《译语》一部，撰者署名为岷峨山人。该书主要记载明代蒙古史实，但在叙说蒙古山川时径直抄录了《大明一统志》中的记载，以蒙古先世的传说和元太祖创立蒙古帝国的生平片断丰富了史著的内容。着眼现实，又猎涉远古，使历史的跨度纵贯数百年。《译语》成书之年未见明确记载，“岷峨山人”显然亦非著者真名。《畿辅丛书》收有《塞语》、《乡约》二书，撰者为尹耕。耕字莘，蔚州人，嘉靖十一年（1532）进士。累官河南按察司兵备道，后为人所劾，谴戍辽东。他谙熟兵机，通晓疆事，嘉靖二十九年（1550）撰上述二书，洞中边情肯要，为人推许。质之陶贤的《蒙古书目提要》，《译语》亦为尹耕所著（23）。三部书各有侧重，但在言边情这一点上关系极为密切，相辅相成，故成书年代不会相去甚远。
    将《元朝秘史》用之史学研究始自明代史学家，王圻乃其中之一。王圻，字元翰，上海人。嘉靖四十四年（1565）进士，历官知县、御史、知州、布政使参议等。后辞职还乡，以著书为事。著有《续文献通考》二百五十四卷、《两浙盐志》二十四卷、《谥法通考》、《洪州类稿》、《三才图会》等。《三才图会》刊于万历三十五年（1607），是为一百零六卷的巨著。其中人物类共十四卷，卷三为“后五代敌国之图——皇明帝系之图。”元世系图附有元世祖像，世系图下有言曰：
    “元按，元朝秘史云，元朝的人祖是天生苍色狼与惨白鹿相配了，同渡过腾吉思水到斡难河源头不儿罕山前，生一人，名为巴塔赤罕。巴塔赤罕生塔马察，至十二世生孛端察儿，十三世生帖木真，以孛儿只斤为姓，是为元朝太祖。始太祖帖木真丙寅称帝於斡难河，居沙漠为胡主，四代五十七年，世祖癸亥迁都燕京，十三年丙子混一，终顺帝戊申，十主，居中国九十三年。共十四主，通共一百六十三年，顺帝归沙漠，国亡。”（24）世系之后，列有名帝简历，太祖条谓：
    “太祖，姓孛儿只斤，名铁木真，蒙古部人也。世为蒙古部长，并吞诸部，威德日盛，岁丙寅即位於斡难河之源，以土德王，寿六十六，在位二十二年，皇子抱雷（25）监国凡一年。”
    王圻对蒙古祖先及世系的记述有所舛误，尽管如此，著者援引《元朝秘史》作为根据探讨蒙古早期的历史则较之《元史》更近翔实。紧接着《三才图会》的刊刻，万历三十六年（1608）王圻的又一部巨著《稗史汇编》付之锓板。该著之卷十六《匈奴》条有如是记载：
    “匈奴之国，其种有五。一种黄毛者，乃山鬼与悖牛所生。……一种乃巴塔赤罕之种。元朝秘史云：苍色狼与白鹿交所生。二十五世生帖木真，是称大蒙古，都长安僭称皇帝，世居沙漠东北六千里，后居山阴，号鞑靼。地产牛马，无城池屋舍，随水草所居。俗尚射猎。帖木真四世孙忽必烈僭居中国称帝。”（26）