其次，作为清初浙东学派的名家，无不在其著述中采用各自不同的形式蕴含着崇高的民族气节，万斯同就是如此。他深恶元人所修的《宋史》内容芜杂，体例乖乱，并多民族偏见。很想另写一部而未果，乃在当日历史条件下编成了十六卷《宋季忠义录》，首卷便开宗明义立了《恭帝本纪》，文字虽抄自《宋史》，惟独一开头即改写：“恭帝名显，度宗皇帝子也，母曰全皇后。”（40）接着第二卷又立了《端宗、末帝本纪》，也照抄《宋史》全文，但同样把《宋史·瀛国公纪·附二王传》中的“二王者，度宗庶子也。长……昰……；季……昺……”订正为：“二帝者，度宗庶子也。长……昰……；季……昺……”（41）斯同在转抄《宋史》时，凡遇原文中“大元兵”、“大元军”、“大元使者”，都把其中的“大”字严正地删掉，充分体现了这位爱国史家的民族气节！在此《录》后面十四卷中他重点叙述和表彰了文天祥、李庭芝、张世杰、陆秀夫等五百余人矢志抗元的忠义事迹，其中不少人是向来名不见经传的。斯同不仅自己从事于南宋赵显、昰、昺三朝亡国痛史的补录，还鼓励其学生温睿临写南明福、鲁、唐、桂四王时期的抗清事迹。“温睿临后来终于没有辜负他的期望，写成《南疆逸史》一书。这本书清末革命党人还以四明凌雪的笔名，改名《南天痕》出版，作为反清的宣传资料。”（42）因此，1937年万斯同祠墓在奉化莼湖落成，顾颉刚先生不禁赞叹不已，挥毫题辞曰：“痛故国之沦亡，寄孤怀于笔削，……至于贤贞洁身之操，所以摄民族之精神，留乾坤之正气者，尤非徒托空言之史家所得比拟。”（43）这是对万氏民族气节的恰如其分的评价。
    再次，全祖望说万斯同“请以布衣参史局”，实则他“以布衣参史事”，住在徐元文家里。他主张专家全责修史，赞赏两汉史学界前辈的才学，反对自唐以来设局分修的体制。他剀切指出：“昔迁、固才既杰出，又承父学，故事信而言文。其后专家之书，才虽不逮，犹未至如官修者之杂乱也。譬如入人之室，始而周其堂寝匽湢，继而知其蓄产礼俗，久之其男女，少长、性质、刚柔、轻重、贤愚无不习察，然后可制其家之事。若官修之史，仓卒而成于众人，不暇择其才之宜与事之习，足犹招市人而与谋室中之事也。吾所以辞史局而假馆总裁所者，惟恐众人分操割裂，使一代治乱之迹，暗昧而不明耳。”（44）这些话对保证和提高史书的质量来说，不失为中肯之言；虽然这意见并非斯同首创，前他约一千年的刘知几就对设局分修、派员监修那种官僚主义修史体制揭露过其弊端，不过刘氏仅为本朝的国史做些“记注”和“撰述”工作，而万氏却为满清纂修前明三百年史事，情况远为复杂，忌讳远为繁多。他指斥官修明史的弊端，正反映出他在穷年累月手定《明史稿》的过程中，经常遭遇掣肘之患和为此史的存真求是而进行坚苦卓绝的斗争。
    “存真求是”是万斯同治学写史上突出表现之一。他通过对史料的广泛搜集、排比和精细考订、辨析，从而对历史人物和历史事件取得了存真求是的成果。他说：“史之难为久矣，非事信而言文，其传不显。李翱、曾巩所讥魏晋以后贤奸事迹并暗昧而不明，由无迁、固之文是也；而在今则事之信尤难。盖俗之偷久矣，好恶因心，而毁誉随之。一室之事，言者三人，而其传各异矣，况数百年之久乎？故言语可曲附而成，事迹可凿空而构；其传而播之者，未必皆直道之行也；其闻而书之者，未必有裁别之识也；非论其世、知其人而具见其表里，则吾以为信而人受其枉者多矣。吾少馆于某氏，其家有《列朝实录》，吾默识暗诵，未敢有一言一事之遗也。长游四方，就故家长老求遗书，考问往事，旁及郡志、邑乘、杂家志传之文，靡不网罗参伍，而要以《实录》为指归；盖《实录》者，直载其事与言而无可增饰者也。因其世以考其事，核其言而平心以察之，则其人之本末可八九得矣。”又说：“然言之发或有所由，事之端或有所起，而其流或有所激，则非他书不能具也；凡《实录》之难详者，吾以他书证之；他书之诬且滥者，吾以所得于《实录》者裁之，虽不敢具谓可信，而是非之枉于人者盖鲜矣。昔人于《宋史》已病其繁芜，而吾所述将倍焉，非不知简之为贵也，吾恐后之人务博而不知所裁，故先为之极，使知吾所取者有可损而所不取者必非其事与言之真而不可益也。”（45）这些话是很深刻、很精辟的。仍以《明太祖实录》为例，斯同批评它两点，一点是高皇帝既对功臣有杀戮之惨，又对士子有不为君用者诛的法令，而这两宗暴政都不见于《实录》里，那么这部《实录》“顾得为信史乎？”另一点是高皇帝在位满三十年，“荩臣硕士，岂无嘉谋嘉猷足以垂之万祀者？乃亦无所纪载；而其他琐屑之事如千百夫长之祭文、番僧士酋之方物，反累累不绝焉。是何暗于大而明于小，详于细而略于巨也”（46），所以这样《实录》，缺乏史料价值，“君子即不观可也”。又如《孝宗实录》，斯同一方面斥责它，说它总裁是焦芳，撰述者为段炅等，都属权奸刘瑾太监一党，所写的东西颠三倒四，为别部《实录》所未见。另一方面则赞许它，认为孝宗本身不失为“一代守成令主”，较为开明，好话坏话都要听，臣下的报忧奏疏就多了；反之，世宗是败家之君，相当糊涂，喜听报喜厌报忧，结果是后世读者看到《孝宗实录》里反而满载弊政了。于是他郑重说明：“余恐读者不察，徒见其疵而不见其美也。”（47）这里，对具体史料他能够如此鞭辟入里地进行具体分析，堪称慧眼独具了。再者，他除潜心研究各种有关文献外，还设法以某些实物作为第一手资料。例如他根据目睹过的先世所藏两道令旨，一道是朱元璋做宋国丞相时题曰龙凤五年，另一道是元璋做宋国吴王时题曰龙凤十年发的，从而考证出：“太祖之初，受命于宋主（韩林儿）明甚；今国史及诸家传记皆没而不载，其意盖为国讳也。”他很不赞成这种“为太祖讳”的做法，而大力肯定农民起义军首领韩林儿的业绩。从中不难窥见他的真知灼见的史识和存真求是的史德。