不过，正如李学勤所同时提出，“我们今天加以回顾，也有必要指出，疑古思潮有其 局限性和不足之处，就是说，对于古史，对于古代文化，在某些方面否定过度了，以致 造成了古代历史文化的空白。”（注：李学勤：《走出疑古时代》（修订本），第39页。） 的确，由于对中国的历史文化缺乏必要的“敬意”（注：关于对传统文化抱有“敬意” ，民国学术界时有提倡。梁启超即倡言：“要人人存一个尊重爱护本国文化的诚意”（ 《欧游心影录》，李华兴、吴嘉勋编：《梁启超选集》，上海人民出版社1984年版，第 733页）。钱穆后来在《国史大纲》中更提出：“凡读本书请先具下列诸信念……尤必附 随一种对其本国已往历史之温情与敬意”，“所谓对其本国已往历史有一种温情与敬意 者，至少不会对其本国已往历史抱一种偏激的虚无主义。”见钱穆：《国史大纲》（修 订本）上册，商务印书馆1996年版，第1页。），“古史辨运动”也存在着不少的偏颇。
    第一，在辨伪的范围和内容上，“古史辨派”陷入了很大的误区。
    首先，“古史辨派”在很大程度上，混淆了“辨伪书”与“辨伪史”之间的界限。（注 ：胡绳就曾指出“古史辨”的辨伪，“在许多地方，史料（记载古代历史的文献）和历史 （古代历史本身）是被混淆起来了”；他认为：“所谓‘古史辨’的工作本是从辨伪开始 ，乃是一种史料考订工作”，因而不能“把整理某一部分史料而得到的史料学上的个别 结论夸大为历史学上的根本问题”。见胡绳：《社会历史的研究怎样成为科学》，《枣 下论丛》（增订本），第145页。）
    不可否认，鉴于“有许多伪史是用伪书作基础的”（注：顾颉刚：《古史辨第一册自序 》（1926年4月20日），《我与古史辨》，上海文艺出版社2001年版，第47页。），因此伪 书既然为“伪”（注：其实，究竟何为“伪书”，也缺乏一个明确标准。李学勤即曾列 举了古书在产生和流传过程中值得注意的十种情况，即佚失无存，名存实亡，为今本一 致，后人增广，后人修改，经过重编，合编成卷，篇章单行，异本并存，改换文字。他 因此说：“对古书形成和流传的新认识，使我们知道，大多数我国古代典籍是很难用‘ 真’、‘伪’二字来判断的。”见李学勤：《对古书的反思》，《李学勤集》，黑龙江 教育出版社1989年版，第46页。），其所记载的历史当然也值得怀疑。不过，这种怀疑 还需要进一步详加考辨，并不直接意味着“伪书”中的历史就一定是“伪史”。但顾颉 刚却径直断言：“因为伪书上的事实自是全伪，只要把书的伪迹考定，便使根据了伪书 而成立的历史也全部失其立足之点。”（注：顾颉刚：《自述整理中国历史意见书》（19 21年6月9日），《古史辨》第1册，上海古籍出版社1982年影印，第35页。）概言之，“ 伪书”中记载的历史皆是“伪史”。（注：当然，“古史辨派”并未完全否认“伪书” 的史料价值，他们并且对此曾有多次申述。所以“古史辨派”的“疑古”并非“蔑古” 。因该问题不在本文范围内，只能另文探讨了。）客观来看，这一结论显然断之过勇（注 ：王元化便说：“以怀疑精神探究古史本无可非议，但以辨伪规范古史，则未免过于简 单。”见王元化：《谈考辨古史》，《清园夜读》（增订版），中国社会科学出版社1997 年版，第175页。），以至于当时便有一些学者辩驳：“判定‘古史’的真伪，只是依赖 古书的真伪，这就算是‘史学方法’么？……‘真书’、‘伪书’，那能和‘真史’、 ‘伪史’的观念相混！”（注：梁园东：《古史辨的史学方法商榷》（1930年10月15日）， 《东方杂志》第27卷第22号，1930年11月25日。王汎森也说：“这个运动最大的盲点之一是把书的真伪和书中所记载史事的真伪完全等同起来，认为伪书中便不可能有真史料。”见王汎森：《古史辨运动的兴起：一个思想史的分析》，（台北）允晨文化实业公司1987年版，第295-296页。）
