（三）提出了玩法酷刑不如“奉职循理”的吏治思想。《循吏列传》与《酷吏列传》专写“奉职循理”与玩法酷刑两种官吏，谁好谁坏，形成鲜明的对比。汉朝的官吏，为善者少，作恶者多，他们多作威作福，奸诈玩法，敲榨勒索，草菅人命。如：宁成，“为人上，操下如束湿薪。滑贼任威”。周阳由，“所爱者，挠法活之；所憎者，曲法诛灭之。”张汤，“为人多诈，舞智以御人”，“舞文巧诋以辅法”，“乡上意”而办事。义纵，“以鹰击毛挚为治”。王温舒，杀人“至流血十余里”。杜周，“外宽，内深次骨”，“专以人主意旨为狱”，使得案件大增，犯人满狱。他们有的人，“善事有势者；即无势者，视之如奴。有势家，虽有奸如山，弗犯；无势者，贵戚必侵辱”。（以上引文，均见《酷吏列传》）例如，绛侯周勃免相而失势，竟然有人告他谋反，下了狱，狱吏落井下石，“侵辱之”，好不容易才由文帝赦免出来，故周勃有“吾尝将百万军，然安知狱吏之贵乎”之叹（《绛侯周勃世家》）。曾为梁中大夫的韩安国坐法下狱，狱吏田甲“辱”之，“安国曰：‘死灰独不复然（燃）乎？’田甲曰：‘然即溺之。’”（《韩安国列传》）邓通原是文帝的宠臣，自铸“邓氏钱”，拥有无数钱财，失势后被告入狱，家产被没收，“常负责（债）数巨万”，竟然“寄死人家”（《佞幸列传》）。足见狱吏欺人，实在可恶。如此吏治，其结果：一是“网密，多诋严，官事浸以耗废”，就是说，腐败成风了；再是“九卿碌碌奉其官，救过不赡，何暇论绳墨之外乎！”（《酷吏列传》）意思是，大官们畏罪而保命，那有心思去考虑改进政治；三是民众恨之入骨，故“张汤死，而民不思”（《平准书》）；再就是，因酷吏迎合君主意旨玩法酷刑，“吏民益轻犯法，盗贼滋起”。意思是，物极必反，官逼民反。司马迁察此情景，大声疾呼：“法令者，治之具，而非制治清浊之源也。昔天下之网尝密矣，然奸伪萌起，其极也，上下相遁，至于不振。”（《酷吏列传序》）他的意思很清楚，单靠酷吏们玩法镇压吏民，只会扰民添乱，不可能国泰民安。
    同时，司马迁也写了当代几个好官。如：汲黯，“治官理民，好清静，择丞史而任之”。“治务在无为而已，弘大体，不拘文法。”他反对“刀笔吏专深文巧诋，陷人于罪”；谈论“张汤智足以拒谏，诈足以饰非，务巧佞之语，辩数之辞，非肯为天下言，专阿主意。……好兴事，舞文法，内怀诈以御主心，外挟贼吏以为威重”。（《汲黯列传》）张释之为廷尉，治狱按法办事，曾对文帝说：“法者天子所与天下公共也”，不能任意轻重；“廷尉，天下之平也，一倾而天下用法皆为轻重，民安所措其手足？”故他赢得文帝和士民的称誉。司马迁情不自禁地称道张释之言法令及冯唐论将率“可称廊庙”（《张释之冯唐列传》），意谓可为朝廷的准则。
    司马迁又将先秦的一些良吏集中于一起，写其人其事：孙叔敖，“施教导民，上下和气，世俗盛美，政缓禁止，吏无奸邪，盗贼不起”。子产为相，民风淳厚，“门不夜关，道不拾遗”。公仪休，“奉法循理”，“使食禄者不得与下民争利”，自身作出榜样。石奢，“坚直廉正”，其父杀人，纵之，自知有罪，“自刎而死”。李离，为狱官，“过听杀人，自拘当死”，不推过于下吏，“伏剑而死”。这些官吏，令人怀念，子产死，“丁壮号哭，老人儿啼”。司马迁称这些官吏为“循吏”，即“奉法循理之吏”。他意味深长地论道：“法令所以导民也，刑罚所以禁奸也。文武不备，良吏惧然身修者，官未曾乱也。奉职循理，亦可以为治，何必威严哉？”（以上引文，均见《循吏列传》）意思是，法令是为了导民，而不是坑民；官吏当忠于职守，按理办事，而不能仗势欺人，胡作非为。
    （四）不仅主张善于用人，而且强调“智不可专”。司马迁于《楚元王世家赞》论道：“国之将兴，必有祯祥，君子用而小人退；国之将亡，必有妖孽，贤人隐，乱臣贵。……贤人乎，贤人乎，非质有其内，恶能用之哉！甚矣，‘安危在出令，存亡在所任’。诚哉是言也。”这里明确地提到用人得失是关系国家兴亡的大事。《史记》写历代兴亡都与用人得失有关。三代的兴亡，春秋五霸和战国七雄的成败，楚汉胜负，汉朝盛衰，都与用人得失分不开。
    更重要的是，司马迁强调“智不可专”，应当群策群力。自秦朝以来，君主专制日益强化，皇帝多任用庸才为将相，这些大臣或恭谨自保，或阿谀献媚，或随风应变；而贤智直言之士，多受压抑。对此，司马迁大为感慨，不仅用心记述之，还借娄敬向汉高帝建议都关中一事，发表不同凡俗的评论：“语曰‘千金之裘，非一狐之腋也；台榭之榱，非一木之枝也；三代之际，非一士之智也’。信哉！夫高祖起微细，定海内，谋计用兵，可谓尽之矣。然而刘敬脱挽辂一说，建万世之安，智岂可专邪！”（《刘敬叔孙通列传赞》）意思是，历史非个人所能创造，政治非私智所能成功，君主唱独脚戏是不行的；搞好政治，要靠善于用人，集众士之智。在此，司马迁既强调了贤士直谏与群主纳谏之重要，还用“智岂可专”暗讥君主专制之可恶。
    另外，在民族关系问题上，司马迁认为诸民族各有特点，各有生存权利，不能以强凌弱，以大欺小。他认为现行的征伐匈奴政策不可取，征伐不如守御，战争不如和好。