    其次，由于“古史辨派”曾经完全否定了古史“传说”的可靠性，从而一度造成了古 史的空白。
    众所周知，在上古时代尤其是文字发明以前，人们不得不依靠口耳相传来载记历史。 在这些传说中，固然有不少以讹传讹的“神话”，但是也包含了许多真实的史料，因此 有必要通过详细考辨，将它们加以具体的区分。然而，“古史辨派”却将古史“传说” 混同于“神话”，认为皆是“有意造伪”而成，这就完全否定了古史“传说”的可靠性 ，从而不可避免地导致了古史的空白。
    从当时学术界对于“古史辨派”的批评来看，有很大一部分的批评意见正是针对“古 史辨派”这一偏颇而发。王国维在《古史新证》中就说：“研究中国古史，为最纠纷之 问题。上古之事，传说与史实混而不分。史实之中固不免有所缘饰，与传说无异；而传 说之中亦往往有史实为之素地。”（注：王国维：《古史新证--王国维最后的讲义》 ，清华大学出版社1994年版，第1页。）徐旭生也指出：“传说与神话是很相邻近却互有 分别的两种事情，不能混为一谈……很古时代的传说总有它历史方面的质素、核心，并 不是向壁虚造的。”（注：徐旭生：《中国古史的传说时代》（增订本），文物出版社198 5年版，第20-21页。）他并批评“古史辨派”说：“他们对于掺杂神话的传说和纯粹神 话的界限似乎不能分辨，或者不愿去分辨。”（注：徐旭生：《中国古史的传说时代》（ 增订本），第26页。）此外，钱穆也提出：“各民族最先历史无不从追记而来，故其中断 难脱离‘传说’与带有‘神话’之部分。若严格排斥传说，则古史即无从说起。”他并 且还进一步分辨说：“假造亦与传说不同，如后起史书整段的记载与描写，或可出于假 造……其散见各书之零文短语，则多系往古传说，非出后世一人或一派所伪造（以其流 传普遍，如舜与禹其人等）。”（注：钱穆：《国史大纲》上册（修订本），第8页。）
    或许正是由于受到了上述批评，“古史辨派”也不得不加以了深刻反思。（注：“古史 辨派”的反思，或许还受到时局的触动。有论者认为：“当时人所迫切需要的，是如何 从历史中寻求中华民族生存的力量与精神，而不是斤斤计较于中国历史的长短，或某些 史书的真伪。于是，自‘古史辨’以来所掀起的历史研究法的热潮，逐渐冷了下来。” 见王晴佳：《中国史学的科学化--专科化与跨学科》，罗志田编：《20世纪的中国：学术与社会》（史学卷），山东人民出版社2001年版，第660页。）1935年，顾颉刚在《战国秦汉间人的造伪与辨伪》一文中便说：“传说有真的，也有假的。”（注：顾颉刚：《战国秦汉间人的造伪与辨伪》，吕思勉、童书业编：《古史辨》第7册上编，上海古籍出版社1982年影印，第4页。）相比此前的一概否定，他这种观点显然有所改变。而杨宽更是在《中国上古史导论》一文中，对中国古史的传说进行了系统的讨论，甚至提出了一种“民族神话史观”，认为“夏以前的古史传说全出于各民族的神话，是自然演变成的，不是有什么人在那里有意作伪”。（注：此据童书业的评述，童书业：《古史辨第七册自序二》（1940年8月30日），《古史辨》第7册上编，第2-3页。）对于这一见解，童书业也呼应说：“我们知道：古史传说固然一大部分不可信，但是有意造作古史的人究竟不多。”（注：童书业：《古史辨第七册自序二》，《古史辨》第7册上编，第5-6页。）不难看出，“古史辨派”后期对古史传说的看法发生了很大转变，而这种反思恰恰映衬出了原来观点的偏颇。